素早い応答ができなくてすみません。

解決できたのなら、なによりです。当方からの問いかけにお答えいただいている、または疑問を呈しておられる部分について、補足的に触れておきます。

[quote="nanasi"]＞比較として、[統合フォルダー] 形式で表示されているフォルダーペインで、[送信済みトレイ] や [下書き] など [受信トレイ] 以外の標準フォルダーのルートに対してプロパティを表示させたとき、
[フォルダーのプロパティ] が開きました。[/quote]
前便でも少し触れたように、この結果は、[受信トレイ] のみ検索対象の指定が壊れた...といった問題ではなく、[統合フォルダー] 全般の問題であろうことの裏付けになります。
つまり、プロファイル内の [smart mailboxes] を再構築する必要性を示していることになります。

[quote="nanasi"]＞その中の [Mail] フォルダー内を見て、[smart mailboxes] というフォルダーが存在するか、存在するならその内部はどのような構成になっているか、確認してみてください。
存在しました。
別の場所に退避しておいた旧フォルダと再起動後の新フォルダを比較したところ、Archives.msfが2KBから3KBに、inbox.msfが3KBから19KBにという感じで全ての.msfのファイルの容量が増えていました。
また旧フォルダにだけ、msgFilterRules.datという1KBのファイルが存在していました。[/quote]
[smart mailboxes] 内にあるファイル群は、一見すると通常のアカウントと大差ないように見えますが、検索フォルダーとしての役割を担っているので、その働きはずいぶん異なります。
[受信トレイ] を例にすれば、次のように言えるでしょう。

[b]（mbox 形式で設定された通常のアカウントの場合）[/b]
　Inbox ＝受信したメールの実データが保存されています。受信メールが増えるごとに容量が増えます。
　Inbox.msf ＝ Inbox にある実データの要約情報が保存されています。容量は Inbox よりずっと少ないですが、Inbox に保存されたメールの件数に比例して容量が増えます。

[b]（ [smart mailboxes] の場合）[/b]
　Inbox ＝フォルダーペインに [受信トレイ] を表示するためだけに存在します。容量は常にゼロバイトです。
　Inbox.msf ＝ [受信トレイ] を選択したときに検索する条件（実際にメールデータを持つ対象フォルダーの情報など）が保存されています。検索対象のフォルダーが増えると容量が増えますが、受信メールが増えたからといって容量は増えません。

[統合フォルダー] がおかしかったときの msf ファイルに比べ、正常化した後の msf ファイルの容量が増えていたということは、おかしかった msf ファイルでは検索対象などの諸条件が欠落していた（したがって [統合フォルダー] が正しく表示されなかった）が、修復により正しい検索条件が再設定され、その分の容量が増えたのだと思われます。大雑把にいえば、「inbox.msfが3KBから19KB」というのは、300 個のアカウントの [受信トレイ] の検索情報が再設定された結果、ということになるでしょう。

msgFilterRules.dat は、メッセージフィルターの設定ファイルです。このファイルは普通 [smart mailboxes] 内には存在しません。
存在していること自体が異常であり、どんな理由でそんなことになったのか、疑問が残ります。

[quote="nanasi"]＞（念のため、[ImapMail] フォルダーの中にも [smart mailboxes] が存在するか否かも見ておいてください。）

[ImapMail] フォルダーには、再起動した後にも[smart mailboxes] は存在していません。これは問題があるのでしょうか？[/quote]
問題はありません。存在しないのが正常です。
もし存在したら、Thunderbird の内部動作が根本的におかしくなっているか、外部プログラムが積極的に干渉しているか、そういった疑いが濃くなるので、そのあたりの事情を確認する意味でお尋ねしました。

[quote="nanasi"]また旧フォルダにだけ、msgFilterRules.datという1KBのファイルが存在していました。[/quote][quote="nanasi"]このトラブルが起こる前から、300近くあるアカウントのうち、一つのyahooメールと一つのhotmailのアカウントのメールだけが統合フォルダの受信トレイに表示されていなかったのですが、[/quote]
点検のご報告と新たにわかったご事情から察するに、問題が起こっていた [smart mailboxes] の状態は、本件の以前から相当おかしなことになっていたように思えます。
本件のトラブルに至った直接の契機はわかりませんが、すでに EarlgreyTea さんや maji さんから述べられているように、ひとつのプロファイルに「300近くあるアカウント」を設定してる運用の中に、問題を引き起こす原因またはその一端があった疑いは拭い去れません。

