[quote="oyazi"]※この問２のところで添付頂いている写真の通りになります。これをデコードしないようにする方法が知りたいです。[/quote]
繰り返しになりますが、[b]URLがデコードされて「表示される」こと自体は正常な動作になります。[/b]
問題なのはメール内のリンクからの連携でブラウザーでURLのページが開けないことです。

[quote="oyazi"]問3、ブラウザーはIE 11 です
問4、ハイパーリンクを「リンクのURLをコピー」で張り付けると開くことが出来ます。[/quote]
リンクのURL自体は正しいということですね。

問7：IEのアドレスバーのURL表示はどのようになっていますか。

問8：リンクからコピーしたURLをメモ帳などに貼り付けると、パーセントエンコーディング表記でしょうか、それとも日本語表記になっているでしょうか。

問5、問6 についてもお願いします。

[color=red]なお、Internet Explorer 11は、今年6月にはブラウザー単体としては完全に使えなくなります。[/color]
[url=https://atmarkit.itmedia.co.jp/ait/articles/1503/11/news134.html]いよいよ完全終了へ。Internet Explorer（IE）サポート終了スケジュール：Tech TIPS - ＠IT[/url]

[b]規定のブラウザーは Microsoft Edge や Google Chrome や Mozilla Firefox に早めに移行することを強く推奨します。[/b]

返信遅くなり申し訳ございません。ご質問頂いた内容について
問1、Thunderbird 91.6.1(64ビット）
問2、HTMLメールです
※この問２のところで添付頂いている写真の通りになります。これをデコードしないようにする方法が知りたいです。

問3、ブラウザーはIE 11 です
問4、ハイパーリンクを「リンクのURLをコピー」で張り付けると開くことが出来ます。

うーん、それでは①に関して細かく質問していくので、
それに回答して行く形でお願いします。

問1：Thunderbird のバージョンを教えてください。

[quote="oyazi"]ハイパーリンクURL内に文字コードが文字に変換されてしまいます。
(すべては書けませんが「?file=%E5%8F%96%･･･」の＝以降が漢字に変換されてしまう）[/quote]
問2：ハイパーリンクということなので①のメールはHTMLメールでしょうか。

「%E5%8F%96」みたいのをパーセントエンコーディング（URLエンコード）といいます。
これはデコードすると「取」という漢字になります。
例えば、Wikipedia というサイトの「メインページ」のURLは「https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%A1%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%9A%E3%83%BC%E3%82%B8」となります。
URLのパーセント部分が漢字に変換されて、Thunderbirdのステータスバー（画面一番下部分）に「表示される」こと自体は正常です。[attachment=0]ステータスバーにはパーセントエンコーディング部分はデコードされて表示される.jpg[/attachment]
[quote="oyazi"]ハイパーリンクをクリックするとブラウザにはとぶのですが、本来はコードなままがただしいので、エラーが出てしまします。[/quote]
問3：使用しているブラウザーはユーザーエージェントからすると IE 11 でしょうか。

問4：ハイパーリンクで右クリックして「リンクのURLをコピー」し、ブラウザーのアドレスバーに貼り付けてみてもリンク先のページを開くことはできないでしょうか。

問5：エラーが出るということですが、エラー画面が表示されているのであれば、表示されているメッセージを教えてください。できれば画面のスクリーンショットを撮っていただけないでしょうか。

問6：Windows 10環境だと思いますが、標準の Microsoft Edge ブラウザーを使ってみても同じでしょうか。

ご回答ありがとうございます。
①ですが、あまり専門用語当わからないもので説明が非常に難しんですが、
ハイパーリンクURL内に文字コードが文字に変換されてしまいます。
(すべては書けませんが「?file=%E5%8F%96%･･･」の＝以降が漢字に変換されてしまう）
ハイパーリンクをクリックするとブラウザにはとぶのですが、本来はコードなままがただしいので、エラーが出てしまします。
わかりにくい説明申し訳ございません。

oyazi さん、EarlgreyTea と申します。

まず、Thunderbird をご利用でのご質問かと思いますので、正確なバージョンを教えてください。

[quote="oyazi"]①受信メッセージ内についているハイパーリンクについて、リンク内の一部が
日本語に変換されてしまいリンクを開くことだ出来ません。(カーソルをリンクにもっていった時点で、下のところには日本語に変換されて表示されます。）[/quote]
どういう状況なのかよく理解できません。
リンクが日本語に変換とはどういう状況でしょう。
元々日本語が入っていたのではなく、「変換」されたというのは確かでしょうか。

リンクを開けないということについては了解しました。
カーソルをリンクに持って行った時点で～、というのはマウスカーソルをリンクの上にホーバーさせたら、Thunderbird 画面一番下のステータスバーにリンクのURLが表示されたが、日本語になっていたということでしょうか。

現象発生時の静止画は用意できないでしょうか。
[size=120][color=red]※ただし、公開したくないメールアドレスや名前等の部分はご自身でマスク処理お願いします。[/color][/size]

[quote="oyazi"]②メッセージについている添付について、一部の人から受信した添付がダブルクリックで開くことが出来ず、いったん保存しなけれな開けない状況です。[/quote]
開けない添付ファイルの拡張子は何でしょうか。
関連するトピックがありますのでご覧ください。
[url=https://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=19350]Thunderbird Ver91.4.1でメールの添付ファイルが開けない拡張子がある[/url]

なお、バージョンによって状況が変化してますので、通して読んでみてください。

[quote="oyazi"]同じファイルの添付でも、送信者によっては直接開くことが出来ます。[/quote]
そうなると別のファクターが絡んできますが、まず全く同じファイルかどうかを今一度ご確認ください。
添付を開くことができる場合とできない場合、送信元のメールソフトはどうなっているでしょうか。

　以下2点困っています。解決方法ご教授ください。
①受信メッセージ内についているハイパーリンクについて、リンク内の一部が
日本語に変換されてしまいリンクを開くことだ出来ません。(カーソルをリンクにもっていった時点で、下のところには日本語に変換されて表示されます。）

②メッセージについている添付について、一部の人から受信した添付がダブルクリックで開くことが出来ず、いったん保存しなけれな開けない状況です。同じファイルの添付でも、送信者によっては直接開くことが出来ます。

以上、ご助力の程お願い致します。