ストレートな解決方法はアドバイスできないのですが、そこに到達するためのヒントになればということで......。
類似のトピックがあります。
（参考）・メールを読むことができない
viewtopic.php?f=3&t=15798ただし、上記のトピックでは起こっている現象が抽象的に報告されているだけで、本トピックの azmax さんのように具体的な情報がほとんど提示されていないため、第三者がアドバイスするための手がかりが何もない状態です。具体的な情報を追記するよう助言が寄せられていますが、現時点ではどなたからも返答がありません。
上記トピックに類似の報告をされたお三方のユーザー環境は、投稿時に使用したブラウザの User Agent から推測すると、１人が Windows 8.1 、２人が Windows 10 のようです。ご利用の Thunderbird は、１人が 38.4.0 と明記されていますが、他の２人は不明です。
azmax さんが詳しくご報告くださった事柄から、気になる点に注目してコメントさせていただきます。
azmax さんが書きました:
ある日を境に、メールを受信すると差出人、本文が無い状態になりました。
添付ファイルも消えてしまいます。
ソースを見ると時刻などは変わりますが、常に下記8行だけになってしまい、
スパムメールのフォルダに移動されしまいます。
現象としては
（a）受信メッセージのヘッダの大半とボディ（本文と添付パート）が消されてしまう
（b）迷惑メールフォルダに移動される
この２つが一連の流れとして起こっているようです。
（b）は、（a）が起こってしまった結果、メールとしては不正常な内容になって、迷惑メールと判断されている可能性がありますが、受信メールに関与して内容を消去できる余地があるのは、受信に使ったメールソフトか常駐稼働しているセキュリティ対策ソフトぐらいですから、（a）（b）が一つの流れとして実行されてしまった可能性も否定はできません。
「試したみたこと」として列記されていることを順番にみていくと、
azmax さんが書きました:
①マカフィーアンチスパムを無効。
→スパムフォルダには転送されなくなったがメールの症状は同じ。
このことから、上記の（b）は Thunderbird の迷惑メールフィルタではなく、「マカフィーアンチスパム」が実行していたことがわかります。
azmax さんが書きました:
②セーフモードで起動
症状は①と同様。
セーフモードにより、お使いの「McAfee Anti-Spam Thunderbird Extension 2.0」が無効化されたことで、①の結果が裏付けられたと考えられます。
azmax さんが書きました:
③～⑥でも症状は変わらずでした。
という結論を前提に考えると、
azmax さんが書きました:
③Ver24→38に更新。
もともと、Thunderbird 24.4.0 をご使用で、その段階でご質問の問題が発生し、その後に 38.x にアップグレードされ、それでも改善は見られなかったということのようです。
ということは、現時点での最新バージョンである 38.4.0 に更新されたから発生した問題だとは考えにくく、Thunderbird のバージョンに依存した問題ではない可能性が高そうです。
azmax さんが書きました:
④メールのデータが入っているフォルダ\AppData\Roaming\Thunderbird\～
のデータをいったん削除して新規にアカウントを作成しなおした。
これは、新規プロファイルを作って試したのと同じことのようですが、その条件で症状の改善がみられなかったのなら、既存のプロファイル内に不具合が発生していた可能性は否定できそうです。
azmax さんが書きました:
⑤データ容量が２GB程度だったファイルがあったので（別フォルダ）
フォルダを追加して1.6GB程度に削減。
上記④の流れに納まることですが、受信メッセージの保存場所に不具合が発生していた可能性も、ひとまず否定できそうです。
azmax さんが書きました:
⑥Thnderbirdをアンインストール＋インストール。。
通常、Thunderbird のアンインストール、再インストールは、プログラムフォルダだけを対象にしていて、プロファイルは温存されます。
お試しになったのが、24.x 系と 38.x 系の両方を試されたのかどうかはわかりませんが、どちらであってもプログラム本体に異常が起こっていたわけではない、とは判断できると思います。
azmax さんが書きました:
その他
au-oneメールで事前にサーバーに入っているメールがWeb上で確認可能だが、
その時点では本文などに異常は有りませんでした。
本件が、メールサーバからクライアントにメールデータをダウンロードする過程で発生している問題だと、判断する根拠になります。
azmax さんが書きました:
試しに、別のメールソフトをインストールしたところ、こちらも問題なく
受信出来きました（秀丸メールでテスト）
比較が１つだけではありますが、少なくとも Thunderbird に固有の問題として発生していることが推測できます。
同時に、比較したメールソフト（ここでは秀丸メール）には関与せず、Thunderbird にだけ関与している何者かが存在しているなら、そこに問題がある可能性が考えられます。
以上の経過から見て、いまの時点で可能性の高そうなのは、やはりセキュリティ対策ソフトの誤動作ではないかと考えられます。
アドオンとして Thundebird に入っている「McAfee Anti-Spam Thunderbird Extension 2.0」は、セーフモードでの動作検証などで無効化した結果を確認できていますが、システムの深いところで動作しているセキュリティ対策ソフトの全般的な動作を確認できたわけではありません。
「ある日を境に」問題が起こりだした、というケースでは、真っ先に Thunderbird 自身の更新、アドオン（拡張機能、プラグイン）の更新が疑われますが、セキュリティ対策ソフトもまた、定期的に定義ファイルの更新などをおこなっています。実際、セキュリティ対策ソフトの定義ファイルなどに不具合があって受信メールの削除や判定の動作やがおかしくなることもありうるので、疑ってみる意味は十分あろうかと思います。
さらに、原則として月１回のぺースでおこなわれる Windows Update の結果、ソフトウェア(*)の動作がおかしくなるケースもあります。
(*) Thunderbird が直に影響を受けるとは限りません。
Thunderbird の動作に関与しているソフトウェアが影響を受けた結果が、
Thunderbird に現れる可能性も十分あります。さしあたり、お使いのマカフィー製品を総合的に点検してみてはいかがでしょうか。
可能なら、マカフィーの機能をすべてオフにして Thunderbird の受信動作を試すか、マカフィーを使ってない別 PC 上の Thunderbird で受信動作を確認してみると、手がかりが見えてくるかもしれません。
Thunderbird 側では、プラグインに注意してください。プラグインは、それがシステムにインストールされている限り、セーフモードでも、新しいプロファイルでも無効にはなりません。Thunderbird 上でプラグインの状態を確認し、明示的に無効化してみてください。とくにマカフィー製品関連のプラグインが入っているなら、それに注意を払ってください。
とりあえず以上です。的外れな話になっていたらすみません。
（補足）
冒頭で紹介した類似トピックに投稿されているみなさんから、いまより具体的な内容を追記していただけると、それらの情報を加味してトラブルシューティングの方向性が明確になることに期待が持てます。合わせて、そちらのトピックにも目を向けてみてください。
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