以前からThunderbirdを使っていますが、数日前に2.0.0.4にバージョンアップしたところ、それまではメール一覧で迷惑メールを選択して迷惑メールボタンをクリックすれば自動的に指定のフォルダに移動されていたものが、メールにマークが付くだけで、ツールから「迷惑メールとマークされたメールを削除」をクリックしないと移動されないようになりました。アカウント設定で、迷惑メールは指定のフォルダに移動するというオプションをオンにし、フォルダも指定しているのですが。
2.0.0.4では以前のような自動削除はなくなったのでしょうか。

こんにちは。


無くなっていません。

下記の例が似ていると思いますので参考にしてみてください。
mozillaZine 日本語版 フォーラム - 迷惑メールが自動的に迷惑メールフォルダに移動するようにしたいのです。