解決策も役立つ情報も無いのですが・・・・。
はずしている事を覚悟で(笑)
移行する前と移行後のフォルダ名に何か違いや特徴は見出せませんか。
消失するメッセージも同様です。
問題なく移行できたフォルダとそうでないフォルダと比べてみてください。
フォルダ名に日本語があるとか、[/] [.] [*] とかの記号が有る無しとか。
フォルダ名に日本語と半角英数字が混じっているとか。
消失したメッセージとそうでないメッセージでは添付ファイルが有るとか。
添付ファイルでも日本語名とそうでないもので違いが有るとか。
添付ファイルでも .xxx という拡張子があるものに共通しているとか。
直接関係は無いと思いますが、以下のような事例がありますから。
"
Bug 5701 - 1.5でピリオドで終わるフォルダー名を使っていると、Tb 2.0でメールが行方不明になる"
http://bugzilla.mozilla.gr.jp/show_bug.cgi?id=5701
以下、めんどくさい回避方法。
# 移行できなかったフォルダは中のメッセージを移行できるフォルダに移動させた後に
改めて移行してから移行前と同じ名称のフォルダを作ってそこへ移動させるとか。
# 消失したメッセージは Mail から Thunderbird に送って埋め合わせするとか。
# サーバに残っているようならば未読にして新たに Thunderbird で受信させるとか。