最後の投稿からひと月あまり経過しました。
私の場合は、
下書きフォルダーをローカルフォルダーに作成する
運用が合っているようなので、
これで使用することにしました。

コメントがつかないようなので、同じようなことで
困っている方はいないのかもしれませんが、
一応、報告します。

アドバイスいただいた方々には、ありがとうございました。

IMAPログを確認したところ、
CAPABILITY IMAP4 IMAP4rev1 IDLE NAMESPACE
となっており、UIDPLUSはありませんでした（それにしても少ない・・・）。

IMAPサーバーがUIDPLUSをサポートしていない場合に発生することがある現象ではないかと考えています。
UIDPLUS未サポートで必ず発生するのかはわかりません。

もふもふ さん
あとで、そのバグチケットを確認してみたいと思います。

EarlgreyTeaさん、いつもアドバイスありがとうございます。

https://bugzilla.mozilla.org/
Bug 460085
このレポートが、今回の事象に近いように思います。
かなり古いレポートですが。

Bug 1010711
この関連情報から、起きていることが少しだけ見えてきたような気がします。

もしThunderbirdの改良に役立つのであれば、レポートで貢献したい気持ちはありますが、
英語で事象を報告するだけの技術がないので、残念ながら難しいです。

https://bugzilla.mozilla.org/ で既出でなければ報告した方がいいと思います。

フラグ変更リクエストを送るかどうかはメールクライアント側の問題のように思うのですが、
IMAPサーバー側の理由でリクエストを送らないことがあるのでしょうか。
メールプロトコルの知識は付け焼刃のため、的外れなことを言っているとか、
このフォーラムで扱う内容ではないとか、場違いでしたらご容赦ください。

ちなみに、Thunderbird 91.3.0にバージョンアップしましたが同じ状態です。

長文になってすみません。
スパム扱いされてしまった。

(3)のログ出力パターン（抜粋）
SendData: 121 append "Drafts" (\Draft) {620}
CreateNewLineFromSocket: 121 OK APPEND completed
SendData: 122 noop
CreateNewLineFromSocket: 122 OK noop completed
SendData: 123 UID fetch 1799:* (FLAGS)
CreateNewLineFromSocket: 123 OK fetch completed
SendData: 124 UID fetch 1798:1799 (UID RFC822.SIZE FLAGS BODY.PEEK[HEADER.FIELDS (From To Cc Bcc Subject Date Message-ID Priority X-Priority References Newsgroups In-Reply-To Content-Type Reply-To)])
CreateNewLineFromSocket: 124 OK fetch completed
SendData: 125 uid store 1798 +Flags (\Seen \Deleted)
CreateNewLineFromSocket: 125 OK store completed
SendData: 126 UID fetch 1799 (UID RFC822.SIZE BODY.PEEK[])
CreateNewLineFromSocket: 126 OK fetch completed
SendData: 127 IDLE
CreateNewLineFromSocket: 127 OK IDLE terminated


(3)の場合はフラグ変更（store）のリクエストにより削除マーク付き（\Deleted）になっていますが、
(3)以外はフラグ変更リクエストが送られていません（だからこそ削除されない訳ですが・・・）。

つづく

このトピックの発端はメール送信時の問題なのですが、これまでの動作確認から
そもそも自動保存／手動保存にかかわらず下書きフォルダーに下書きを保存・削除する際の動作がおかしいので、
以下の動作時のIMAPログを確認しました。

(1)作成メニューでメール作成画面を開き、ファイル：保存メニューで保存する。
　　→下書きフォルダーに下書きが保存される。
(2)この状態で、ファイル：保存メニューで保存する。
　　→下書きフォルダーにもうひとつ下書きが保存され、下書きが２通になる。
(3)いったんメール作成画面を閉じる。既存の下書きを編集ボタンで開き、ファイル：保存メニューで保存する。
　　→修正後の下書きが保存され、修正前の下書きが削除される。
(4)この状態で、ファイル：保存メニューで保存する。
　　→下書きフォルダーにもうひとつ下書きが保存され、下書きが３通になる。

期待した動作は(2)(3)(4)とも修正前の下書きが削除され、修正後の下書きが残るというものですが、
現状は(3)のみ期待した動作となっています。


(1)(2)(4)のログ出力パターン（抜粋）
SendData: 106 append "Drafts" (\Draft) {617}
CreateNewLineFromSocket: 106 OK APPEND completed
SendData: 107 noop
CreateNewLineFromSocket: 107 OK noop completed
SendData: 108 UID fetch 1798:* (FLAGS)
CreateNewLineFromSocket: 108 OK fetch completed
SendData: 109 UID fetch 1798 (UID RFC822.SIZE FLAGS BODY.PEEK[HEADER.FIELDS (From To Cc Bcc Subject Date Message-ID Priority X-Priority References Newsgroups In-Reply-To Content-Type Reply-To)])
CreateNewLineFromSocket: 109 OK fetch completed

つづく

以下の記事を見つけたので、もうダメもとでやってみました。

https://support.mozilla.org/en-US/questions/1280432
https://support.mozilla.org/en-US/questions/1282944

Thunderbirdを終了する。
プロファイル配下のDraftsファイルを削除する。※バックアップは取りました。
Drafts.msf、Drafts-1、Drafts-1.msf
ついでにSentファイルも削除する。
Sent.msf、Sent-1、Sent-1.msf
Thunderbirdを起動する。

