Mac と Win で違いがあるかもしれませんが……。
「共通受信トレイを使用する("ローカルフォルダ" にメールを保存)」 設定にされてませんでしょうか?
その場合、
x695x さん さんが書きました:
ローカルフォルダ→メッセージフィルタの設定を変更する→自分のアカウントを選択(アカウントは1つです)→件名にxxxが含まれるメールをyyyフォルダへ移動する
で選択する対象アカウントは、その個別のアカウント名ではなく "ローカルフォルダ" を選択して
やらないとうまく動作しなかったような気がします。お試しください。