自己解決しました。アカウント設定→メールの保存先の参照先ミスでした。

OSの種類：Windows 7Thnderbird バージョン： 24.0.1
メールプロバイダ：会社ドメイン、gmail

状況：パソコン自体にトラブルがあり、Windowsをセーフモードで立ち上げた際、
Thunder birdを起動したらアカウントが登録されてない状態になり、
会社ドメインのメールデータが見れなくなりました。
gmailはアカウント登録後復旧させられました。

Profiles\XXX.default\mail\mail.会社ドメイン.com\Inboxに64MBのデータが入っており、
少なくとも何らかのデータが入っているのは確かで、
昨日今日で受信したメールの容量よりは大きいと思われます。

Windowsの通常モードでThunderbird立ち上げ後、
通常会社ドメインメールで使っているPOO3ではなく、imapでアカウントを登録してしまいました。
POP3でアカウント登録しなおしましたが、過去のメールは見られません。

inbox.msfを疑っています。
受信トレイ右クリック>プロパティ>フォルダを修復を試みましたが、改善しませんでした。
他スレにこれを消去する対応方法が見られますが、問題がないか確信がもてずまだ試していません。

Thunderbirdのprofileはデフォルトの位置からDドライブに移していました。
WindowsのセーフモードでThunderbird立ち上げ後、通常モードで再起動したら
profile.iniのPathが書き換わっていました。
元のＤドライブのファイルに戻しましたが、改善しませんでした。