こんばんわ。

返信するときに、件名の文字数が多すぎると後ろが自動的に切られて送られてしまうのですが、どこかで文字数制限の設定があるのでしょうか？

だれかご存知でしょうか？お願いします。

Thunderbird（ですか？）に設定は無いと思います。
しかし、後ろを切った犯人はThunderbirdなのですか？　何を根拠にThunderbirdだと？

もしかしてDoCoMoの携帯宛てに返信された場合のことでしょうか？
返信の場合に限らず、DoCoMo携帯宛てのメールは受信（携帯）側の仕様により件名の
文字数が全角15文字（＝半角30文字）に制限されます。

他社（au，SoftBank）の場合は、メール全体の制限文字数に件名も含まれるようですが
詳細は各キャリアのサイト等でご確認いただければと思います。

もし的外れな回答でしたらすみません。