[統合フォルダー] 表示の [受信トレイ] が仮想フォルダー（検索フォルダー）であることの特徴は、そこにはメールデータがいっさい存在せず、実体を持つ個々のアカウントの [受信トレイ] を毎回検索し、その結果として一覧を表示させている点にあります。
特定のアカウントの [受信トレイ] を対象から外したり、意識的に任意のフォルダーを追加するなど、一定の範囲で検索・表示条件をコントロールできることも特徴です。

半面、アカウントの数が非常に多かったり、アカウントごとの [受信トレイ] に膨大な数のメールが保存されてるような場合、[統合フォルダー] 表示の [受信トレイ] を選択するたびに対象群を検索することになるので、システムスペックや運用条件との兼ね合いによっては、そのつど大きな負荷がかかるケースがあり、他の操作のタイミングなどによっては、障害を生み出すきっかけを作ってしまうことも考えられます。この点は [統合フォルダー] 表示の弱点ともいえるでしょう。（IMAP アカウントを含む場合はなおさら...。）

解決はしたものの、以前と同じ運用条件のままなら、再び同じようなトラブルが起こる可能性も否定しきれません。なぜ [smart mailboxes] 内に msgFilterRules.dat があったのか、なぜ msf ファイルの内容が壊れたのか...などの理由が現状では明らかになっておらず、その予防対策もできていません。なので、しばらくは意識的に経過観察をしたほうがいいんじゃないかと思います。

同時に、リスク分散・負荷分散の観点からは、既存のアカウントを複数のプロファイルに分散配置するような対策も考えたほうがいいように思います。
どうしても現状を維持し続けなければならないご事情があるなら仕方ありませんが、その場合は少なくとも "トラブルが起こりやすい状態で運用している" ことを意識して、プロファイルのバックアップなどにもこれまで以上に注意を払うことをお勧めしておきます。

とりあえず以上です。余計なお世話だったらすみません。


（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。

脱線しますが、、、。。。

[quote="nanasi"]いくつかのyahooメールやhotメール、Liveメールを登録して利用しています。[/quote][quote="nanasi"]午前中まではこの通りだったのですが、夜になって帰宅してから起動してみると (以下略)[/quote][quote="nanasi"]このトラブルが起こる前から、300近くあるアカウントのうち、 (以下略)[/quote]

そもそも yahooメール/hotメール/Liveメール 等の無料系フリーメアドを 300個近くも登録してるなんて
いったい何に使ってるのだろ？？とゆ方が気になります。



では。

.

[quote="偶然的通行人"]おそらく、EarlgreyTea さんが試された [統合フォルダー] の [受信トレイ] は、たまたま [送信日時] ＋ [グループ化] が選択されていただけなんじゃないかと思います。これが [統合フォルダー] の固定した表示条件というわけではありません。[/quote]
新規プロファイルで2つアカウント入れて試してみて、初期状態では統合フォルダーの受信トレイはグループ化されていないことを確認しました。
たぶん、以前に統合フォルダーを試した際に設定していたのが残っていたのでしょう。
トピックを混乱させるようなことを書いて申し訳ないです。

[quote="nanasi"]このトラブルが起こる前から、300近くあるアカウントのうち、一つのyahooメールと一つのhotmailのアカウントのメールだけが統合フォルダの受信トレイに表示されていなかったのですが、[/quote]
300アカウントとか、さすがにそれは多すぎじゃないでしょうか。
しかも、統合フォルダーでそのアカウントの受信トレイを縦断する検索フォルダーを作成してるわけですから動作が重くなってるはず。
それが今回の不具合を引き起こす誘因になっていたとも思われます。
使用頻度の低いものはプロファイルを分けて切り替えて使用するなど、運用を工夫してはどうでしょう。

