つたない知識と動作確認だけで、あまり解決への足しにならないかもしれませんが、一応確認した限りのことを書いておきます。

DOM inspectorでkey setの設定をみてみました。
使い方が慣れていないので違うところみているかもしれませんが…
そしてスクリーンショットだらけで申し訳ありません。

chrome://inspector/content/inspector.xul
の中のkeysetのうち、key_quitにはキーの関連付けが見当たりませんでした（domi1.jpg)。
一方で、chrome://browser/content/browser.xul
をみる限り、keysetの中のcmd_quitApplicationはCommand+Qになっているように見えます(domi2.jpg)。

ただ、操作中の動作で、toolbarbuttonのPanelUI-menu-button内には、quitに相当する機能がありませんでした(domi3.jpg)。
それから、通常OS Xのアプリケーションで「（アプリケーション名）を終了」という項目は、いわゆるAppleマークのすぐ右、アプリケーション名から展開されるメニューの中にあるのですが、DOM inspectorで表示される表示（domi3.jpg内赤四角の中）内にこの表示項目がなかったため、調べきれていません。

それともうひとつ、DOM inspectorを起動中はDOM inspectorの画面が前面に出ているときに限り、「システム環境設定>キーボード」で変更したキーバインドが有効になります。
DOM inspectorが起動中でも、inspectorの画面が背面に追いやられていると変更が反映されません。

それとまたまた追加ですが、
今回の確認の範囲では、Firefoxが最前面にあった場合のみでの確認なのですが、OSの挙動として、基本的には常に最前面にあるアプリケーションがアクティブの扱いです。
例えば、Firefox起動中に別なアプリ（例としてFinder）を起動し、Firefoxが背面に退いた状態でキーボードを打った場合は、手前にあるFinderの挙動になり、Trackpadでのスワイプなど一部を除き、Firefoxには一切入力情報が送られていないように見えます。Firefoxの操作をしたいなー、という時は前面に持ってきてアクティブにする必要があり、最前面になると同時にメニューバーがFirefoxのものになります。また、前面にある他のアプリケーションを先に閉じた場合、（フリーズ中でなければ）背面にあるアプリに自動でフォーカスが移っている…はずです。
であるので、「Firefoxのメニューバーが表示されているけれど一切フォーカスあたっていない」という状態にはあまりお目にかかったことがありません。
ただし、上で書いたような「別ウィンドウでDOM inspectorが開いていて、通常のブラウザ画面が背面」状態はこれに近いかも知れません。

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DOM Inspectorでのチェック、ありがとうございます。

タブバーやnav-barや三ボタンなどが見える、Mac OS XのFirefoxの 29のメイン画面

id="PanelUI-menu-button"は、三ボタン(ハンバーガーボタン)そのもので、
メニューパネルは、最初の<popupset>の中の、id="PanelUI-popup"の<panel>で定義されています。
quitApplicationを実行するボタンは、パネルの一番下の右隅ですから、<panel>の中で一番最後に定義されています。

DOM Inspectorのスクリーンショットを見ると、メニューバーの右の方にボタンが並んでいますが、
これは、Firefoxのツールバーのカストマイズで、Firefoxのボタンを置いたものですか？

DOM Inspectorで、Edit/Select Element By Click、メニューバーの[Firefoxメニュー]をクリック、をすると、[Firefoxメニュー]の定義の状況が見られると思いますが、その中の「Firefox を終了」は、どのようになっていますか？
メニューバーの[ファイルメニュー]の中に、「終了」のような項目がありますか？
XULでの定義は、全OS共通で「Fileメニュー」の中に定義し、各OS用のWidgetで、アップルメニューとしてOSに渡していると思うんですが、良くしりません。

