メッセージが消えたタイミングとその状況について了解しました。
youhei さんが書きました:
3、フォルダを見たところ、
Inbox
Inbox.msf
Trash
Trash.msf
しかありませんでした。
ということは、「送信済みトレイ」のメッセージはデータとして実体が残っていないという
ことになります。
Thunderbird ではユーザが明示的に削除しない限り、消えることはありません。
#プロパティの「保管ポリシー」で設定している場合は除きます。
となると「何者かが消した」あるいは「別の場所に移動・隔離した」ということになります。
その「何者か」をつきとめてください。
ここまでの情報では、セキュリティ対策ソフト関連の挙動が怪しいと思われます。
それらが「削除」あるいは「別の場所に移動・隔離した」といった処理をおこなっていない
かを確かめてみてください。
社内でご利用の環境のようですので、どのようなセキュリティ対策がおこなわれているのか
は他人には不明です。
また OS の状態が不安定になっている可能性もあります。
念のため、社内のシステム担当部署の方に相談・問い合わせをおこなってみてください。