結論から先に書きますが、[smart mailboxes] フォルダーを削除したら直りました！

＞比較として、[統合フォルダー] 形式で表示されているフォルダーペインで、[送信済みトレイ] や [下書き] など [受信トレイ] 以外の標準フォルダーのルートに対してプロパティを表示させたとき、
[フォルダーのプロパティ] が開きました。


＞その中の [Mail] フォルダー内を見て、[smart mailboxes] というフォルダーが存在するか、存在するならその内部はどのような構成になっているか、確認してみてください。
存在しました。
別の場所に退避しておいた旧フォルダと再起動後の新フォルダを比較したところ、Archives.msfが2KBから3KBに、inbox.msfが3KBから19KBにという感じで全ての.msfのファイルの容量が増えていました。
また旧フォルダにだけ、msgFilterRules.datという1KBのファイルが存在していました。

＞（念のため、[ImapMail] フォルダーの中にも [smart mailboxes] が存在するか否かも見ておいてください。）

[ImapMail] フォルダーには、再起動した後にも[smart mailboxes] は存在していません。これは問題があるのでしょうか？

＞【smart mailboxes のリセット】
別の場所に退避させて再起動したところ、統合フォルダの受信トレイに全てのメールが表示されるようになりました。
右クリックからプロパティを選ぶと、 [フォルダーのプロパティ] ではなく[検索フォルダー 受信トレイのプロパティを変更]が表示されるようになりました。

おまけに、というとなんですが、
このトラブルが起こる前から、300近くあるアカウントのうち、一つのyahooメールと一つのhotmailのアカウントのメールだけが統合フォルダの受信トレイに表示されていなかったのですが、
再起動後はその二つもきちんと統合フォルダに表示されるようになっていました。

助かりました。
ありがとうございました。

素早い応答ができなくてすみません。

[quote="nanasi"]総受信トレイで右クリックしてプロパティを選択して開く「フォルダーのプロパティ」というウィンドウには、
「名前：[受信トレイ]」の下に場所（L)：〔mailbox：//C：Users～〕の欄があるだけで、「検索対象： N 個のフォルダーを選択しています　[選択]」というのが存在せず、
その下には「メッセージ数：0　ディスク上のサイズ：0KB」と表示されています。[/quote]
[統合フォルダー] 形式で表示されているフォルダーペインのルートにある [受信トレイ] に対して、[右クリック] -> [プロパティ] の内容がその結果だったとしたら、EarlgreyTea さんからもご指摘があるように、[統合フォルダー] としては明らかに異常です。

比較として、[統合フォルダー] 形式で表示されているフォルダーペインで、[送信済みトレイ] や [下書き] など [受信トレイ] 以外の標準フォルダーのルートに対してプロパティを表示させたとき、[検索フォルダー <フォルダー名> のプロパティを変更] というタイトルのウィンドウが開くか、[フォルダーのプロパティ] が開くか、どちらでしょうか。
もし、[送信済みトレイ] や [下書き] その他のフォルダーでも [フォルダーのプロパティ] のタイトルのダイアログが開くのなら、[受信トレイ] だけでなく [統合フォルダー] 形式の表示全般に問題が起こっている可能性が考えられそうです。

[b]（点検と修正作業）[/b]
【現状の点検】
[トラブルシューティング情報] -> [アプリケーション基本情報] -> [プロファイルフォルダー] にある [フォルダーを開く] ボタンを押すと、そのとき Thunderbird が読み込んでいるプロファイルのフォルダーが開くはずです。
その中の [Mail] フォルダー内を見て、[smart mailboxes] というフォルダーが存在するか、存在するならその内部はどのような構成になっているか、確認してみてください。（念のため、[ImapMail] フォルダーの中にも [smart mailboxes] が存在するか否かも見ておいてください。）

[smart mailboxes] フォルダー内には通常、[統合フォルダー] 表示でルートになる標準フォルダーの表示用ファイル（拡張子なし／ゼロバイト）と、それを選択したときスレッドペインに表示する内容（つまり検索対象）を定義した要約ファイル（拡張子 msf 付き）がペアで存在するはずです。例えば [受信トレイ] なら Inbox と Inbox.msf 、[送信済みトレイ] なら Sent と Sent.msf 、[ごみ箱] なら Trash と Trash.msf ... という具合にです。
これらのデータが何らかのダメージを受けていると、Thunderbird 上での表示がおかしくなることが稀にあります。

