はじめ さん、EarlgreyTea と申します。

[quote="はじめ"]ExchangeOnline（クラウド型メールサービス）を使用して
いますがIMAP設定（Port:993）で読みに行くと、迷惑メールフォルダにサーバーで迷惑と振り
分けられたメールが存在するのに、Thunderbirdで見ると、フォルダの中身が空の表示となります[/quote]
他のメールソフト、例えば Outlook や Windows標準のメールアプリ（ただし、Exchange ではなく IMAP として設定）ではどうでしょうか。

[quote="はじめ"]購読設定画面では、選択肢に迷惑メールが表示され、正しくチェックされているのですが[/quote]
アカウント設定＞サーバー設定＞詳細 にて、「購読しているフォルダーのみ表示する」のチェックを外してみると、別のフォルダーが見えるようになるかもしれません。

基本的には Exchange Online 側の問題かと思いますので、状況を整理できたら Microsoft に問い合わせすることをおすすめします。

Windows10 64bit　Thunderbird 91.5.1 (32 ビット)を使用していて、
Office365のサービスのひとつの、ExchangeOnline（クラウド型メールサービス）を使用して
いますがIMAP設定（Port:993）で読みに行くと、迷惑メールフォルダにサーバーで迷惑と振り
分けられたメールが存在するのに、Thunderbirdで見ると、フォルダの中身が空の表示となります
購読設定画面では、選択肢に迷惑メールが表示され、正しくチェックされているのですが

接続は、SSL/TLSで通常のパスワード認証で、使えていて、他の送受信フォルダの中身は
正しく表示されているようです
サーバーで迷惑メールの振り分けがされているので、Thunderbirdでの迷惑メール機能設定は
使用しておりません

特定のプロファイル・アカウントでのみの事象かと思い、複数のアカウントで比較しましたが
どれも同様のようです
同様の事例、解消法がありましたら、ご指南ください