ほとんどオフトピ

これはWindows Defenderの仕業だとわかりましたが、まだ解除していません。
Vistaに追加された機能の多くは初心者や素人にとっては大変有効な機能だと思います。ただし、アプリがVistaに対応したものでないと正しく動作しないものが有ります。
これらは私たちから見れば余計なお世話なんですが、きちんとアプリが対応すれば私たちの手数が減ることは間違いないです（このフォーラムだけのことではなく仕事として、ですが）

たとえば、Thunderbirdで言うならメールを保存しようとしたときに保存ダイアログの初期表示が「C:\Windows\System32」で表示された時はさすがにビビりました。本当に保存できるのか試そうかと思いましたがやめてしまって、もう一回やったら二度と出てきません。

あと、ネットワーク越しにコピーを行う場合に、今までのように適当にどこへでもコピーできなくなっています。ダウンロードやネットワークで扱う自分のフォルダ構成を考え直しているところです。

もっとも これらのチェック機能のほとんどは外してしまうことは出来ます。しかし、外さなければ動作しないものをVista対応とは言えませんね。これは今までのWindowsが甘すぎただけのことですね。
まぁ、これから購入する場合はXP搭載機を探す方が難しいのでアプリ側の対応は必須です。

お返事が遅くなって申し訳ありません。

>「ユーザー/パブリック/パブリックのドキュメント/Profile」の"chrome"をバックアップコピーして削除して試すのも良いかもしれません。

削除してみましたが効果はありませんでした。

それから、Program Files/MozillaThunderbird に"crome"フォルダーがありました。
昨日の検索にひっかからなかったので気づかなかったんですが。
これを削除してみようとしたら、
「対象のフォルダへのアクセスは拒否されました」と出ましたので、そのままにしてあります。
ただ、更新日時からして、再インストールの時に作られたもののようです。

私は今回の症状を調べ始めてから初めて、バックアップをとるべき Profile が"隠しファイル"にあることを知りました。
素人にとっては不親切な作りだと思います。
ともあれ、それまでは用の無いファイルをせっせとコピーしていたわけで、危ないところでした。
怪我の功名？

XPのときは ここに機能拡張の残骸が残って悪さをする場合もありました。私のところも今は無いし …
プログラムフォルダも削除して、プロファイルにも無いとすると どこから持ってきているんだろう。

これは消しちゃダメですよ、ここのはプログラムの実行に必須です。
（Vista Homeはアクセス権を変更できるのかな？）

あと、考えられるのは、前に書かれていた.jarファイルがインストール時に壊れたかな、というぐらいですが …　調べるツールなんて持ってませんよね？
それか、ウィルスチェックソフトによって変更を加えられたとか …
ウィルスチェックソフトもVistaに完全対応しているものは少ないので要注意です。

私のところではAppDataは隠しファイルになっていますが なぜか見えています。本当は素人や初心者に触って欲しくないから不可視のフォルダになっているんですが、バックアップが必要なものだけ見えるところに有った方が良いとは思います。

オフトピですが・・・。

隠し設定は (拡張子の表示もそうですが) どちらかと言うと
OS (Windows) 側の標準設定によるところも大きいと思います。
触られるとマズいファイルやフォルダを OS (Windows) 側で見せない配慮だと思います。
ちなみに、私は OS X がメインなのですが、OS X では
標準設定で Profiles フォルダは可視フォルダとなってます。

問題は誰でも簡単にバックアップとレストアが出来るかどうか
Profiles フォルダの中身が簡単に見えるかどうかと言う事かと思います。
一例ですが、Edit Config Files と言うアドオンを使うと
メニュー -> ツール -> Edit Config Files -> Profiles フォルダを開く
から Profiles フォルダが開く事が出来ます。
こう言った機能が実装されていると色々と楽なんですが・・・。

バックアップとレストアについては本家の Knowledge Base で
紹介されているものを載せたトピがありますので一読下さい。
別途バックアップ、レストア用のアプリなんぞもあります。

メールデータのバックアップおよび復元方法

バックアップは、「logitecフォルダミラーリングツール」を使っています。
ただし、肝心の元フォルダーが間違っていて、XPのように Program Files の中のフォルダーをコピーしていました。
"何か変だ"と思わなくもなかったんですが、いつかそのうちに調べてみようと放ってたもので・・。

今回、過去ログを読み漁っていて、ユーザーフォルダーの中に AppData があるのを知りましたが、文字通り"不可視"なわけですから探すのに手間取りました。
普通にクリックしただけでは見えないところに、バックアップの必要なファイルを置かないで欲しいなぁというのが素人の感想です。
余談で恐縮ですが、こんな状態ですので、XP から Vista に移行した際には Mozilla ソフトのデータ引継ぎに失敗しました。

フィルター操作の方は相変わらずですが、基本中の基本に気付かせていただいてラッキーでした。