何が、きっかけかわかりませんが、急に、受信済みのメールを再受信し始めて、受信トレイには二重にメールが受信されます。これは、プロバイダーの問題でしょうか？あるいは、Thunderbirdの設定その他の問題でしょうか？

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以下トピなどが参考になるのでは。
mozillaZine 日本語版 :: 参考トピ - 重複メールの単一化について

もじら組フォーラムにマルチポストされたようです。
Mozilla-gumi Forum / Thunderbirdでメールの二重受信

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