なお、DOM Inspectorには、Copy XML、Copy URI、Copy File、など、単純なCopy以外もあります。
問題解析などには、IDなどでソースを見に行くなどがしやすいテキストの方が、スクリーンショットよりも適していると思います。

key_quitApplication　という文字列のあるソースは、以下だけです。
http://mxr.mozilla.org/mozilla-central/search?string=key_quitApplication
前にも書きましたが、です<key id="key_quitApplication" は、browser-sets.inc#428 で定義されていて、#ifdef XP_UNIX の時だけです。

Mac OSX は*nixベースだから、Firefox 29はXP_UNIX=Onでコンパイルされている？
それとも、アドオンがセットしている？

非常に古い、Mozilla 0.9.5 のバグですが、Bug 108135 に、アプリケーションメニュー(Mozillaメニュー/Firefoxメニュー)とファイルメニューの両方に「Quit Application」のメニュー項目があった、と書いてありました。
今でも、両方に存在するのですか？

Mac_OS_X_Build_Prerequisites を見ると、Mac OS X用のビルドでは、XP_MACOSX は定義済み、XP_UNIX は定義済み、になるようです。
元が*nixだから、当然 XP_UNIX で、CocoaかCarbon か、あたり を XP_MACOSX でとかで、という感じです。
ですから、Mac OS X版で、以下が定義されているのは当然、ということになります。
<key id="key_quitApplication" key="&quitApplicationCmdUnix.key;" command="cmd_quitApplication" modifiers="accel"/>

Mac OS Xだと、メニューの定義に従ってキーボードショートカットをアサイン、あるいは、そのメニューの定義をMac OS Xのキーボードショートカットのカストマイズで変えるのだから、
アプリケーションの自前のキーバインドを持っていたら、メニューが展開されていない時には、アプリケーションの自前のキーバインドのもの、
メニューが展開されている時には、Mac OS Xのキーボードショートカットのカストマイズで変えたもの、
というのは、至極当然のことのように思えるのだが...

だとすると、Firefoxの自前のCommand-Qのキーバインドは、Firefox 29からだとはちょっと考えにくいし、
OS X 10.9上で、Firefox 29だけでなく、Firefox16.0.2と3.6.28でも試してくださった、meeyar さんの結果なら、納得できる、
しかし、最初の報告者の方の、Firefox 28の時にはCommand-QのメニューとOption-Command-Qの入れ替えがちゃんとできていて、Firefox 29から、メニューが展開されていないとCommand-Qは相変わらずQuit、というのが起こり始めた、というのは、ちょっと解せない...
「以前はできていた」は、OS X 10.9にあげる前で、OS X 10.6とか7の話、とか、Docが出てくる前、というようなこと？
(何時から起こり始めたかは重要、と書いておいたのだけれど、質問主さんからは、何の応答もない...)

XULで定義している <menuitem> ⇒ Nativeのアプリケーションメニュー へのマッピングは、widget/cocoa/nsMenuBarX.mm#596 で行っているようです。
#832 あたりに、キーボードコマンドは、メニューの要素ではなくwindowオブジェクトに送られる、というようなコメントがあります。
また、#820 あたりに、Mac OS X 10.6あたりから、Cmd+Keyが押された時に、それをショートカットとするメニュー項目を含むトップレベルのメニューを一時的にハイライトで表示する、というようなコメントが、あります。
こういったコメントは、10.6あたりで、メニュー周りで何か少し変わった、というようなことを示しているかもしれません。

Firefoxの終了に「Alt+F4」を割り当てた時に、DOM上でいつそれが反映されるか(変更しただけで変わるか、一度メニューを開いた時か、など)、と、「Command+Q」はどのように処理されるか、
そのあと、他のメニュー項目に「Command+Q」を割り当てるとどうなるか、
などを、順次調べて行くといいでしょう。
そして、Firefoxの「Commsnd+Q」のキーバインドを殺した時の動きを調べるといいでしょう。

