[quote="yohekotata"]該当するアカウントのみ「本文」を対象にしたフィルターだけが動かないのは、なにか原因があるのでしょうか？[/quote]
そのアカウントがどういうもので、どのような状況になっているかを調べられるのは yohekotata さんだけです。
原因を問われましても「わかりません」としか答えようがありません。
情報をください。

まず切り分けとして、新しいプロファイルに問題のアカウントのみを新規設定し、メッセージフィルターを設定して確認してみてください。
[url=https://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=18363]新しいプロファイルで Thunderbird の動作確認する方法[/url]

ご回答いただきありがとうございます。
せっかく丁寧に教えていただいたのに申しわけないのですが、h4は勘違いということがわかり、他に原因がありました。

複数アカウントがあるのですが、該当する1つのアカウントでのみ「本文」に指定した場合フィルターが動いていないようです。
「件名」や「差出人」であれば問題なく動作しています。

・他のアカウントは問題なく全てのフィルターが正常に動いている
・全アカウント共通してimap

「本文」を指定した場合、企業名や商品名など短い単語で試しても動きませんでした。
迷惑メール以外の通常メールに対しても同様です。

該当するアカウントのみ「本文」を対象にしたフィルターだけが動かないのは、なにか原因があるのでしょうか？
お手数おかけしますがよろしくお願い致します。

yohekotata さん、EarlgreyTea と申します。

[quote="yohekotata"]メッセージフィルターが適用されない迷惑メールがいくつかあり、ソースを見たところ本文が全てh4タグで囲まれていました。

「件名」や「本文」で文章を指定しても、hタグで囲まれたメールに対してフィルターが適用されず、手動削除もしくは迷惑メールフィルターで対応している状態です。[/quote]
HTMLメールで本文のHTMLのbody内がh4タグで囲まれたものしか無いメールを受信しても、メッセージフィルターの本文の条件で動作します。
ましてや件名でヒットしないのはh4タグとは関係ありません。
文章ではなくまずは簡単な単語から試してみたらどうでしょう。
それでもうまくいかないなら、その迷惑メールに関してまだご提示いただけていない情報があるはずです。
ご自身で調べるのが困難でしたら、どこかにソースをアップロードしてご提供いただけますでしょうか。

【追記】
ソースのご提供はメールを「メッセージを保存」でemlファイルにエクスポートしてください。
そして、見られたら困るご自身のメールアドレスや受信サーバー等があれば伏せ字編集しておくのをお忘れなく。

本文が全てhタグで囲まれた迷惑メールについて、メッセージフィルターを適用する方法はありますか？

メッセージフィルターが適用されない迷惑メールがいくつかあり、ソースを見たところ本文が全てh4タグで囲まれていました。

「件名」や「本文」で文章を指定しても、hタグで囲まれたメールに対してフィルターが適用されず、手動削除もしくは迷惑メールフィルターで対応している状態です。

メールに使われているhtmlタグ等を指定してフィルターを適用する方法は無いのでしょうか？