Windows MBox Viewerで本当にメールが残っていないか
確認してみたらどうですか？

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Windows MBox Viewer 使い方
https://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/faq/pdf/mbox%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AB%E6%A0%BC%E7%B4%8D%E3%81%95%E3%82%8C%E3%81%A6%E3%81%84%E3%82%8B%E3%83%A1%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%AE%E9%96%B2%E8%A6%A7%E6%96%B9%E6%B3%95.pdf

mbox-viewer.exe-v1.0.3.44.zip　ダウン

mbox-viewer.exe-v1.0.3.44　解凍

mboxview64.exe　実行

EarlgreyTeaさん

ImportExportTools NGを入れてみました。7daysでバックアップするようにしました。ありがとうございます。

[quote="Hitomi"]受信トレイにあるように見えますが、検索して出て来たメールのタイトルをクリックして開くと、メッセージは表示されません。[/quote]
受信トレイのメッセージリストに表示される情報は「Inbox」ファイルではなく「Inbox.msf」という要約ファイルのものです。
メッセージリストで選択したインデックスでInboxを読みに行っても該当データが見つからないので開けないのです。
ちなみに要約ファイルにはメールのヘッダー情報と要約文（グローバル検索した結果のリストで表示される）が記録されています。

定期的なバックアップは大事です。
特にPOPでサーバーにメールをあまり残さない運用の場合はそれが頼りです。

拡張機能の「[url=https://addons.thunderbird.net/ja/thunderbird/addon/importexporttools-ng/]ImportExportTools NG[/url]」はプロファイルのバックアップ機能がありますので、入れておくことをおすすめします。
機能を有効にして間隔を指定しておくと、そのタイミングの終了時にダイアログを出してバックアップを実行できます。

そのリストは受信トレイでしょうか。それとも別のフォルダーでしょうか。

受信トレイにあるように見えますが、検索して出て来たメールのタイトルをクリックして開くと、メッセージは表示されません。ですので何かしらで残っているのだとは思いますが、何かのバグで表示が出来ずメールが消えているように見えます。。。セキュリティーも確認しましたが、何もおかしなところはなさそうです。

もうあきらめるしかないのでしょうか？

[quote="Hitomi"]問3：検索で無くなったメールがリストにあるように見えるのですが、それを開こうとすると表示されません。[/quote]
そのリストは受信トレイでしょうか。それとも別のフォルダーでしょうか。
別のフォルダーなら意図していないメールの移動が行われたということになります。

[quote="Hitomi"]問4：試しましたが直近数日のメールが再ダウンロードされるだけで消えたメールは戻りませんでした。[/quote]
POPアカウントのサーバー設定のデフォルトでは、[code]　☑ ダウンロードしてから ［　14 ］日以上超過したメッセージは削除する[/code]と設定されていますので、チェックついたままですと指定した日数より古いメールはサーバーに残っていないことになりますね。

[quote="Hitomi"]問5：試しましたが、もっと昔2017年などのメールは確認できましたが、消えた期間のメールは確認できませんでした。[/quote]
削除されたが「削除済み」のステータスが設定されているだけでデータは残っているということを期待したのですが…
復旧したい期間のメールは確認できなかったのですね。
問3で検索で見つかったのが別のフォルダーならそれも調べてみてください。

そこにも見つからずサーバーにも残っていないということになりますと…以前にバックアップを取っていなければ復旧は無理でしょうね。
なぜそんな事になったのかは大いに疑問ですが。

ところでセキュリティソフトが受信トレイで脅威検出して破損してしまったといった可能性はないでしょうか。
念の為、セキュリティソフトのログを確認してみてください。

EarlgreyTeaさん　様々アドバイスありがとうございます！丁寧なアドバイスとても感謝しております。

問1：バックアップを取りました。
問2：POPサーバー設定です。
問3：検索で無くなったメールがリストにあるように見えるのですが、それを開こうとすると表示されません。
問4：試しましたが直近数日のメールが再ダウンロードされるだけで消えたメールは戻りませんでした。
問5：試しましたが、もっと昔2017年などのメールは確認できましたが、消えた期間のメールは確認できませんでした。

他に何か出来る事があればご教示お願い致します。

Hitomi さん、EarlgreyTea と申します。

[quote="Hitomi"]サンダーバードの受信メールが2020年6月30日から今朝受信分まで消えてしまいました。[/quote]
まず第1に急ぎ行ってほしいのは、Thunderbird のプロファイル（およびメッセージデータ）のバックアップを取ることです。
そして、[color=red]「最適化」は絶対に行わないでください。[/color]

バックアップは下記の手順でお願いします。
[list=1]
[*]Thunderbirdを起動します。（起動しない方法もありますが、こちらの方が説明が確実なので）
[*]メニュー＞ヘルプ＞トラブルシューティング情報を開きます。
[*]「アプリケーション基本情報」セクションにある「プロファイルフォルダー」の項目の「フォルダーを開く」をクリックします。
[*]エクスプローラーで現在使用しているプロファイルフォルダーが開かれます。フォルダーを開いたまま、Thunderbirdは終了しておきます。
[*]1つ上の階層（Profilesフォルダーになると思います）に移動し、先ほど開いていたプロファイルフォルダーを右クリックしてプロパティでサイズを確認しておきます。
[*]確認したサイズをコピーするのに十分な容量のバックアップ先を用意します。
[*]プロファイルフォルダーをコピーし、バックアップ先で貼り付けを行います。
[*]コピーが終了したらバックアップ完了です。[/list]

[color=red]※なお、ご自身で「メッセージの保存先」をプロファイル外の場所に変更されていた場合、そのフォルダーを別途コピーする必要があります。[/color]

問1：上記のバックアップはお済でしょうか。（この先に進むのはバックアップ完了後にお願いします）

問2：アカウント設定＞サーバー設定のサーバーの種類は「POP メールサーバー」でしょうか。（以降はその前提で書きます）

問3：消えたメールが別のフォルダーに移動されていないか、Ctrl+K でフォーカスされる検索欄を使って消えたメールを検索してみてください。見つかりましたでしょうか。

問4：アカウント設定＞サーバー設定で「ダウンロード後もサーバーにメッセージを残す」設定になっていれば、サーバーにメールが残っていることが期待できます。
「メッセージの保存先」のフォルダーにある「popstate.dat」というファイルを削除して Thunderbird を起動して受信を行うと、ダウンロード済みのメールも再ダウンロードされます。
消えたメールが再ダウンロードされましたでしょうか。
再ダウンロードされたメールは（ローカルフォルダーとかの）別フォルダーにコピーしておきましょう。

問5：消えたメールすべてを再ダウンロードできなかった場合、バックアップから「Inbox」（受信トレイ）ファイルを戻し、それをメモ帳とかで調べます。
メールのソースが連結されて保存されていますが、「Date:」で始まる行はメールの送信日時、「From:」が差出人になります。消えたメールに該当するデータが見つかりますでしょうか。

サンダーバードの受信メールが2020年6月30日から今朝受信分まで消えてしまいました。

事象：Inboxのメールが簡易表示されなくなり（2020/6/30までの分と直近1時間は表示され、その中間が表示されなくなった。）Inboxのフォルダーの修復ボタンを押したところ、簡易表示されなくなっていたメールが全て消えた。

もしどなたかおわかりでしたら、復活の方法をご教示いただけないでしょうか？