ツールバーメニューの [表示] > [文字エンコーディング] > [自動判別] で
「日本語」又は「全言語」を選択設定したらどうなりますか。
改善が見られないようならば以下の方法で問題を切り分けてみましょう。
1.Thunderbird のセーフモードで起動して再現するか確認。
再現しないのならアドオンが怪しいです。
セーフモードについては以下を参照。
「トラブルシューティング - Mozilla Thunderbird 2.0.0.23 リリースノート - Mozilla Japan」
http://mozilla.jp/thunderbird/2.0.0.23/releasenotes/#troubleshooting
2.上記1.でも再現するのなら新規プロファイルを作成してそれを適用してみる。
新規プロファイルの作成方法は以下を参照。
これで再現しなければそれまでのプロファイルに不具合がありそうです。
「プロファイルの作成」
http://www.mozilla-japan.org/support/thunderbird/profile#new
*質問・投稿する前に フォーラムの利用について をきちんと読みましょう。
*環境として OS の種類、Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。
*質問した後は結果や経過を必ず書くようにしましょう。