何で、Mac OS X版でCommand-Qのキーバインドが要るんだろう？、
無くてもいい、いや、むしろ無い方がいいんじゃないの？、と思いながら、
<key id="key_quitApplication"　の周辺を嗅ぎまわっていたら、
元々は、Mac OS Xの場合、Command-Q のキーバインドではcommad=を指定していなくて、何もしなかったのを、
commad⇒oncommand="quitApplication();"を指定して、Quitを実行してしまうように変えているパッチに遭遇しました。

多分、 Bug 189290 によるレグレッションだと思います。
2008-03月にFirefox 3にあたっていますから、Bug 429824.の始まりとも一致します。

Changeset ID = c4fea50a2a65


Bug 189290 は、Linux用の修正だから、多分、#ifdef XP_UNIX と #ifdef XP_MACOSX　について知らずにパッチを作ってしまったのでしょう。
[追記]
<menuitem>の方の変更を見ると、Linux用の定義とMac OS X用の定義を統一しているので、ちゃんと#ifdef XP_UNIXで定義、のようです。
キーバインドで、Mac OS X版でもcommandの指定が効くようにしたのは、取り立てて意識して行ったわけではなさそうに見えます。
[追記終わり]

Custom Buttons、あるいは PrefBar というアドオンを入れて、以下のスクリプトを実行する"Code"に定義したボタンを作り、このボタンをクリックすると、id="key_quitApplication" の<key>の定義を変えることができます。
ToggleCommandQ

これを行うと、Firefoxの終了にAlt+F4などをアサインした時に、メニューを閉じている時にCommand-Qで終了しないようにできますか？
また、Firefoxメニューの中で、Command-Q と Option-Command-Q のアサインの入れ替えは、可能になりますか？

「従来」って、もしかすると、Firefox 2？ (^^)
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=938303のDependency treeに入れておいた Bug 457973 は、Bug 429824 のDupにされてしまったもののうち、
Firefoxを終了に割り当てた「Command-Q 以外のショートカット」はちゃんと効いているが、
Command-Qでも依然Firefoxが終了してしまう、
という報告の一番最初のもののようで、Firefox 3.0.3での報告です。
LinuxでもCtrl+Qが効くようにするために、LinuxでもCtrl+Qのキーバインドを定義するようにした Bug 189290 で、
Mac OS Xビルドでは <key id="key_quitApp..." key="q" modifiers="accel"/> だったものを、
<key id="key_quitApp..." key="q" modifiers="accel" command="cmd_quitApplication" />
に変えてしまったのは、Firefox 3からだから、この command="cmd_quitApplication"が犯人だとしか思えない。

以前は、「Firefoxについて」にCommand-Qを割り当てることまではしなかったので、「Firefoxを終了」のCommand-Qを他のものに変えた後、とりたててCommand-Qを押さなかったが、
今回は、「Firefoxについて」にCommand-Qを割り当てたので、キーボードショートカットの変更後にCommand-Qを押して、それで気がついた、
ということではないですか？
あるいは、以前は、KeyRemapとかいったもので、FirefoxのCommand-Qのキーバインドを運良く殺してあったが、OSやFirefoxのアップグレードでそれがリセットされたとか、
アドオンなどが殺してくれていたが、XUL要素のID変更などがあって殺せなくなった、とか。
そういうことなら、納得できる現象です。

Mac OS Xでは、メニューへの割り当て経由で渡ってくるし、
割り当てを変えてもCommand+Qが効くのは、Wの横のQだから、やっぱりよろしくないと、
ずっとCommand-Qのキーバインドでは何もしないようにわざわざしてあった、ということのように思えます。
それを、Macの、ずっと昔からある、Command+Q問題を知らない人が変えてしまった、ということなんじゃないかな？
Bug 189290 のパッチを作った人は、Intentional changeであり、Correct changeだ、と言ってますけど。

ろくに返信が出来ていない間に、詳細な検討をありがとうございます。

これを試してみました。
・OS X10.9.3+Firefox29.0.1環境で、新規プロファイルを作成
・事前にシステム環境設定で「Firefoxについて→Command+Q」「Firefoxを終了→Alt+F4」の設定済み

