Thunderbirdを使ってます。
会社でのＤｅｓｋｔｏｐ　ＰＣ，　家でのＤｅｓｋｔｏｐ　ＰＣ，　Ｎｏｔｅ　ＰＣで使ってますが、Ｎｏｔｅ　ＰＣで最近起こっているトラブルについて、質問させて頂きます。

Ｎｏｔｅ　ＰＣ及び情報は以下のとおりです。
＊　OS：Windows 7 64bit　Professional Service Pack 1
[*] Thunderbird : 17.0.7
[*]Provider: IIJNET
[*].co.jp
[*]Virus software: Avast
問題：

メッセージフィルター（振り分け設定）をしてますが、指定したＦｏｌｄｅｒではなく、勝手に振り分けられて、時には受信メールＦｏｌｄｅｒ，時には指定したＦｏｌｄｅｒ，　時には（これが一番多いが）　ある特定のＦｏｌｄｅｒ　（別のふりわけせっていしてある。）に振り分けられる（不特定多数のメール）。この問題が起こって、その特定のＦｏｌｄｅｒを削除したら、別の特定のＦｏｌｄｅｒに振り分けられ始めた。

他のＤｅｓｋｔｏｐ　ＰＣではこの問題は発生してない。

メッセージフィルターが壊れているのか、対処方法をご教授願いたい。
同じ報告は出ていますか？

よろしく、お願いします。

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Mozilla/5.0 (compatible; MSIE 10.0; Windows NT 6.1; WOW64; Trident/6.0)

　　
＊質問・投稿する前に、サポートサイトやヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して
　確認してみましょう。
　また、広くインターネット上で、同類・類似事例がないか、調べてみましょう。
＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について をしっかり読んで、その内容を理解
　した上で、それに沿って投稿しましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。ここは、ユーザ同士で、各種情報・事例を、シェアする場です。　
　
　
通常、Thunderbird では、勝手にメッセージが、意図していない、あるいはメッセージフィルタや
迷惑フィルタで設定していないフォルダには、振り分けしません。

なので、本当に、勝手に振り分けされるとしたら、何らかの設定内容がおかしいか、どこかが壊れ
ていることになるでしょう。
今一度、メッセージフィルタや、迷惑フィルタの設定条件内容を、しっかり確認してみましょう。

IMAP アカウントならば、サーバ上で、それらの設定が、影響しているケースも、考えられます。
Thunderbird のアドオンや、Avast などの外部アプリケーションが、意図しない誤動作を、招いて
いる可能性も考えられます。
それらも含めて、念入りに確認してみましょう。

もし、それらの確認・見直しをおこなっても、どこにもおかしいところがないのであれば、以下の
対処をおこなって、改善が見られるか試してみましょう。

１．メッセージフィルタの設定条件を保管している下記ファイルを、一旦別の場所にバックアップ
　　移動させて、新たに新規にメッセージフィルタを設定して、正常動作するかどうか試してみる。

　　msgFilterRules.dat（メッセージフィルタ情報ファイル）

　　上記のファイルは、Thunderbird のプロファイル内の Mail フォルダ内のアカウント別フォル
　　ダ内にあります。
　　Windows 7 ならば、以下の場所です。

　　[POP アカウントの場合]
　　C:\Users\<ユーザ名>\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\<profile folder>\Mail\アカウント別フォルダ\
　　[IMAP アカウントの場合]　
　　C:\Users\<ユーザ名>\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\<profile folder>\ImapMail\アカウント別フォルダ\

　　[参照]
　　プロファイル | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ

２．迷惑メールフィルタの設定をリセットする、または無効化する
　　アカウント設定内の [迷惑メール] の設定を、無効にする。
　　オプション設定内の [セキュリティ] > [迷惑メール] の設定を無効にする、また [判別基準デ
　　ータのリセット] をおこなってみる。


上記の対処でも改善が見られない場合は、次のとおりです。

以下の順番で、トラブルシューティングをおこなって、対処してみてください。
これでも問題が再現する場合は、Thunderbird 以外に原因がある可能性が、高いと思われます。

[基本的・定石的なトラブルシューティング対処方法]
以下の順番でおこない、その都度変化があるか、改善されたか、確認してみましょう。

１．Thunderbird のセーフモード起動
　　＃アドオンを一時的に無効化する、診断モードです。
　　＃これで問題が再現しなければ、ほぼアドオンが原因だと切り分けできます。
２．Thunderbird の新規プロファイルの「追加」作成と、その適用
　　＃従前のプロファイルから、一切データ類を引き継がないで、真っ新な状態で、
　　　再現の有無を確認するものです。
　　＃これで問題が再現せず、正常ならば、従前のプロファイルに、何らかのダメ
　　　ージがあったと切り分けできます。
３．Thunderbird の再インストール
　　＃これで問題が再現せず、正常であれば、本体側に何らかの問題があったと切
　　　り分けできます。

[参照]
セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ

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Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; rv:25.0) Gecko/20130706 Firefox/25.0

対処方法はすでに kiki さんが全て答えていますが、補足を。

バグで間違ったフォルダーに移動されることはあり得ますが、通常は、仕様どおりに、フィルターのルールの定義どおりに、振り分けられます。

メッセージフィルターは、あるメールに対し、
(1) 定義されたルールを上から順に適用する、
(2) アクションに「フォルダーに移動」があるとき、「フォルダーに移動」が実行されるとその時点でメールがINBOXからなくなるので、アクションに「フォルダーに移動」があるルールにヒットすると、そのメールに対してそれ以降のルールの適用は起こらない、
という特性があります。
また、
(3) フォルダーのリネームを行った場合、Tbはトラッキングをしていて、メッセージフィルターのルールの、コピー先、移動先のフォルダーを、自動的に書き換え、
(4) Tbが知らないうちにフォルダーが消され、フィルターの実行時にフォルダーが存在しないことを検出すると、そのルールをDisabledにします。
通常は、「フォルダーの削除」は「ゴミ箱フォルダーの中に移動」で、内部的には「ゴミ箱フォルダーの下のフォルダーにリネーム」になりますから、(3)が起こります。
(4)が起こると、そのルールはDisabledになるので実行されることはなくなり、そのルールにヒットするはずのメールであっても、そのルール以降のルールが適用されます。
そして、フィルターの実行は、デフォールトは"After Classification"では無い方ですから、
(5) フィルターで移動されたメールにも、INBOXに残ったメールにも、ジャンクフィルターが適用されます。
フィルターでの移動後にジャンクメールだと判定されるのを防ぐには、フィルターのルールで明示的に「Junkではないとマーク」することが必要になります。

これらを踏まえ、現在のフィルタールールを再確認し、フィルターログを見て、あるメールにどのルールが適用されているか、をチェックしましょう。
特に、上の方のルールにヒットして既に移動されているのに、下の方のルールにヒットしてそちらに移動するはず、という思い込みにご注意を。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 5.1) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/27.0.1453.116 Safari/537.36