sam さん、maji とゆ者です。
EarlgreyTea さんの質問に加えて私からも質問させてください。

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問5：お困りの事象は何時から起きてるのでしょうか。
　　　当初は正常で途中から(→何時から？)出始めたのか
　　　最初から(ヤフーメール設定した時から？)なのか
　　　等々についてお教えください。

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では。

sam さん、EarlgreyTea と申します。

[color=green]質問するときは、[b][url=https://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用に関するご案内[/url][/b]に目を通し、[list]
[*]OS の種類とバージョン
[*]Thunderbird のバージョン
[*]アカウントの種類（IMAP か POP か）[/list]
といった使用環境についての最低限の情報を書き添えていただくよう、お願いします。[/color]

[quote="sam"]あとは何を試せばいいでしょうか？[/quote]
闇雲にあれこれ試すのではなく、まず状況を正確に把握することが必要です。
いくつかお尋ねします。

[quote="sam"]ヤフーメールのみ受信トレイにメールが届かず、
全てのメールフォルダーのみメールが届きます

その他のメールは正常に機能しております[/quote]
問1：上記について以下の認識で合っていますでしょうか。[list]
[*]Thunderbirdで新着メールを受信しても、Yahoo!メールのアカウントの「受信トレイ」に追加されない。[list][*]「全てのメール」フォルダーには新着メールが追加される。[/list]
[*]Yahoo!メールの他に複数のメールアカウントを利用しているが、そちらでは問題が起きていない。[/list]

問2：Yahoo!メールのアカウントはIMAPでしょうか。

問3：私が使っているYahoo!メールのIMAPカウントでは「全てのメール」というフォルダーは見当たりませんし、ブラウザーでYahoo!メールにアクセスしてもそのようなメールボックスやフォルダーは無いのですが、間違いないでしょうか。

問4：仮にYahoo! JAPANのIDを作成した時期により仕様が異なってるとした場合、「全てのメール」はGmailでの「すべてのメール」と同じ機能なのでしょうか。

どなたか教えてください。

ヤフーメールのみ受信トレイにメールが届かず、
全てのメールフォルダーのみメールが届きます

その他のメールは正常に機能しております
送信は普通にできます

右クリックフォルダの最適化とフォルダの修復も行いました

あとは何を試せばいいでしょうか？