多数の Add-ons を実装し、カスタマイズも施したものを更新しながら長年使用しています。もはや、default 仕様のものとは 「UI」 も変貌してしまっています。そのため、適切なコメントをできかねますが、実機を基に、助言を申し上げます。
メールへの返信を件名ごとにまとめて表示 (スレッド表示)するか、ひとつひとつの返信を個別に表示するかの結果と思われます。
Gmail では、その任意選択ができますが、Thunderbird では 「スレッド表示」 に限られていたと思われます。
Thunderbird の特長として、「高速検索機能」 と 「アーカイブ管理能力」、画面の 「マルチペイン(窓)」 化があります。
そのための単純化と効率化の結果であり、「合理的に、一目の下に管理できる」 ための仕様なのだと思います。
Windows メールなどに見慣れている方々にとっては、無粋に感じるかもしれませんが・・・
拡張機能(Add-on)の 「Thunderbird Conversations」
https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/gmail-conversation-view/を実装すれば、右ペイン(窓)に、Gmail 風の 「スレッドビュー」 が追加されるので、スレッド表示機能が 「個別」 表示(※)に置き換わります。
(※)「返信」 などの引用部分が折り畳まれ 「
- 元のメッセージを表示 - 」、その箇所をクリックすれば折り畳まれた内容を展開できます。
ペイン上部右端の 「
その他▼」 > クラシック表示で、別タブに、「スレッド表示」 スタイルが展開されます。
「スレッド表示」機能方式で、返信を交わす相手からは、何等の疑義をもらったことがないので、恐らく、相手側には関係の無いものなのでしょう。
あくまでも主観です。
ミスリードかもです。ご参考まで