メールを受信しました、とのお知らせが入ったため
thunderbirdを見てみたところ、どのボックスにも新着メールがある旨の
表示がありませんでした。
受信したメールに心当たりがあったためキーワード検索をかけてみたら
受信設定をしたボックスにある、という表示が出ましたが
実際にそのボックスには表示されていませんでした。
どのようにしたら、表示されるのでしょうか。
また、そうなってしまう原因はなんでしょうか。

よろしくお願いいたします。

最初に。安全のために Thunderbird を終了してプロファイルからメールデータをバックアップしてください。
# 既にバックアップを取られているのでしたら必要ありません。
プロファイルの場所は OS によって異なります。分らない場合は下記リンク先を参考に：

• Thunderbird Help プロファイルフォルダの場所を探す
• フォーラム内鑽孔記事 メールデータのバックアップおよび復元方法

# お使いの環境を書かれていないので、Mac 環境をサンプルにします。

バックアップが完了したら Thunderbird を起動し、受信が完了したことを確認したら「受信トレイ」を選択します。
受信トレイを右クリック（もしくは control + クリック）でコンテキストメニューを呼び出し［情報を見る...］をクリック、〈一般情報タブ〉の（検索を再構築）ボタンを押します。

これで表示できるようになれば良いですが、ダメな場合は「受信トレイ」を選択して右クリック→［最適化］を実行してみてください。

でもダメだ...
という場合は、Thunderbird を終了してからプロファイルフォルダを探し、その中から「Mail」フォルダを見つけ、その中の「mail.アカウント名」や「pop.アカウント名」フォルダを開き、Inbox.msf というファイルをデスクトップなどに退避して Thunderbird を起動してみてください。
# IMAP の場合は「Mail」ではなく「ImapMail」の中にありますが、同じことができるのかどうかはやったことが無いです

お使いの状態が分らないので原因を特定できませんが。
もしかして受信トレイの中に受信メールをため込んでいるとか、受信トレイの直下にサブフォルダを作って受信メールを保管していませんか？
心当たりがあればフォーラム内を「受信 消え」などのキーワードで検索してみてください。
また、えむもじらさんの下記エントリが参考になります。

• Thunderbird のメッセージフォルダの最適化 - えむもじら
• Thunderbird のメッセージ削除の仕組み - えむもじら

もし [絞り込みバー] をツールバーに追加していて、かつそこで [すべて] 以外のものを選択しているのでしたら、再構築や最適化をする前にまずそこで [すべて] を選択してみてください。

　
新着メッセージがあるはずなのにどこにも表示されない（存在しない）という現象ですね。

まず以下の状況を教えてください。

そのお知らせは誰が出しているのですか？またどこに入るのですか？
そのお知らせは Thunderbird が表示する新着メッセージ通知のことですか？



「キーワード検索」というのは Thunderbird のメッセージ検索機能のことですか？
それとも「絞り込みバー」によるフォルダ内検索のことでしょうか？
Thunderbird で検索をした際には「受信設定をしたボックスにある」という表示は出さないと
思うのですが。。。
＊Windows しか知らないのですが、Mac や Linux ではそういう表示なのでしょうか。

「迷惑メール」フォルダ、「ごみ箱」フォルダなどにも新着メッセージはありませんでしたか。



あくまでも推測で
・Thunderbird で新着メッセージの確認設定はしているが実際には受信（ダウンロード）する
　設定にしていない。
　アカウント設定の「新着メッセージを自動的にダウンロードする」にチェックが入っていない
　ため。
・アンチウイルスなどのセキュリティソフトが新着メッセージを別の場所に隔離または削除し
　た。ウイルスメールなどと検知して処理されたため。
・新着メッセージのチェックは他のアプリケーションなどの機能を利用しているだけで実際に
　には Thunderbird で受信していない。
・メッセージフィルタ、迷惑フィルタが壊れていて新着メッセージが迷子になってしまった。
・インデックスファイル（.msf）がおかしくなっているためにメッセージはあるが表示リストに反
　映されていない。
などが考えられます。


原因らしきものが不明なので対処方法が出てきません。
表示される可能性は低いのですが、念のため「受信設定をしたボックスにある」とされたフォ
ルダの「最適化」をしてみてください。


＊ご利用の OS の種類、Thunderbird のバージョン（最新版ではなくバージョン番号）ぐらいは
　 書き添えるようにしましょう。