まだ完全に復旧させたわけではありませんが、
いちからアカウントの設定をし、MozBackupでバックアップ→リストアしてみました。
すると、正常に統合フォルダが表示されました。

もしかすると、Ver2.xからアップデートを繰り返していたために、
バックアップの時点でうまくいかなかったのかもしれません。

実際のところ原因が何かはわかりませんが、kikiさんのアドバイスどおり
プロファイルを丸ごとバックアップをしていこうと思います。

　
残念でしたね。
　
試しに MozBackup 1.4.10 で Thunderbird 3.1.2 日本語版のプロファイルをバックアップし、
リストアしてみました。
OS は Windows XP SP3 です。

結果、バックアップしたフォルダに smart mailboxes があり、リストアしたプロファイルフォルダ
内にも smart mailboxes ができました。
またリストアも正常にでき、統合フォルダも表示・機能しました。　

レッドラ さんとの違いは OS ですが、MozBackup 1.4.10 に問題があったのかも知れませんね。

またしても余談になりますがこういうツールを利用する場合は事前にテストをおこなうのがお勧
めです。そうすれば現行のプロファイルと比較して問題がないか確認できます。

その上で 100% 完璧とは言い切れないので念のためプロファイルを丸ごとバックアップコピー
しておくのがいいでしょう。そうすればツールを利用したリストアで失敗する状況になっても復元
が可能になります。
　

重ね重ねありがとうございます。

手動で解凍、MozBackupを介さずにコピーしてもダメでした。
バックアップ時のVerも3.1.2で、現行verです。

これ以上はお手上げなんで、整理もかねて地道に復旧していきます。
仰るとおり、今後は丸ごとコピーでいったほうがいいかもしれませんね…

いろいろとありがとうございました。

　
[quote="レッドラ"]やはり、バックアップかリストアがうまくいってないんですかねぇ…[/quote]
手順に間違いが無ければ結果としてうまくできていないと判断するしかないでしょうね。

先に紹介した FAQ にもあるように手動で解凍する方法がいいのではないでしょうか。
もし私ならば次の方法を試してみます。
１．新規プロファイルを作る。
２．MozBackup でバックアップしたファイルを解凍する。
３．上記の中から必要なデータ類を新規プロファイルに手動（ファイル操作）で移行する。
　
あるいは旧プロファイルをそのままバックアップしてあるのならばそれを移行コピーして流用しま
す。（つまり MozBackup を経由しないということです）

尚、Thunderbird の異なるバージョン間でのバックアップとリストアならば問題が起こる可能性は
あるかと思います。
特にバージョン 2.0 系と 3.0 or 3.1 系だと一部構成ファイルが異なりますので。
　
余談ですが過去（バージョン 1.5 の頃）に MozBackup を利用した際は何も問題なく、正常にバッ
クアップ＆リストアができた記憶があります。
もし今 Windows のリカバリーや PC の乗り換えでバックアップが必要ならばプロファイルをその
まま丸ごとコピー保管しておきます。その方がリストアも簡単なので。
　　

返信ありがとうございます。

バックアップしたフォルダにsmart mailboxesはありませんでしたが、
リストアしたプロファイルフォルダ内に smart mailboxesはありました。

何回か完全アンインストール(プロファイルフォルダも含め)し、リストアをしてみたところ、
メールボックス関連のデータをリストアした場合スマート(統合)フォルダが表示されなく
なっているみたいです。
当然ですが、リストアする前だと普通に表示できました。

やはり、バックアップかリストアがうまくいってないんですかねぇ…

　
[quote="レッドラ"]MozBackupでバックアップをとり、windowsの再インストール後
同ソフトでリストアしたところ、スマートフォルダがなくっていました。[/quote]
バックアップしたファイル内に smart mailboxes フォルダとその中身があるかどうかを
確認してみてください。

[quote="レッドラ"]左右三角をクリックしても、メニューの表示→フォルダ→統合フォルダを
クリックしても表示できません。[/quote]
リストアしたプロファイルフォルダ内に smart mailboxes フォルダとその中身があるか
どうかを確認してみてください。
　
バックアップしたファイル（圧縮ファイル）内に無かったら当然ながらリストアしても出て
きませんが再生成されるはずです。
リストアしたプロファイルフォルダ内に無い場合は生成に失敗している可能性がありま
す。
　
また MozBackup でのバックアップまたはリストアで問題があったかも知れません。
まずは以下の FAQ を読んで対処してみてください。
[url=http://www.geocities.jp/chimantaea_mirabilis/MozBackup/guide-faq.html]MozBackup - FAQ[/url]
　

MozBackupでバックアップをとり、windowsの再インストール後
同ソフトでリストアしたところ、スマートフォルダがなくっていました。

左右三角をクリックしても、メニューの表示→フォルダ→統合フォルダを
クリックしても表示できません。

環境は、以下のとおりです。
Thunderbird3.1.2 MozBackup1.4.10 Win7

解決方法がわかる方がいましたら、是非よろしくお願いします。