１）Custom ButtonsのAdd new buttonで、
２）Nameに「ToggleCommandQ」、Imageを星のアイコンから選んで、CodeにWADAさんからお示しいただいたコードをそのままコピーし、OK
３）↑で出来たボタンをナビゲーションバーにDrag＆Drop
４）ボタンを押してみる
としたのですが、これだけではCommand+Qで終了されてしまう現象が変更出来ず、「Edit button」内のButton settingsにあるHot keyにAlt+F4を設定すると、Command+Qでメニューを閉じた状態でも「Firefoxについて」の画面が開き、Alt(Option)+F4でFirefoxの終了が可能となりました。
ただし、Firefoxの起動の度に上記ボタンを押さないと機能しないので、忘れてしまうとCommand+Qで終了してしまいます。

そして、システム環境設定の「Firefoxを終了→Alt/Option+Command+Q」に変更し、Custom ButtonsのHot keyもOption+Command+Qにして同じことを試してみたのですが、これは上手くいかず、Option+Command+Qを押しても、開発ツールのネットワークが表示されてしまいます。

よくよくEdit buttonのHot keyを見てみると、Option+Command+Qと押した時の表示が、違ったものになっていて、これが原因であるように思われました（添付画像）。
いろいろなキーの組み合わせで試してみると、Nなど幾つかのアルファベットを除いて、Alt+アルファベットの組み合わせでは算術記号など違う文字が表示されてしまうのがわかりました。

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確認、ありがとうございます。
でも、また、最初からややこしいことを(^^;

「Firefoxを終了　を、Command+Q → Alt+F4」、ボタンで、Firefoxの<key Coonad+Q用の comand/oncommand> を殺す、だけにしておけばいいものを。
一応、トグル、のコードになっていますが、ボタンを編集したりすると期待通りに動いてくれないみたいで、再起動直後、あるいは、新規にFirefoxのウィンドウを開いた直後でないとうまく動いてくれない、いうようなことがあります。
又、ボタンにも、Alt+F4とかOption+Command+QとかCommand+Qとか、メニューの方でも使っているものをHotkeyとして設定すると、下手をすると、Hotkeyでボタンのコードが実行され、その後、メニューから来た方が実行される、というようなことも考えられます。
あのボタンは何度もテストできるよう「トグル」にしてありますから、何度もボタンやHotkeyを押すと、わけがわからなくなります(^^)

でも、とりあえず、あのボタンで、Firefoxの<key Coonad+Q用の command/oncommand> をうまいこと殺せた時には、Command+Qで終了してしまわず、
「Firefoxについて→Command+Q」にしてあると、メニューを開いていなくても、Command+QでFirefoxについてが開く、ということの確認はとれたようですね。
Bug 189290で、Firefox 3から追加してしまったcommand="..."を除去しただけですから、Firefox 2の時と同じように動いてくれないと、困ります。

なお、こういった確認をする場合、DOM Inspectorで、FirefoxのDOM上で、ちゃんと意図した設定になっているかどうかを、確認してください。

一度<key Coonad+Q用の command/oncommand>を殺した後、command/oncommandを元に戻す必要は無いし、今のコードでは、Windowを新規に開いたり再起動した時にはボタンを押さないtいけないし、次のバージョンは、command/oncommandを殺すだけにしますね。
「Initialization Code」の方で行うと、ボタンが初期化される段階で実行されるので、「code」の方には何も書かなくても、Firefoxの<key>の定義を変える超ミニアドオン、にできるのですが、それは、先。
適当に書き換えて、確認してみてください。
基本的には、elem.removeAttribute("command/omcommand")を<key>に対して出すだけですから、簡単です。