【smart mailboxes のリセット】
Thunderbird を完全に終了させた状態で、[smart mailboxes] フォルダーを丸ごと、削除するか、別の場所に移動して、プロファイル内から消してください。
（そうとう変則的な運用をしていない限り、[smart mailboxes] フォルダーの中には送受信したメールデータは含まれていません。[smart mailboxes] フォルダーを消しても、Thunderbird 本体の機能に異常がなければ、[統合フォルダー] 表示にしたとき自動的に再生成されます。）

その後、Thunderbird を起動し、[統合フォルダー] 形式で表示すると、そのとき存在するアカウントとフォルダーの状態を最初から読み込み直して、新しい [smart mailboxes] フォルダーとその中のファイル群が自動生成されるはずです。
Thunderbird 上で [統合フォルダー] 表示の [受信トレイ] を選択して、各アカウントの [受信トレイ] の合計数が表示されていれば、回復しているとみなしていいでしょう。
回復しているなら、右クリックからプロパティを開けば、通常のフォルダーとしての [フォルダーのプロパティ] ではなく、[検索フォルダー 受信トレイのプロパティを変更] というダイアログが開くと思います。

これでも改善しないのなら、Thunderbird のさらに根が深い部分に問題が起こっているか、[smart mailboxes] フォルダーに干渉し続ける外部のプログラムの影響などが考えられそうです。
（IMAP アカウントを対象に [オンラインで検索 (IMAP や ニュースフォルダーでも最新の結果が得られますが、フォルダーを開くのに時間がかかります)] にチェックを入れている場合、そこに書いてあるように動作が遅くなりますし、サーバー側の影響を受けることも考えられます。）

（余談）
[quote="EarlgreyTea"]その例ですと、アカウントA/B/Cを選択した場合はそれぞれの受信トレイのメールが通常通り表示され、
「受信トレイ」を選択すると３つのアカウントの受信トレイのメールを統合したものが、今日、昨日、7日以内、14日以内、それ以前で、
畳み込めるように表示されるかと思います。[/quote][quote="nanasi"]ここが良く分からないのですが、以前は「受信トレイ」を選択すればA,B,C…以下全てのアカウントのメールが表示されていましたが、その頃にも「今日、昨日、7日以内、14日以内、それ以前」といった分類などはありませんでした。
「受信トレイ」をクリックしても、受信トレイ自体が畳み込まれてアカウントAの受信トレイ、Bの受信トレイ、、、が非表示になるだけでした。[/quote]
[すべてのフォルダー] や [統合フォルダー] などの選択は、フォルダーペインの表示条件を規定しています。
一方、フォルダーペインで任意のフォルダーを選択したとき、右上のスレッドペインにどんなふうに表示されるかは、[表示] -> [並べ替え順序] や [表示] -> [スレッド] によって規定されます。それぞれの表示条件は複数の組み合わせが可能です。
[統合フォルダー] 形式で表示したフォルダーペインで [受信トレイ] を選択したとき、[表示] -> [並べ替え順序] で [送信日時] と [グループ化] が選択されていれば、スレッドペインは「今日、昨日、7日以内、14日以内、それ以前」のようにスレッド表示されます。
しかし、異なる条件が選択されたフォルダーでは、異なる条件でスレッドペインが表示されます。
おそらく、EarlgreyTea さんが試された [統合フォルダー] の [受信トレイ] は、たまたま [送信日時] ＋ [グループ化] が選択されていただけなんじゃないかと思います。これが [統合フォルダー] の固定した表示条件というわけではありません。

とりあえず以上です。役に立たない話になっていたらすみません。


（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。

[quote="nanasi"]一枚目の写真の赤枠で囲まれた部分、受信トレイ(23)という部分（私の環境では数字は存在してませんが）で右クリックし、プロパティを選択しても、下の写真と同じ「フォルダーのプロパティ」しか開けません。 [/quote]
操作に問題がないならちょっとわからないです。
何らかの原因でデータが壊れて動作がおかしくなっている…のではないでしょうか。
アドオンを入れたりカスタマイズされているならばセーフモードを試してみてもいいでしょう。

