削除したのは Thunderbird 上でですか、ツール->アカウント設定で削除した?
それともファイルを削除したのですか?
Thunderbird 上で削除しただけなら残っていると思います。


Mail フォルダ内に Local Folders 以外のフォルダありますか?
削除したアカウントドメイン名かPOPサーバ名のついているフォルダで、
例えば nantoka.xx.jp とか言うフォルダ。
パスはC:\Documents and Settings\User Name\Application Data\Thunderbird\Profiles\154mafdp.default\Mail\nantoka.xx.jp になります。
有ったら中身があるか確認して下さい。

で、Thunderbird を起動してファイル->新規作成->アカウントでアカウント作成ウィザードに従って
消してしまったアカウントを再設定します。
「ローカルフォルダを使用する」のチェックは外してローカルフォルダはとりあえず使わないとします。
最後に設定完了画面で「いますぐメッセージをダウンロード」のチェック外して完了をクリックします。
これでフォルダペインに新たにアカウントが表示されていると思います。
つづいて、ツール->アカウント設定で新規に作成したアカウントの「サーバ設定」をクリック、
ウィンドウの下の方にある「メッセージの保存先」の「参照」をクリックしてメッセージの保存先パスを
C:\Documents and Settings\User Name\Application Data\Thunderbird\Profiles\154mafdp.default\Mail\nantoka.xx.jpに変更してOKして下さい。
これで一度 Thunderbird を再起動して見てください。