結果として、症状は再現しました（下書きが削除されない）。
元の記事でも、効果があったりなかったりのようなので、仕方がありません。
ちなみに、「-1」が付いたファイルは作成されず、
Drafts.msf、Drafts、Sent.msf、Sentとして修復されました。


EarlgreyTeaさん
いろいろアドバイスいただき、ありがとうございます。
下書きフォルダーをローカルに作成するとか、
IMAPサーバーと同期しないようにするとか、
少しずつ設定を変えてみて、自分に合った運用を模索します。
そのうち、Thunderbirdがバージョンアップして直らないかな。
原因追及したいのはヤマヤマですが、ログ採取など私にはハードルが高いかも。

Dafts、Sent とThunderbirdから書き込むフォルダーでトラブルが発生しているということになります。
回避するには、送信控えや下書きはローカルのみでIMAPサーバーとは同期しないという運用になるでしょう。
原因を調べるにはログを採取するなどのアクションが必要です。

追加で以下も試してみました。

(1)メール作成中に5分以上経過して、下書きを自動保存する。
→下書きフォルダーに下書きが保存される。
(2)この状態で、ファイル：保存メニューで保存する。
→下書きフォルダーにもうひとつ下書きが保存され、下書きが２通になる。
(3)送信の操作をする。
→メールが送信されるが、下書きは２通とも削除されない。


Drafts-1の中をのぞくと、末尾に同じ本文のメールが２つ存在します。
Message-IDは同じで、Date（保存時刻？）は異なります。

過去のトピックやネット検索で調べたりしていますが、
未解決のまま終わっていたり、似ているけど同じ現象ではなかったり、
これという情報にたどり着けていません。
時間を見つけて試行錯誤かなと思っています。

後出しのようで申し訳ないのですが、以下の情報も記載しておきます。
参考になるのかわかりませんが・・・
通常利用しているプロファイル、原因究明のために作成した新しいプロファイルのどちらも、
Draftsだけでなく、Sentにも「-1」が存在します。
Sent.msf、Sent-1、Sent-1.msf
DraftsとSent以外に「-1」付きはありません。

EarlgreyTeaさん、引き続きお付き合いくださりありがとうございます。

下書きフォルダーについて

こちらは通常利用しているプロファイルの状態です。
xxxxx.default-release\ImapMail\xxxxxxxxxx
Drafts.msf　更新日：2021/07/01（ThunderbirdをPCに初めてインストールした日）
Drafts-1　更新日：2021/11/01
Drafts-1.msf　更新日：2021/11/01

こちらは原因究明のために作成した新しいプロファイルの状態です。
xxxxx.Test20211101\ImapMail\xxxxxxxxxx
Drafts.msf　更新日：2021/11/01
Drafts-1　更新日：2021/11/01
Drafts-1.msf　更新日：2021/11/01

新しく作成したプロファイルの状態が、すでに「-1」付きになっており、
また、通常利用しているプロファイルのDrafts.msfは更新日が古いままなので、
どういう動きをしているのだろうと思っていました。


Webメールで見た状態について

Webメールで見ると、
受信箱、下書き、送信済み、迷惑メール、ごみ箱、・・・（自分で作成したフォルダー）
と並んでおり、特におかしなフォルダーは見受けられないのです。
また、この下書きフォルダーはWebメールの機能では削除できません。
自分で作成したフォルダーは削除できますが、受信箱や下書きなどは削除できないようになっています。

書き込もうとして（書き込み禁止やロックされていて）書き込めない状況があった場合、
-1、-2 ... といった枝番の付いたファイルが保存されることになります。

ところでわからないことがあります。
ならば、どうしてが残っているのでしょうか。

下書きフォルダーに関して、
Thunderbird は送信時に不要になった下書きメッセージを削除していますが、
それがIMAPサーバー側では削除できておらす、
同期動作により Thunderbird 側の下書きフォルダーに下書きメッセージが戻されてしまい、
結果として、下書きメッセージが残ってしまうという症状として現れているものと理解できます。

とりあえず、Thunderbird 側で下書きフォルダーがおかしなことになっているなら、
それと同期している IMAPサーバー側も WEBメール機能から見たら、
おかしなフォルダーが出てきているように見えているんじゃないかと思います。

もしそうなら、
そのフォルダーを削除してきれいにすれば、仕切り直しができるんじゃないかと思います。

EarlgreyTeaさん、返信ありがとうございます。

下書きフォルダーをローカルフォルダーに作成して試したところ、
自動保存された下書きがメール送信時に削除されました。
社内のIMAPメールサーバーに依拠した挙動だとすると、いかんともしがたいのかな・・・

ちなみに、直接の原因ではないかもしれませんが、
プロファイル配下の下書きファイル（Drafts）は以下のようになっており、
「-1」の付いたファイルは何だろうと思っていたところです。
xxxxx.default-release\ImapMail\xxxxxxxxxx
Drafts.msf　更新日：2021/07/01（ThunderbirdをPCに初めてインストールした日）
Drafts-1　更新日：2021/11/01（本日）
Drafts-1.msf　更新日：2021/11/01（本日）

メールは社内でThunderbirdを利用することが多いのですが、
社外でWebメールを利用することもあり、
下書きをサーバー／ローカルどちらに置くのが便利か悩ましいところです。

アドバイスありがとうございました。

もふもふ さん
「社内のIMAPメールサーバー」に依存した挙動のように思えます。
下書きフォルダーをローカルフォルダーに作ってみたらどうなるでしょうか。