ThunderbirdとThunderbird Portableを使用しています。

Portableにてサーバーにメッセージを残すをチェックしており、通常は正常に動作し、Thunderbirdにて受信が出来るのですが、数十通に一件程度の確率でサーバーに残らないケースがあります。
同じ人からのメールでも残るものと残らないものがあり、原因が不明です。
解決策があればご教授いただけないでしょうか？

使用環境
Thunderbird 10.0.2
Thunderbird Portable 6.0.2

OS:Windows XP Professional Version 2002 Service Pack 3
よろしくお願いします。

　
メッセージを受信後もサーバに残す設定をしているということは、POP アカウントですね。

Thunderbird 10.0.2 と Thunderbird Portable 6.0.2 の双方で同じようにサーバに残す設定
をされていますか？
また、日数設定なども同じようにされていますか？

念のため、メッセージフィルタを利用している場合は、その条件設定も確認してみましょう。

[参照]　
一定期間、他のメールソフトと併用しながら移行できますか | Thunderbird サポート
　

ご連絡ありがとうございます

内容が不十分だったかと思い、加筆します。

Thunderbirdの方はサーバに残さない設定で、Portableは残す設定です。
困っているのは外出中にPortableで受信するのですが、帰社後Thunderbirdで確認するとメールが残っているケースと残っていないケースが混在していることです。
同じ人からのメールでもこのような事態が発生しているため、帰社してから全て確認しなおさないといけない状態です。

いろいろ調べてみても同様の事例が見当たらないので全く見当がつかない状態です。

　
Thunderbird Portable 6.0.2 のみでサーバに残す設定をしていても、Thunderbird 10.0.2 では
サーバに残す設定をしていないのならば、同じ条件設定ではありません。

ですから残らないメッセージや削除すべきものが残るケースがあってもおかしくないでしょう。
まず双方ともまったく同じ条件設定にしないと意味がありません。

なんで別々の設定にしているのですか？


【お勧め】
アクセス環境が異なってもメッセージの保存状態などの管理を同一にしたいということなら IMAP
アカウントを利用されてはいかがですか。
　＃但し、サーバ側が IMAP 接続をサポートしている必要があります。
　
[参照]
IMAP による同期 | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
　

ご連絡ありがとうございます
ちょっと症状事態出るケースが少ないのでもう少し様子を見てみます。
以下、回答も入れておきます。

　
いろいろと社内ルールがあって事情があるのはわかりますが、双方の Thunderbird で同じように
サーバに残す設定にできない理由が不明です。

もし社内ルールでサーバに残してもいけないのであれば、外出中と帰社後ではメールの管理にタイ
ムラグが生じて、業務に支障が出たり、生産性も下がる要因になるかと思われます。
取引先や得意先とのやりとりのメールをきちんと追えないことで、何かしらの損失行為が生じたら
大変ですね。
サーバに残すのと手元（ローカル）に保管するのと同一レベルでとらえるには無理があるかと思わ
れます。

これは Thunderbird に限らず、他のメールクライアントを利用する上でも同じかと思われます。

IMAP が利用できない社内ルールであれば、尚更 POP アカウントで同じ設定にしておくか、メッセ
ージデータを削除してもサーバからは削除されないようにしておくとかの工夫が必要です。
また社内ルールが許せば Web メールシステムの転送機能を利用するなどの方法もあるでしょう。

ともあれ、セキュリティ対策と業務の効率化の両立は難しい課題かと推測します。
POP アカウントの特徴とメールクライアントの機能をうまく組み合わせてみてください。
　

【大きなお世話】
引用は誰が書いた文章なのか区別しやすく読みやすいように配慮して編集してください。
まるごと引用した中にコメントを挿入するのはやめてください。
加えて、ポータブル版とはいえ本体側のセキュリティサポートが終了している古いバージョン
を利用しているのは問題です。
　　

kiki様ありがとうございました！