Button SettigsのHotkeyは、何をどうするかが見えていなかったので参照しなかったのですが、meeyarさんが試してくれたので、多少動きが理解できました。
ボタンにCommand+QをHotkeyとしてアサインし、"Disable default action for specified hotkey"にチェックを入れると、何もコードを書かなくても済むかもしれません。
試してみてください。

Bug 189290 のパッチを作った人が、「Bug 938303」で、Mac OS Xの時にはcommand="..."を指定しないように戻すパッチを作ってくれました。
これにて、2008年のFirefox 3.0のリリース以来、長い間、多くのCommand+W愛好者を悩ませ続けてきた、QWERTYキーボードに由来するFirefoxのCommand+Q問題は、一件落着。
Mac OS Xのキーボードショートカットの変更が行われている、というだけで、全部Bug 429824 のDupでクローズし続けているアホ(達)によって、Bug 457973、 Bug 515395、 Bug 624881、 Bug 646362、 Bug 938303、がBug 429824のDupでクローズされてしまい、誰の目にも止まらないから、誰も問題の解析をしないし、デベロッパーもクローズされたものは見ないから問題に気がつかない、という羽目に陥ったものでした。

ダウンロードマネージャーを開く、Cmd+Jも、同じように＜key＞でcommandをセットしているから、全く同じことが起こると思うのですが、いかがですか？
ZOOMとかMinimizeなどでは、どうですか？

なお、バグ　938303 の添付の、https://bugzilla.mozilla.org/attachment.cgi?id=8426834 に、現在の＜key key="..."　modifiers="..."＞の設定をブラウザーコンソールにプリントする、ボタン用のスクリプトをアップロードしてあります。

Command+C/V/Xの系統は、コンテキストによって実行内容が変わるので、<key>の定義で直接commandをセットしてはいないようで、Command+Qのように、単に<key>の定義でcommandをセットしない、という手が使えないケースのようです。
これらは、シュートカットキーの変更や入れ替えなどが、可能なんですか？

また、フルスクリーンモード⇔ノーマルスクリーンモードを切り替えるシュートカットキーを変えた時に、
メニューから変えたフルスクリーンモード⇒ノーマルスクリーンモードの時にはちゃんと効くが、
ノーマルスクリーンモード⇒フルスクリーンモードの時は、メニューがブリンクするだけで、実行されない、
という現象が報告されていました。
これも、Bug 429824 のDupでクローズされちゃっているんですけどね(^^;
これは、Firefox 29でも起こるのですか？

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Mozilla/5.0 (Windows NT 5.1; rv:22.0) Gecko/20100101 Firefox/22.0 SeaMonkey/2.19

Bugzillaでの報告と活動ありがとうございます。
宿題を幾つか行なってみました。
これは上手くいきませんでした。メニューがブリンクするのみで何も起こりません。

これは「パッチを当てていない状態での挙動」でよろしいでしょうか？
１）cmd+Jについて
Bug 328746と同様にShift+Command+7に変更して試しましたが、メニューの「ツール」がブリンクするのみでした。

２）Zoom(日本版では拡大）、Minimize(縮小）について
Bug 316459と同じ設定にしたところ、こちらはCommand+Qと同様に、初期状態のキーバインドとして動作し、Command+option+MでResponsive Design Viewが開き、Command+Mでウィンドウが最小化されます。

ブラウザコンソールの中身はテキストで保存し添付しました。.txtで直接アップロードが出来なかったのでzipにしてあります。

それから、Command+C/V/Xのショートカットキー変更と、フルスクリーン⇔ノーマルスクリーンの切り替えキー変更については、いずれもメニューのブリンクのみで機能しませんでした。
ノーマルスクリーンで表示されているとき(ノーマル→フルスクリーンにしたい時）のメニューは「フルスクリーンにする」で、フルスクリーンで表示されている時（フルスクリーン→ノーマルにしたい時）は「フルスクリーンから戻す」なのですが、両方試しても上手くいきませんでした。

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