一部の送信者（1名）からのメールのみ文字化けします。
そのメールを選んで、メニューの[表示]->[テキストエンコーディング]を選ぶと“西欧(W)”にチェックがついて、[自動判別]は“解除(Q)”にチェックがついています。
ここで、[テキストエンコーディング]を“Unicode”にすると、日本語が表示されますが、他のメールを見た後に改めてこのメールを選択すると、元に戻って文字化けしています。
なお、[テキストエンコーディング]を“shift-JIS”,“ISO-2022-JP”,“EUC-JP”にした場合は、異なった文字化けで表示されます。

なお、その他の受信メールの[テキストエンコーディング]は、“Unicode”,“ISO-2022-JP”でした。

インターネットプロバイダー（itscom）が提供しているメールサーバにアクセスするweb系ツールで当該メールを開いた場合は、文字化けしていません。
サンダーバードが、[テキストエンコーディング]が“西欧(W)”となっているメールを受信した時に、“Unicode”に変換してくれないのではないでしょうか？
解決方法を教えてください。

こちらの環境
システム：Windows 7 64bit版
Thunderbirdバージョン：52.3.0（32ビット）
・[オプション] -> [表示]-> [書式] -> [フォントと配色] -> [詳細設定] から開く [フォントと文字エンコーディング] 画面にある [テキストエンコーディング] の設定
　　送信メッセージ：Unicode(UTF-8)
　　受信メッセージ：Unicode(UTF-8)