X1 Carbon さん、maji です。
最初の投稿からそろそろ一週間になりそうなので既に解決済みかもしれませんが、
遅まきながら気になったので、、、。。。

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Thunderbirdを最初にインストールすると
「Thunderbirdユーザープロファイルの選択」ウィンドウが開き
その中で「新規プロファイルを作成」を選ぶと
さらに「プロファイル作成ウィザード」ウィンドウが開きます。
このプレビュー画面に従いご自身が使うアカウント情報を作って行くのですが
最初のころのステップで出てくる「フォルダーの選択」にて
あえて「フォルダーの選択」を実行しデスクトップを指定されると
実はそれは作業用フォルダぢゃなんかではなく
Thunderbirdプロファイルのフォルダ位置の選択指定であり
「プロァイルがデスクトップに作られる」すなわち X1 Carbon さんがお困りの

「デスクトップ上に大量にフォルダとファイルが作成されます」

と同じ様な状況となります(→実証済)。

# あえて「同じ状況」と書かずに「同じ様な状況」」と記してます。

このあたりは meeyar さん紹介の meeyar さんご自身のサイトに解説があるので
一通り目を通していただければ理解いただけるのではと思います。

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なお X1 Carbon さんのお手元の状況を私の推測(仮定)で書いてるので
まずは推測(仮定)が正しいかどうか
meeyarさんの質問[quote="meeyar"]この「大量のフォルダとファイル」は具体的に何(ファイル名)が存在していますか?
aidesさんやEarlgreyTeaさんが仰るような、本来の意味での「作業フォルダ」の可能性もありますが、
新規インストールの際にプロファイルの場所としてデスクトップを指定した、といったことはありませんか?[/quote][quote="meeyar"]具体的な状況はX1　Carbonさんにしかわかりませんので、まずはデスクトップ上に現れるフォルダやファイルの内訳をお知らせください。[/quote]について提示いただければと思います。

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もし私の推測(仮定)と同じ状況であって
かつ X1 Carbon さんのご希望が「いったんダウンロードしたものも含めすべて消してやり直したい」のであれば、
それは上述の「プロファイル」関連の情報を消すことにより可能です。

手順としては二通り案内可能です。
一つは
　Thunderbird機能を使って削除する方法
二つは
　Windowsのファイル操作のみで削除する方法
です。

どれをどう案内するかは
まずは前提となる「もし私の推測(仮定)と同じ状況か」を確認してからとしたく
上述引用の meeyar さんの質問の結果をお示しいただける様お願いします。


では。


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横から失礼します。
杞憂かもしれませんが…
[quote="X1　Carbon"]lenovo　X1　carbon（Windows10Pro）にて、新規インストールした際に、デスクトップがThunderbirdの
作業フォルダになってしまった様で、起動するとデスクトップ上に大量にフォルダとファイルが作成されます。[/quote]
この「大量のフォルダとファイル」は具体的に何(ファイル名)が存在していますか?
aidesさんやEarlgreyTeaさんが仰るような、本来の意味での「作業フォルダ」の可能性もありますが、新規インストールの際にプロファイルの場所としてデスクトップを指定した、といったことはありませんか?
この場合、デスクトップ上に直接プロファイルフォルダの中身が置かれてしまう(ファイルが沢山増えたように見える)ことがあります。
Thunderbirdのプロファイルそのものについては、以下の公式の記事を、
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/profiles-where-thunderbird-stores-user-data]Thunderbird のプロファイル | Thunderbird ヘルプ[/url]
またプロファイルフォルダ内の大ざっぱな内訳については、以下の拙記事と添付画像を参照してください。
[url=http://torikagotonari.hatenablog.com/entry/2016/03/02/173502]プロファイル移行１［プロファイル概略］ - とりかごとなり。[/url]
[attachment=0]profilesnakami.png[/attachment]

もしプロファイルフォルダの中身がデスクトップ上に直接あるのでしたら、Thunderbirdのアンインストール・再インストールでは改善されず、新しく既定の場所にプロファイルを作成し、こちらを使うようにやり直す必要があります。
具体的な状況はX1　Carbonさんにしかわかりませんので、まずはデスクトップ上に現れるフォルダやファイルの内訳をお知らせください。

[quote="X1　Carbon"]一度アンインストールして、再起動後に再度セットアップしても状況が改善されません。[/quote]
これは、Thunderbird を一度アンインストールしてからPCを再起動し、その後に再度Thunderbirdをインストールした、ということでよろしいでしょうか。
そしてその際に、Thunderbird の起動に使うショートカットアイコンがきちんと削除された後に、再度作成されているかご確認ください。
ご自分で作成したり変更したショートカットを使っていたりはしませんか？

ショートカットのプロパティを開いて作業フォルダの設定が添付のようになっているかご確認ください。

回答ありがとうございます。
残念ながら新規にフォルダを作成して指定してもダメでした。

ショートカットのプロパティ（ショートカットタブ）から作業フォルダの参照先をインストールしたディレクトリに変更しても再現しますか？

lenovo　X1　carbon（Windows10Pro）にて、新規インストールした際に、デスクトップがThunderbirdの
作業フォルダになってしまった様で、起動するとデスクトップ上に大量にフォルダとファイルが作成されます。
一度アンインストールして、再起動後に再度セットアップしても状況が改善されません。
解決方法をご教示頂きたくお願い申し上げます。