使用バージョン：Thunderbird 2.0.0.16
使用OS：Windows XP SP3
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バージョンを1.Xから2.Xに変更してからだと思うのですが、
メールの返信メッセージを書いていて、数分すると
「現在の文字エンコーディングでは使えない文字がメッセージ中に含まれています。このまま送信すると一部の文字が疑問符に変わって受信者に読めなくなってしまいます。通常は、Unicode(UTF-8)で送信すれば問題ありませんが、受信者がUnicodeをサポートしていない場合は日本語などがすべて文字化けしてよめなくなってしまいます。その場合はメッセージを修正するか、別の文字エンコーディングを選択してください。」＜UTF-8で送信＞＜そのまま送信＞＜キャンセル＞
というメッセージが現れます。何か返信メッセージ編集に費やす時間設定などがあるのか、
オプションを見たりしたのですが、そうした設定も見つからず、
いつも＜キャンセル＞を押して編集を続けています。
海外とやりとりするメールにこの現象が起こる気がします。
また、途中で保存しようとしても、上記メッセージが現れて、保存できません。
毎回＜キャンセル＞ボタンを押せばいいのですが、時々Enterを押してしまい
編集途中で送ってしまうこともあるので、わずらわしく思います。
どなたかご教示いただけませんでしょうか。よろしくお願い致します。

以下のトピックがヒントになりそうです。
送信時にUTF-8で送信するかどうかのダイアログを出さないようにしたい。

ご質問冒頭の「現在の文字エンコーディングでは使えない文字がメッセージ中に含まれています」をキーワードにして
当フォーラムを検索すると出てきました。

_________________
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回答ありがとうございます。

署名、差出人のところをチェックしてみたのですが、
どうも変化がないようでした。
私の場合、送信する際ではなく、返信メッセージを編集している時に
一定の時間が過ぎると突然メッセージが現れてしまう、
というものでしたので、ちょっと違ったのかもしれません。

その他、いろいろ参考にさせていただいく中で
返信メッセージの文字エンコーディングが原因では、と思い
強制的にツール＞オプション＞書式タブ＞フォントと文字エンコーディングで
返信メッセージに既定の文字エンコーディングを使用する、
にチェックを入れたところ、解決したようです。
文字エンコーディングは送信メッセージも受信メッセージも
日本語(ISO-2022-JP)にしています。
今まではチェックを入れていなかったので、本来ならば
来たメールと同じ文字エンコードで返信という設定のつもりでしたが
実際はすべての人のメールに対して西欧（ISO-8859-1)と自動的に設定されてしまっていました。
それもおかしいなあと思っていたのですが、返信メッセージの文字エンコードに関する設定が
見つからず、フォーラムでもうまく検索することができませんでした。
日本と海外とを比べると、日本とのやりとりが多いので
海外からのメールの際には、エンコードを随時変更する、
ということにするしかないのかなと思っています。
もし何か回避策御存じの方がいらっしゃれば教えていただけると幸いです。

Thunderbird にバグがあり、送信する場合だけでなく保存する場合にも、その同じ選択肢が出てしまいます。(本当は、保存するのかどうかを聞いてきています。)

「数分すると」ということからすると、ツール -> オプション -> 編集 -> 一般 で、[ ] 分ごとに自動保存する にチェックが入れてあり、その時間設定が数分程度ではないでしょうか。
そうなっている場合、エンコーディングが ISO-8859-1 の状態で日本語を書いていると、その設定時間が経過したときに自動保存しようとしますが、それが ISO-8859-1 では保存できない文字があるのでその選択肢が現れます。

なるほど、保存に関するバグだったのですね。
確かに自動保存を５分にしており、何らかの関係があるような気がしていたのですが
保存するかどうかのダイアログではなく、送信するかどうかのダイアログでしたので
混乱していました。

納得できました。ありがとうございます。

保存そのものではなくて、ダイアログが、違う文脈でも同じ内容を使ってしまっているバグです。