Thunderbirdを使っています。
5.0にアップデートした直後から(これが関係あるのか、偶然かは分かりません)今まで出た事の無いエラーメッセージ「Thunderbirdを終了して、INBOX.msfを削除する必要があります。」
というエラーが出るようになりました。
エラーはメール受信後に発生します。

C:\Users\**\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\****\
内のサブフォルダ含め、INBOX.msfを検索して削除、再起動するとエラーは出なくなりますが、
使用後に終了して、再度Thunderbirdを起動するとまた同じエラーが出ます。

次の事を試しました。
・上記フォルダ(サブフォルダ含む)の*.msf を全て削除し、Thunderbirdの「フォルダを修復」「最適化」を全てのフォルダで行う。
→発生頻度は減りましたがなんどか起動するとやはり出てきます。(削除後のProfileの容量は3.52 GBでした)

・チェックディスク
→問題なし

・SMARTの確認
→問題なし

このエラーを解決する方法を教えて下さい。
メールボックスが破損しているように思いますがどのようにすれば修復できるでしょうか。

・環境
Windows7 SP1 Professional x64
C: IntelSSD G2 空き 約40GB
セキュリティ Norton Internet Security 2011 (メールのあるフォルダは除外設定済み)

オーバークロックの類はしていません。

ご存知のように、*.msf はフォルダごとのメッセージの要約ファイルです。
Inbox.msf であれば、[受信トレイ] の実体である Inbox ファイル（拡張子なし）の要約情報と、スレッドペインの表示情報の一部を保有しています。


から推測すると、要約情報の更新に失敗し、ファイルの整合性がとれなくなっている可能性が考えられます。
起こるのは、Inbox.msf だけですか？　他のフォルダ（*.msf）では起こっていないのですね。

[受信トレイ] 内に大量のメッセージが保存されているか、削除・移動していたとしても一度も [最適化] をおこなっていないとすると、フォルダあたりの最大容量に迫りつつあるなどでデータ処理に高負荷がかかって Inbox.msf の更新に失敗しているか、Inbox ファイル（拡張子なし）自体に問題が発生しているため Inbox.msf の更新に失敗しているか、まずはそのあたりが疑われると思います。


ご存知かと思いますが、[最適化] と [フォルダを修復] はやっている意味が異なります。
[最適化] ―― 実体ファイル（例えば Inbox）に含まれる削除フラグや移動フラグのついたメッセージを消し去り<*>、ファイル全体を整理する。
[フォルダを修復] ―― その時点の実体ファイル（例えば Inbox）の情報をもとに、要約ファイル（例えば Inbox.msf）を再構築する。
したがって、それらの実行の結果に効果を求めるなら、[最適化] -> [フォルダを修復] の順序が望ましいといえます。
（<*> 参考）
・Thunderbird のメッセージ削除の仕組み - えむもじら

対処のひとつとして、次のような手順はいかがでしょうか。
【注意】 [受信トレイ] の実体である Inbox ファイルがギガバイト単位に肥大しているようなケースでは、メッセージの移動や [最適化] に際して一時的に大きな負荷がかかることがあります。安全のためには、現状のプロファイルをまるごと別のメディアにバックアップしてから作業をおこなうことをお勧めします。

（1）問題の起こっている [受信トレイ] に含まれるメッセージに対し、これまでの作業で欠落や意図しない復活がないことを確認してください。
（2）アカウント直下、または他のアカウントの配下に一時作業用のフォルダ（仮に [Warehouse] ）を作ります。
（3）[受信トレイ] 内のメッセージをすべて選択し、[Warehouse] 内に移動またはコピーします。確実に移動またはコピーされたことを確かめてください。
（4）いったん Thunderbird を終了してプロファイルを開き、問題の Inbox ファイル（拡張子なし）と対応する Inbox.msf を削除します。（次に起動したとき、自動的に初期状態で再生成されます。）
（5）Thunderbird を起動し、[Warehouse] 内に移したメッセージ群を、元の [受信トレイ] に移動またはコピーします。
　　（5-1）[受信トレイ] 内のメッセージの総容量が大きい場合は、サブフォルダを作るなりして適宜整理してください。Thunderbird のアーカイブ機能を使ってもかまいません。
　　（5-2）整理がすめば、[受信トレイ] およびサブフォルダ群に対して [最適化] -> [フォルダを修復] を実行しておきます。
（6）以上の完了を確認できたら、[Warehouse] は削除してもかまいません。すべて納得いく結果になったなら、バックアップも処分してかまいません。（余裕があるなら、念を入れてしばらくは残しておいてもかまいませんが...。）

――以上で改善されますでしょうか？
ポイントは（4）です。ここで余計なデータを強制的に一掃し、[受信トレイ] をリフレッシュしています。

これでダメなら、プロファイル全体に何か起こっているのかもしれません。
いくつものバージョンをまたぎメンテナンスなしで一つのプロファイルを使い続けてきた場合、徐々に蓄積されてきた潜在的な問題が、メジャーバージョンアップした Thunderbird に更新したのを引き金に顕在化するケースがまれにあります。
このようなケースであれば、新規プロファイルに乗り換えることをお勧めします。
移行の手間は面倒でしょうけど、後々の安定性を考えれば、これを機会に "大掃除" しておくことも意味はあると思います。

