あなたの環境( OS および Thunderbird のバージョンなど)を明示して下さい。
質問の際は、お約束事があります。
以下リンク先を一読下さい。
フォーラムの利用に関するご案内
おそらく、受信トレイに作った新規フォルダ内に
受信トレイとゴミ箱に相当するファイルが出来てしまったと思われます。
まずは受信トレイを最適化したらどうでしょうか。
受信トレイを最適化してもダメなようであれば以下を試してみてはどうでしょうか。
メールなどのファイルは「プロファイルフォルダ」に保存されています。
「プロファイルフォルダ」の場所は、 OS によって異なります。
「プロファイルフォルダ」の場所は以下を参考下さい。
プロファイルの管理
あなたの環境( OS および Thunderbird のバージョン)の明示がありませんので、
以下、OS に依存しない部分での説明となります。
また、ローカルフォルダでの設定なのか、アカウント毎での設定なのかも
不明ですので、 Thanderbird をアカウント毎での設定している場合の説明となります。
ファイル操作が伴いますので、 Thanderbird を停止して作業して下さい。
不慮のファイル破損、消失も考えられますので「プロファイルフォルダ」の
バックアップはお忘れなく。
「プロファイルフォルダ」内の Mail フォルダの中にある問題の発生している
アカウントフォルダを開くと、Inbox.sbd フォルダというのがありませんか?
この Inbox.sbd フォルダの中に以下の四つのファイルがあれば
削除して Thanderbird を再起動してみてください。
Inbox
Inbox.msf
Trash
Trash.msf
類似事例としては以下が参考になるかと思います。
ゴミ箱の不要フォルダが消えない