[quote="csekine"]今は受信フォルダーが5％（！）なので、しばらくは最適化する必要はないのかなあという気もしますが。。
実はこれまでも、最適化は自動で行うよう設定してあったのです。それでも94％になってしまったので、[/quote]
まだちゃんと理解していただけていない気がしますね・・・
IMAPアカウントのフォルダーのプロパティ＞クォータタブの表示は、そのアカウント全体でサーバーの割当領域をどれくらい使用しているかを示しています。
受信トレイの使用容量でもありませんし、ましてやフォルダーの最適化を行うべきかの判断材料でもありません。[attachment=0]IMAPのクォータ表示.jpg[/attachment]
[b]フォルダーの最適化とは全く関係がありません[/b]ので、よろしくお願いします。

EarlgreyTeaさま、本当にありがとうございます！
サーバーとPCのフォルダーを同期させていたために、同時に消えてしまったのだと思います。
今は受信フォルダーが5％（！）なので、しばらくは最適化する必要はないのかなあという気もしますが。。
実はこれまでも、最適化は自動で行うよう設定してあったのです。それでも94％になってしまったので、もう一度手動で行ってみたら、このトラブルになってしまったのですね。。。

＞元ファイルを削除したあと、処理済みファイルとの入れ替えが失敗（普通はないですが）すればデータロストします。
＞またファイルサイズが肥大化していた場合、処理中の一時的な容量の増加も無視できなくなります。

おそらくこれが原因なのだと思います。

また、英語の記事、とても参考になります。じっくり読みますね。

プロファイルのエクスポートで別の問題も起きているので、これは別スレッドで書きます。本当にありがとうございました。

[quote="csekine"]データ復旧を手掛ける近所のPCショップに持ち込んでみたのですが、やはり上書きされてしまっているようで、元には戻せないと言われました。しくしく。。。[/quote]
それは残念でしたね。
PCショップに持ち込まれて（ノートPCでしょうか）Thunderbirdのメッセージの保存先フォルダー内の状況も調べていただいたと思いますので、その上での結論ならそうなのでしょう。

[quote="csekine"]受信フォルダーが消える前のサーバー状況は確認していません。[/quote]
容量の話はさておき、今サーバーにあるべきメールがあるのか／無いのかを確認して、被害状況は把握しておいたほうがいいでしょう。

ところで、何が起きたのでしょうか。

[quote="csekine"]受信フォルダーが94％と表示されるので、少しでも圧縮しようと思って、最適化しました。[/quote]
「94%」というのはフォルダーのプロパティの「クォータ」タブの「xx% 使用」のことかと思います。
これはそのアカウント（ユーザー）が、サーバー上で割り当てられたストレージをどれだけ使用しているかの割合になります。
したがいまして、Thundebirdのフォルダーを最適化してメールボックスファイルのサイズを削減しても、クォータタブの数値を下げることはできません。

ここで行うべきだったのは[quote="csekine"]サーバーの側では上限が１Gだったのを４Gに増やしました。[/quote]か、サーバー上の不要メールを探して削除することだったと思います。

さて、それで最適化を行ったら
[quote="csekine"]すると、inbox自体がいったん見えなくなってしまいました。何が起きたのかわからずうろうろしていると、どうやら新しいinboxが自動的に作成されてしまい、前のフォルダーが全て上書きされてしまいました。[/quote]となったわけですね。

これは私の想像なのですが、「ディスク領域を合計(A)［　20］MB 以上節約できるときはフォルダーを最適化する」という設定は無効にしていて、手動での最適化も定期的には行っていなくて、受信トレイのサイズは結構大きくなっていたのではないでしょうか。
そういう場合には良くないことが起きるリスクが高まります。

最適化が何をやっているかは「Thunderbird ヘルプ」の「[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/compacting-folders#w_zui-shi-hua-hadonoyounidong-zuo-shimasuka]フォルダーの最適化＞最適化はどのように動作しますか？[/url]」に書かれています。
メールボックスファイルからメールデータを１つずつ読み出しては一時ファイルに書き出していく。
削除済みや移動済みのデータは飛ばして書き込まない。
これを最後までやったら元のメールボックスファイルは削除、一時ファイルをリネームして入れ替える。
こういう流れです。

元ファイルを削除したあと、処理済みファイルとの入れ替えが失敗（普通はないですが）すればデータロストします。
またファイルサイズが肥大化していた場合、処理中の一時的な容量の増加も無視できなくなります。

教訓としては[list]
[*]メールデータのバックアップは定期的に行う。
[*]受信トレイにはあまりメールを溜めずに他のフォルダーに移動しておく。
できれば古いメールはIMAPフォルダーからローカルフォルダーの下へ。
[*]最適化は自動設定を有効にしておく。[/list]となるでしょうか。

【追記】
まだ翻訳されていませんが、公式ヘルプに最適化で起こりうる問題についての記事がありました。
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/compacting-folders-potential-complications]Compacting folders - Potential complications | Thunderbird ヘルプ[/url]

ありがとうございます。受信フォルダーが消える前のサーバー状況は確認していません。ごめんなさい。で、今のストレージですが、463GB中、287GBが使われていて、175GBが空いているという状況のようです。データ復旧を手掛ける近所のPCショップに持ち込んでみたのですが、やはり上書きされてしまっているようで、元には戻せないと言われました。しくしく。。。

以前なるべく直近のサーバーの使用容量はどうでしたか？
またPCのストレージの空きはどうですか。

ありがとうございます。サーバーの側では上限が１Gだったのを４Gに増やしました。でも、いま見ても200Mしか使っていないんですよね。。。プロファイルのバックアップですね。やってみます。。。

[quote="csekine"]受信フォルダーが94％と表示されるので[/quote]
その%はサーバー上のメールボックス割り当て上限に対する割合で、サーバーの不要メールを削除する必要があります。
Thunderbirdのフォルダーを最適化してもなんの効果もありません。
もしかしてPCのストレージも満杯に近づいていたのでしょうか。
だとすると、最適化でとどめを刺した可能性があります。

csekine さん、EarlgreyTea と申します。
今出先につき簡単なコメントしかできません。

これ以上の状態悪化を防ぐため、現状のプロファイルのバックアップを至急行ってください。

受信フォルダーが94％と表示されるので、少しでも圧縮しようと思って、最適化しました。すると、inbox
自体がいったん見えなくなってしまいました。何が起きたのかわからずうろうろしていると、どうやら新しいinboxが自動的に作成されてしまい、前のフォルダーが全て上書きされてしまいました。で、なぜか送信フォルダーのメール2500個と、2つのフォルダーだけが、ダウンロードされてきました。。。。PC上のデータフォルダーも、IMAP上でも、送信フォルダーのデータサイズ(200M）しか表示されないので、前の受信フォルダー(700M）は消えてしまったと思われます。これを元に戻す方法はあるのでしょうか？詳しくなくて申し訳ありません。教えてください。