以上、ハードウェア的には問題がなさそうだという前提で、Thunderbird 側での対処を気がつく範囲で述べました。的外れなことを書いていたらすみません。

　
偶然的通行人 さんとは違う視点からです。

（１）まずは基本的なトラブルシューティングをおこなってみてください。
　　　バージョンアップで不具合が起きる場合、対応していないアドオンが問題を起こしている
　　　可能性も考えられます。
　　　またこれまでに「最適化」を適時実行されてこなかった場合はメッセージデータが破損し
　　　ていることも考えられます。
　　　そしてプロファイルをずっと以前のバージョンから使い回してきた場合も何らかのダメー
　　　ジや prefs.js にゴミが溜まっている可能性もあります。
　　　セーフモードや新規プロファイルを追加作成して問題が再現しないか確認してみましょう。
　　　[参照]
　　　Mozilla Thunderbird 5.0 リリースノート - トラブルシューティング
　　　セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
　　　複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ

（２）「起動時に新着メッセージを確認する」や「新着メッセージの確認間隔時間」の設定見直し　
　　　上記の設定を見直してみてはいかがでしょうか。
　　　特に新着メッセージの確認（受信）間隔時間が極端に短い場合は 10 分以上にしてみてくだ
　　　さい。
　　　起動時や受信時にはメッセージデータ（Inbox.msf を含む）へのアクセスが頻繁におこなわ
　　　れます。このときにあまりにも確認（受信）間隔が短いと Inbox .msf (インデックスファイ
　　　ル)の更新を繰り返しおこなう際にそれが追いつかずに不整合を起こすことも考えられます。

（３）その他
　　　Norton Internet Security 2011 の除外設定をプロファイルフォルダ全体及び Thunderbird
　　　プログラムフォルダも追加してみてください。
　　　「最適化」や「フォルダを修復」をおこなった後に再発する場合、何らかのファイルアクセス
　　　をおこなうために不整合が起きているかも知れません。
　　　またテンポラリフォルダ内に削除されていないファイルが残骸として残っていないかも確認し
　　　てみてください。
　

正確な記述では無い部分がありました。申し訳ありません。
仕事にも使うアドレスがあったため、急遽他のメーラーにデータを移動させていたため、エラーメッセージの記録がきちんとできていませんでした。
正確なエラーは次の通りです。

＊＊＊ フォルダのメッセージをフィルタリングした後、受信トレイの整理中にエラーが発生しました。Thunderbirdを終了してINBOX.msf を削除する必要があります。

＊＊＊は振り分けのフォルダ名です。
特定の物ではなく異なる物が出てくる事が多いようです。
削除する必要がある、と出てくるのはかならず「INBOX.msf」です。




手順を実行しました。
結果としては新しいメールを受信した直後にエラーが出ます。エラーメッセージは上と同じです。





新規プロファイルへの移行を試してみたいと思います。
親切なご回答ありがとうございました。

メッセージフィルタの設定で「メッセージを移動する」があると
「（移動先フォルダ名） フォルダのメッセージをフィルタリングした後、受信トレイの整理中にエラーが発生しました。Thunderbirdを終了してINBOX.msf を削除する必要があります。 」
のダイアログが移動毎に出るようです。

メッセージフィルタがらみの問題でしたか...。


そうなんですか？
ぼくもメッセージフィルタを使った自動振り分けを常時使っていますが、フィルタの動作で「メッセージを移動する」をおこなわせていても、そのようなエラーメッセージが出たことは今に至るまで一度もありません。（現在、Thunderbird 5.0 on Windows XP SP3）


この状況から推測する限りでは、それ以前は同じフィルタ動作をおこなわせていて問題がなかったと考えられますね。
だとすると可能性は低いと思いますけど、複数のメッセージフィルタを設定して使っておられるような場合、それらのフィルタ条件に矛盾はないでしょうか？
当方で現象を再現できないので理屈の上での話になりますが、もしかしたら特定の条件がそろうと矛盾が発生するようなときに、Inbox.msf の更新処理を適切におこなえないようなケースがあるのかもしれません。

仕事でもお使いのようですから、なかなか時間がとれないかもしれませんが、問題が発生する「＊＊＊ フォルダ」への移動条件を設定しているフィルタに対し、有効・無効を切り替えながら地道に動作検証をおこなうと何か見えてくるかもしれません。
しかし、アップグレード後に問題が発生する場合、前便で書いたようなこともありますので、運用の安定性を重視するなら新規プロファイルへの移行のほうがいいかもしれません。
詳細は kiki さんのアドバイスにあるリンク先を参照してください。
　　｜ 更新後の問題という観点からいえば、プログラム本体の更新に失敗している可能性も
　　｜ ゼロとはいえません。その場合はクリーンインストールすることになるでしょう。

新規プロファイルへは、メールデータなど必要最小限のデータのみを移行するのが一般には望ましいです。アカウント設定は最初からやるほうがいいですし、アドオン類も厳選してインストールし直したほうがいいと思います。
現行プロファイル内に不具合の芽がある場合、新規プロファイルに不用意にデータをコピーすると不具合の芽まで持ち込むことになりますから...。
メッセージフィルタの設定も同様です。メッセージフィルタの設定データはアカウントごとに下記に保存されています。
\Profiles\<UserProfile>\Mail\<Account>\msgFilterRules.dat
ひとまず、これを移行対象から除外するなどの対策をとったほうがいいかもしれませんね。

ぼくにわかるのはこのあたりまでです。的外れだったらすみません。

　

幸いなことに私のところではそのような警告メッセージが出たことはありません。
また警告メッセージが出るのは明らかに問題があり、正常な状態ではないことを示しています。

先に紹介したトラブルシューティングをお試しください。
　

関係ありそうなので一応。
Bug 668952 – Inbox corruption/error message occurs with "move to folder" filters
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=668952

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MozillaZine.jp :: トピックを表示 - thunderbird5.0のメッセージフィルタ処理の不具合
http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=11806