vistaを再起動した際、英語で何かメッセージが出ていました。
プロブレムが何とかと読めたので、続行していき、起動した時には
firefoxとサンダーバードが両方丸ごと無くなっていました。
やはり問題のあるソフトが入っているから消しますよといった類のメッセージだったのでしょうか？
システムに関するメッセージと思い実行したのですが、キャンセルした方が良かったのでしょうか？
これはvistaの問題かもしれませんが、出来れば消えてしまったものを復活させたいので、方法があれば教えて下さい。
それと、今後このようなことが起きないように設定する方法があればその方法と、今後同じようなことが起きてしまう場合は、その対処法（今回であれば、キャンセルした方が良かったのか、等です）を教えて下さい。
XPではこんな事はありませんでした。
本当に困っています。
どうぞよろしくお願いします。

Firefox と Thunderbird のアプリ自体が無くなっちゃったて事ですか?
設定やらデータやらは「プロファイルフォルダ」に保存されていますので、
「プロファイルフォルダ」が削除されていなければアプリの再インストールで復活すると思いますが・・・。
vista の場合、二つのアプリの「プロファイルフォルダ」のパスは以下です。
Profiles を開いて中身があるかどうか確認して下さい。

Firefox の場合
C:Users\<ユーザ名>\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox \Profiles\

Thunderbird の場合
C:\Users\<ユーザ名>\AppData\Roaming\Mozilla\Thunderbird\Profiles\


どのようなメッセージが出て来たかが不明では、何が起きているのか判断付かないと思います。
次回起動時にメッセージが出たらメモるなりしてご相談下さい、識者の方からアドバイス貰えるかと・・・。

Profilesフォルダの中には、２つ程フォルダがあったのでダウンロードし直しました。
正常に起動するのですが、設定等は反映されておらず、初期状態です。
Profilesフォルダの中身は３つに増えました。
どうしたら反映されるのでしょうか？

Profiles フォルダの中に xxxxxxxx.default ( xxxxxxxx はランダムな英数字)のフォルダが増えてしまったのですか?
最初からあったものが元々のProfilesフォルダの中身になります。
起動の度に新しい Profiles を作っているように見受けられます。

最初の質問で
との事だったのでフォーラム内を漁ってみました。
どうも以下が該当するのではないでしょうか、どうも vista ではインストールで問題があるようです。

mozillaZine 日本語版 フォーラム - [参照情報]　Windows Vista でのインストール
http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=5534

以下も参考になるかと。

mozillaZine 日本語版 フォーラム - インストール後にThunderbird再起動できず
http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=5849

# vista 知見が乏しいもので・・・。

そうです。
通常は一つなんでしょうか？
新しいものを消したら古いもので反映されるかと思い、消してみたのですが、Firefox自体が起動しなくなったので、元に戻しました。
UACは設定してみましたが、やはり古い状態に戻る訳ではないようです。
プロファイルの復元方法を試してみれば成功するのでしょうか？
他に良い方法があれば是非教えて下さい。

何事かメッセージが出た件に関しては、
システム修復の際に削除されたと思われるので、再起動に至った原因を探りましょう、
と言ったアドバイスをもらいました。
再起動は、シマンテックのインターネットセキュリティ(購入時に入っていたもの）の更新後に要求されたので実行したのですが……。

通常は一つです。
この動作から察するにその削除(移動?)した xxxxxxxx.deflt を指定して読み込んでいるようですね。
現在は　xxxxxxxx.deflt フォルダ増えていませんか?
増えていないのであれば以下の方法でどうでしょうか。
その削除(移動?)したけれど元に戻した( Firefox が起動できる) xxxxxxxx.deflt フォルダ以外を
何処か別の場所に移動します。
で、 Firefox が起動できる xxxxxxxx.deflt フォルダの中に
元々のプロファイルフォルダに入っていた xxxxxxxx.deflt フォルダの中身から
必要な設定データを Firefox が起動できる xxxxxxxx.deflt フォルダの中にコピーします。
具体的には以下のファイル。
user.js は以前のプロファイル内に作っていない場合はありません。

bookmarks.html - ブックマーク
user.js - 使用者の設定
prefs.js - 使用者の設定と既定の設定
cookies.txt - クッキー
hostperm.1 - クッキーの許可／不許可リスト
signons.txt - パスワードファイル
key3.db - 補助的なパスワードファイル

ファイル操作は Firefox を停止した状態で行って下さい。

Firefox の方は解決されたと言う事でよかったですね。
ここからは Thunderbird の話になりますのでトピを分割させて貰いました。

分割先は以下です。

mozillaZine 日本語版 フォーラム
Mozilla Thunderbird のサポートフォーラム - 消えてしまいました。
http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=5996