Creative ZenCast は Firefox のユーザエージェント文字列を変更し、Jave に干渉します。 - このプログラムをアンインストールします。

　
何者かがリセット（初期化）後の設定保存を妨害している可能性が考えられま
す。

Windowsを起動させた後、すぐに'prefs.js'が書き換えられています。つまり書き替えることが出来、また、壊れているわけでもない(一度削除してみたら直りましたが、Windowsを再起動させたら…またユーザーエージェントが書き換えられてしまっていました)これが正常な動作なのか、それとも何者かがuseragentを空白に書き換えてしまっているのか目下不明です。只今その犯人を捜しているところです。判り次第、報告します。

Xangeki!公爵殿下]1.Windowsを再起動させたら…またユーザーエージェントが書き換えられてしまっていました)これが正常な動作なのか、それとも何者かがuseragentを空白に書き換えてしまっているのか目下不明です。只今その犯人を捜しているところです。判り次第、報告します。
2.怪しいソフトを幾つかアンインストールしてみましたが(Revo Uninstallerを使って、レジストリや不要なファイル・フォルダも全部消しました)全滅でした。もちろんサードパーティーのAdd-on(セキュリティソフト：私はG Data Internet Security 2012を使用しています)を無効にしてWindowsを再起動させてみましたが、またprefs.jsが起動時に書き換えられてしまいました。当然、ユーザーエージェントが空白になってしまっていたと言う事です。しかし、まだ諦めきれないので…もう少し足掻いてみることにします。";

直接の関係がないかもしれませんが、一応情報。
Configration Maniaの古いバージョンでは、UserAgentが空白になってしまう
バグがあるようです。

英語のサイトになりますが、
#41 User-Agent is not reset properly

ざっくり意訳をすると、
「ブラウザでuser-agentの値をリセットすると、"general.useragent.override" の
値が空白文字列になってしまう」
というもののようです。

今年の7月に見つかったバグで、9月に修正されているようなので、
もし（修正後の）ver. 1.14.2011092401以前のバージョンを使われている環境であれば、
これの影響かもしれません。

新規プロファイルでも不具合再現するあたりをみると、可能性として低いかなぁ、
とは思いますが。。。

UA書き換えアドオンでの実行では即座に反映しないのでしょうけど、純粋に素の状態のFirefoxではUAは反映しますが。
今回の問題はFirefox事態と云うよりもアドオンが引き起こした不具合と云う事なのでは？
該当するアドオンの更新待ちに成るか、排除するかは質問者自身の判断で。