と同じケースですか？
Thunderbird の文字エンコーディングの自動判別ではどのようになっていますか？
文字コードの指定と実際の文字コードが異なる場合のケースですか？


その別のメールでは文字コードはどのようになっていますか？
「転送」で文字化けしないメールとソース表示で比較してみたら相違点はありますか？


上記は試してみましたか？
結果はどうでしたか？
　
具体的にそのメッセージの中身がどのような状況なのかが不鮮明ではバグかどうかも不鮮明です。
　

kiki様
ご教示ありがとうございます。ご質問の回答になるかわかりませんが
以下の状況です。
①ＡＶＧやマルチパートと言う用語の意味が分かりませんので、同じかどうか意見することができません。
②自動判別でどうなっているか？は
　表示⇒文字エンコーティングで見た状態という意味では「日本語(ISO-2022-JP）」にマークが付いています。
③ソースレベルでは、問題ないメールは件名(subject)と本文(charset)の両方に iso-2022-jp が確認できますが、エラーとなるメールは全てcharset自体がありません。
④セーフモードでも文字化けします。
⑤起因は相手方の問題でしょうが、特段の理由が無ければ、返信(ボタン)では問題が無いので同じような処理で文字化けしない(自動解釈？)してくれるようになるとよいな～と思っています。
どうぞ宜しくお願い致します。

お久しぶりです。Thunderbird2(2.0.0.24) に戻してみました。快適です。
そこで Thunderbird2 で転送と返信を試してみました。
メールは iso-2022-jp と us-ascii のマルチパートメールです。

文字コードは [表示]→[文字エンコーディング]のメニューでは 西欧(ISO-8859-1)
として認識されている。テキスト上の文字化けはなし。ここまでは TB3 と同じです。

返信:
引用による文字化けはなし。文字コードは西欧(ISO-8859-1)にセットされる。
送信しようとすると「現在の文字エンコーディングでは使えない文字が～…」という
メッセージのダイアログが現れ、[UTF-8で送信] [そのまま送信] [キャンセル] の
選択が可能。

転送:
引用による文字化けはなし。文字コードは西欧(ISO-8859-1)にセットされる。
送信ボタンを押すとそのまま送信され、文字コードは iso-2022-jp となる。

それぞれ引用されたテキストで使われるフォントが [ツール]→[オプション]→[表示]
タブのフォントの指定で指定されたものになります。見え方が変わるので内部処理が
異なっているだろうことは想像できます。

てんぷさん
私と同じ/または近い現象だと思います。転送と返信では明らかに処理が異なっている
感じです。Bugzilla@Mozilla にも以下のバグで登録されていました。
誰にもアサインされてませんし、当分直らないと思います。

Bug 507875 - When forwarding Hebrew text is corrupted, whe replying text is OK
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=507875
Bug 475933 - Messed message encoding when forwarding from the main window
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=475933
Bug 287675 - 'Forward' causes character-encoding problem; 'Reply' does not.
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=287675

FWさま
ご教示ありがとうございました。
現状の動作は残念ですが、バグ登録されていることなどが分かっただけでとてもすっきりしました。
直るまでは運用(文字コード変更)で対応します。