まずは、新しいプロファイルを作成して、そちらに複数のメールアカウントを設定して統合フォルダー表示を試してみてはいかがでしょう。
POPアカウントでもメールをサーバーに残す設定にしていれば、既存のプロファイルには影響ないはずです。
プロファイルの作成と既定のプロファイルの切り替えは、
「ヘルプ > トラブルシューティング情報」にある「プロファイル： about:profiles」のリンクで開くページにて行えます。

「受信トレイ」のプロパティと、通常の受信トレイ（POP）のプロパティでは表示の仕方、開き方が違うのでしょうか？

一枚目の写真の赤枠で囲まれた部分、受信トレイ(23)という部分（私の環境では数字は存在してませんが）で右クリックし、プロパティを選択しても、下の写真と同じ「フォルダーのプロパティ」しか開けません。

nanasi さん。

上の投稿で引用されたコメントは、関連トピック https://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=17401&p=63305 において、偶然的通行人さんが発言されたものです。
したがって、本来関連トピックの方で返信すべきものです。
nanasi さんは両方のトピックに書き込まれていますが、そこをごちゃまぜにされますと、第三者の方がトピックを読んだときに訳がわからなくなります。

そして、すでに私も偶然的通行人さんも言っていることですが、Thunderbirdに「総受信トレイ」という用語はありません。
関連トピックのトピック主さんがその呼称が用いていましたがそれは間違いですので、統合フォルダー表示における「受信トレイ」を指して、その呼称を用いることは（他の場所でも）おやめくださいますようお願いします。

[quote="nanasi"]総受信トレイで右クリックしてプロパティを選択して開く「フォルダーのプロパティ」というウィンドウには、
「名前：[受信トレイ]」の下に場所（L)：〔mailbox：//C：Users～〕の欄があるだけで、「検索対象： N 個のフォルダーを選択しています　[選択]」というのが存在せず、
その下には「メッセージ数：0　ディスク上のサイズ：0KB」と表示されています。[/quote]
それは明らかに「検索フォルダー」ではなくて、通常のメールフォルダー（mailbox）です。表示に関しての記述も不正確（ / が２つ足りない）です。
用語や表記への無頓着さを勘案すると、何らかの原因でデータが壊れて動作がおかしくなっているという可能性と同時に、nanasiさんが勘違いをしているという疑念も捨てきれません。

私の環境で統合フォルダー表示時の「受信トレイ」のプロパティを表示したものと、通常の受信トレイ（POP）のプロパティを表示した画像を添付しておきます。
[attachment=1]統合フォルダー表示時の検索フォルダー「受信トレイ」.jpg[/attachment][attachment=0]通常のフォルダー「受信トレイ」.jpg[/attachment]

＞[受信トレイ]（X）を選択して、右クリックから [プロパティ]（Mac 版なら [情報を見る] だったかな？）を選択します。
＞すると、[検索フォルダー 受信トレイ のプロパティを変更]（同： [検索フォルダー 受信トレイ の情報を変更] ？）のダイアログが開きます。
＞通常、ユーザーが設定しているアカウント数に加え [ローカルフォルダー] を含んだ数が N の値になります。
＞
＞┌───────────────────────────────
＞│　名前：[受信トレイ（統合フォルダー）]
＞│　検索対象： N 個のフォルダーを選択しています　[選択]
＞│

総受信トレイで右クリックしてプロパティを選択して開く「フォルダーのプロパティ」というウィンドウには、
「名前：[受信トレイ]」の下に場所（L)：〔mailbox：//C：Users～〕の欄があるだけで、「検索対象： N 個のフォルダーを選択しています　[選択]」というのが存在せず、
その下には「メッセージ数：0　ディスク上のサイズ：0KB」と表示されています。

[color=blue]※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。[/color]

横から失礼します。

ご存知かと思いますが、[統合フォルダー] 表示のうち [受信トレイ] などの標準フォルダーのルートは、すべて仮想フォルダー（検索フォルダー）です。
もし検索フォルダーとしての設定条件に狂いが生じれば、
[quote="nanasi"]∨ 受信トレイ　　　←ここに何も表示されない
　　アカウントA　　←ここには表示される
　　アカウントB　　
　　アカウントC　[/quote]
という表示状態になる可能性は十分あります。

