上記のタイトルで２００６年の書き込みを発見しました。
わたしもこれで困っているのでもとのメッセージか
アドイン？についてみたいのですが見つかりません。
ご存じの方、教えてください。

こんにちは。

重複メッセージについては過去トピックにいくつかあります。
このフォーラムの検索機能を利用してキーワードを「重複」にするとたくさんヒットします。
下記にそのトピックを紹介しますが、どれも明確に解決した旨の結果が書かれていない
のでその後どうなったのかは不明です。
＊結果やその後の経緯ぐらいは書いてほしいですねぇ。
同メールを複数受信
無いはずのメールの本分が表示されるのと　重複メールの消し方
重複したメールを受信
過去のメールを受信してしまう現象の改善について

上記のトピックの中に重複メッセージを検索して削除する拡張機能（アドオン）の紹介も
あります。

ご指摘のメッセージにあったadd-onを使ってみました。
インストール後、フォルダーで右クリックして重複メールを削除を
選ぶと確かに表示されました。が、未読と既読が同じと判断されません。
でもだいぶ楽になりました。あと3000です...

当方では下記のアドオンを使ってますが、未読・既読に関係なく検索でリストアップされました。
Remove Duplicate Messages (Alternate) : Thunderbird Add-ons

3,000 とはすごい重複数ですねぇ。

私は Advanced Remove Duplicates というのを使っています。
https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/961

なにが良くて Remove Duplicate Messages から変えたのかは忘れました。

追記）
おっと、、、、作者のコメントには開発中止と書いてありますね。Remove Duplicate Messagesをどうぞ、ってな感じで

たぶん、Thunderbird 2.0に対応したのが早かったからという理由で変えたんだったと思います。