※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類だけでなく Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。横から失礼します。
すでに寄せられているアドバイスと若干重複することもあろうかと思いますが、まあ流れってことでご容赦を。
choufu さんが書きました:
メールが重複して届きます。
重複する数は5通～30通程度と毎回バラバラです。毎回重複するのではなく、一定時間重複して届き、突然収まります。
動作異常と思える出来事が、一定の規則性を持って発生していれば問題点を絞り込みやすいですけど、発生がランダムであれば、何が原因で、どんなトリガーによって、その問題が起っているのか、見極めるのが難しくなりますよね。お察しいたします。
choufu さんが書きました:
「ダウンロード後もサーバーにメッセージを残す」をオフに設定して、サーバーからメールを削除すると改善されますが、Thunderbird以外でも受信するため設定できません。
問題が起こっているアカウントの [サーバーの種類] が明記されていませんが、この設定項目があることから POP アカウントだと推測して話を進めます。
POP アカウントで「ダウンロード後もサーバーにメッセージを残す」が有効になっている場合、プロファイル内の Mail\<そのアカウント名> フォルダ内にある popstate.dat というファイルに、POP サーバーから受信（ダウンロード）したメールの情報が記録されています。これが正常に機能していることで、前回までに受信済みのメールは次回受信時にダウンロード対象から除外されます。前回の受信以降に POP サーバーに到着したメールだけが、次回の受信時に新着として受信されるわけです。
（参考 -- 試すときは慎重に！）
popstate.dat の働きを知る実験例があります。
「ダウンロード後もサーバーにメッセージを残す」を有効にした POP アカウントで、既存の popstate.dat をファイルごと削除して受信操作をおこなうと、そのとき POP サーバーに存在しているすべてのメールが無条件で受信されます。
Thunderbird における POP アカウントのこの動作をふまえると、popstate.dat の更新に何らかの障害が発生しているのでは、というのがまず頭に浮かびます（いまの時点で断定はできませんが...）。
choufu さんが書きました:
症状はThunderbird起動時のみに起こり、起動していない時にサーバーに届いた分は重複受信することはありません。
これは、Thunderbird を起動したとき [新着メッセージがないか起動時に確認する] の設定に従って受信動作をおこなっている際に問題が起こる、という意味ですか。それとも、Thunderbird を起動したままの "稼働状態" を維持しているとき、[新着メッセージがないか <N> 分ごとに確認する] の設定に従って受信動作がおこなわれたり、ユーザーが任意に受信操作をしたときに問題が起こる、という意味ですか。
いったん Thunderbird を終了し、次に起動するまでの間に POP サーバーに届いたメールは重複することなく受信できるということは、終了時点での popstate.dat は問題なく情報が記録されているので、次回起動時には新着分だけを正しく受信できている、というふうに解釈できそうです。
稼働中はランダムに問題が発生するが、Thunderbird を終了させると正常に popstate.dat が保存されるというのはちょっと不可解ですが、「一定時間重複して届き、突然収まります」のあとに終了させていれば、その段階での正常な popstate.dat が保存されていると考えても不自然ではないでしょう。
このことをふまえて考えれば、Thunderbird の稼働中、とくに起動後から一定時間内に popstate.dat の更新や維持に不都合をもたらす何かしらの干渉や動作不良（Thunderbird 自身の動作不良、拡張機能の影響、ウィルス対策ソフトなどの外部プログラムの干渉など...）が起こっていて、その間に実行された受信では popstate.dat が適切に更新されないため重複して受信されるメールが発生し、その干渉がおさまった後は通常の受信に戻っている ―― といったシナリオが考えられそうです。
もし、[新着メッセージがないか <N> 分ごとに確認する] の <N> が 1 とかの極端に短い間隔だとか、複数の Thunderbird や他のメールソフトで同じ POP サーバーを使っているなどの条件があれば、その利用状況によってはサーバー側に何かしらの負荷がかかり、popstate.dat の記録に必要な情報のやりとりが部分的に滞るようなことが起こっているのかもしれません。
何が根本的な原因かは、いまの時点では判断できませんが、Thunderbird の POP アカウントで重複受信が発生したとき、Thunderbird 側の要因として真っ先に疑われるのは popstate.dat の状態でしょう。そのあたりに注意を払いつつ、上述したような事柄の確認や、下記のトラブルシューティングを進めてみると、いまよりは事情が見えてくるかもしれません。
トラブルシューティングの基本として、「セーフモード」と「新しいプロファイル」での動作確認もやっておいたほうがいいと思います。
「セーフモード」では、主にアドオン（拡張機能）の影響の有無を調べられます。
「新しいプロファイル」では、追加作成した新規プロファイルに、問題が起こっている POP アカウントだけを追加し、[ダウンロード後もサーバーにメッセージを残す] を有効にした状態で受信動作を試し、どういう状態・結果になるか比較してみてください。
（参考）
・Thunderbird のセーフモード | Thunderbird ヘルプ
support.mozilla.org/ja/kb/safe-mode-thunderbird
・Thunderbird のプロファイル | Thunderbird ヘルプ
support.mozilla.org/ja/kb/profiles-where-thunderbird-stores-user-data
以上、いまある情報から推測できそうなことを述べさせていただきました。的外れだったらすみません。
（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。
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