その場合の点検箇所について、次の関連トピックに書きましたので参考にしてみてください。

（関連トピック）
・全アカウントの総受信トレイのメールの一覧に表示されないアカウントがあります。
forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=17401

（その他の注意点）
通常、[統合フォルダー] 表示に関してユーザーが [受信トレイ] などのルートフォルダーの設定を変更することは考えにくいですが、ウィルス対策ソフトやシステムクリーニングソフトなどの誤動作によって Thunderbird のプロファイル内の当該データがダメージを受けることで、ご質問のような症状が急に発生することがありえます。（本件の原因がそうなのかはわかりませんが...。）

[すべてのフォルダー] と [統合フォルダー] 、プレーンテキスト表示と HTML 表示などのように、切り替えのできる機能は、どの条件を選んでもそれぞれにメリットとデメリットがあります。自分が常用している形式のメリットだけでなく、デメリットもふまえた上で、上手に使いこなしてください。

とりあえず以上です。的外れな話になっていたらすみません。


（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。

現在のバージョンは「60.5.1 (32 ビット)」となっています。
また、表示を「すべて」に変更してから再起動し、統合フォルダに戻してもやはり表示はされないようです。


＞「受信トレイ」を選択すると３つのアカウントの受信トレイのメールを統合したものが、今日、昨日、7日以内、14日以内、それ以前で、
畳み込めるように表示されるかと思います。


ここが良く分からないのですが、以前は「受信トレイ」を選択すればA,B,C…以下全てのアカウントのメールが表示されていましたが、その頃にも「今日、昨日、7日以内、14日以内、それ以前」といった分類などはありませんでした。
「受信トレイ」をクリックしても、受信トレイ自体が畳み込まれてアカウントAの受信トレイ、Bの受信トレイ、、、が非表示になるだけでした。

[quote="nanasi"]ところが、午前中まではこの通りだったのですが、夜になって帰宅してから起動してみると統合フォルダーの受信トレイからは一切のメールが消えています。[/quote]
投稿時のユーザーエージェントからするとOSはWindows 10ですね。Thunderbird のバージョンはいくつでしょう。
午前と夜の間に自動更新でバージョンアップしたのではありませんか？

[quote="nanasi"]∨ 受信トレイ　　　←ここに何も表示されない
　　アカウントA　　←ここには表示される
　　アカウントB　　
　　アカウントC　[/quote]
その例ですと、アカウントA/B/Cを選択した場合はそれぞれの受信トレイのメールが通常通り表示され、
「受信トレイ」を選択すると３つのアカウントの受信トレイのメールを統合したものが、今日、昨日、7日以内、14日以内、それ以前で、
畳み込めるように表示されるかと思います。

いったん表示モードを「すべてのフォルダー」に戻して、再起動させて落ち着いてから、再度「統合フォルダー」に変更してみてはどうでしょう？

いくつかのyahooメールやhotメール、Liveメールを登録して利用しています。
表示(V)-フォルダー(F)-統合フォルダー(N)を選択し、全ての登録アカウントの受信トレイを一か所に集め、全てのアカウントで受信した全てのメールが統合フォルダーの受信トレイに一か所に集めて表示され、
同時に個別のアカウントの受信トレイにもそれぞれのメールが表示される状態になっていました。

ところが、午前中まではこの通りだったのですが、夜になって帰宅してから起動してみると統合フォルダーの受信トレイからは一切のメールが消えています。
新たに受信したメールもここには表示されません。
個別のアカウントの受信トレイには過去に受信したメールも、新しく受信したメールも正常に表示されています。

∨ 受信トレイ　　　←ここに何も表示されない
　　アカウントA　　←ここには表示される
　　アカウントB　　
　　アカウントC　


この様な状態です。
新着メールをチェックするにも、不要な広告メールを削除するにも、統合フォルダーにまとめて表示されてるのが便利だったのですが、元に戻す方法はないでしょうか？