私の会社のマシンも同様の現象でした。

ものは試しに、バージョン31.7にダウングレードし、「Thunderbirdの更新」を
「更新を確認しない」設定にしたところ、この現象はなくなりました。

ちなみに、バージョン45の時の私のマシンの現象は、メール作成時に本文の
2行目以降の先頭からかな漢字変換を始めるとこの現象が起こり、
1行目はその現象はおきませんでした。また、2行目以降でも先頭以外では
この現象はおきませんでした。

以上、何かのお役に立てればと思い、返信させていただきました。

当方のwindows10 64bit環境で使ってるThunderbird 45.1.0においても同様の問題が発生します
[highlight=#ffffff]どのバージョンからかは忘れましたが（ここ数ヶ月かな…）解決してません[/highlight]

きょんコージ様

ご返信ありがとうございます。

なるほど。私の環境でも1行ごとに最初の1文字をスペースにすると
サジェスト窓が文字に重なりませんでした。

取り急ぎの回避策として工夫すれば使えそうですね。

当方も同じ環境【Windows7（64bit）+Thunderbird 45.0】にて同様事象が発生しています。
解決は出来ませんが、若干の回避策を見つけましたので、お知らせします。

該当の現象は、1文字目からの入力の際に発生し、1文字（以上）入力確定後に続けて入力する
場合はちゃんと入力行の下方にサジェストが表示されます。

上記以外にも「1行目なら大丈夫」とか「1文字のみなら大丈夫」とかありました。

多少面倒ではありますが、行の開始では長文を入力せず、早めに確定させて凌ぐしかないようですね。

xxdaiadxx さん、報告ありがとうございました。

現状では、Windows 7 上において、Thunderbird 45.0 と Google 日本語入力の組み合わせにおいてのみ発生する問題、といえそうです。

TSF を無効化しても症状に変化が見られなかったのも了解しました。
そうなると、プログラミング的な側面から調べる必要があると感じるのですが、いかんせん当方にそのスキルはありません。

同じ条件下で Thunderbird をお使いのユーザーさんからの状況報告や改善方法の提案を待つか、Bugzilla に報告を出すか、それぐらいしか思いつきません。

首を突っ込んでおきながら申し訳ありませんが、ぼくから申し上げられるのはこのあたりまでです。

偶然的通行人様

ご返信ありがとうございます。

この現象は45.0にアップデートしてから起こりました。
以前の38.ｘ系では発生していませんでした。

また、IMEではサジェスト窓が出ないので、問題なく動作します。
ATOKは試しておりません。

[quote]
Windows 7 環境 において、Thunderbird 38.x 系では発生せず、45.0 から起こり出した問題であるのなら、
[オプション] -> [詳細] -> [一般] -> [高度な設定] にある [設定エディタ] から、intl.tsf.enable の値を false に切り替えるとどうなりますか。
[/quote]
こちらを試しましたが、以前と全く変わらないようです。

私もプログラミングの知識がありませんので、ご享受いただいた内容を
そのままやってみた結果ですが、ご報告させていただきます。

次の諸条件で確認なさっていることはありますか。

Windows 7 (32bit) 環境において、
（a）Thunderbird の条件として
　（a-1）Thunderbird 45.0 でのみ発生する。
　（a-2）Thunderbird 38.x 系でも発生していた。

（b）日本語入力システムの条件として
　（b-1）Google 日本語入力のみで発生する。
　（b-2）Windows 標準の MS-IME あるいは ATOK など、他の日本語入力システムでも発生する。

これらの利用条件によっては、Thunderbird 側の問題と日本語入力システム側の問題が、組み合わさって起こっている可能性もありうると思いますので、そのあたりの切り分けができるなら、Thunderbird 側だけでなく全体的な問題解決にも役に立つのではと思います。

原理的な根拠があるわけではないのですが、Thunderbird 38.x 系と 45.0 で明白に差異があり、Windows 環境でのかな漢字変換に影響しうる事柄としては、次のような項目があります。
Windows 7 環境 において、Thunderbird 38.x 系では発生せず、45.0 から起こり出した問題であるのなら、[オプション] -> [詳細] -> [一般] -> [高度な設定] にある [設定エディタ] から、intl.tsf.enable の値を false に切り替えるとどうなりますか。
intl.tsf.enable の初期値は、Thunsderbird 45.0 では true になっていますが、38.x 系では false です。"tsf" は Text Services Framework のことです。

個別の Hack が設定されているので、既知の問題は回避できる可能性が高いと思いますが、ユーザー環境は多様なので、Thunderbird 45.0 から既定で有効化された TSF 全体を無効化してみて変化が生じるかどうかを確認してみては？　という意味で申し上げています。

（補足）
当方は Windows 7 / 8 の環境でそれぞれ既定の MS-IME を利用し、Thunderbird 38.x / 45.0 を使っていますが、これまでご質問にあるような現象に遭遇したことはありませんでした。（この先、遭遇するかもしれませんが......。）

とりあえず気になった点を書かせていただきました。的外れな話だったらすみません。

（参考）
日本語の入力や表示に関する事情については、「もずはっく日記」の記事が興味深いです。
http://www.d-toybox.com/studio/weblog/show.php
ぼく自身はプログラミングの知識を持っていないので専門的なことまでは理解できませんが、Bugzilla の一般的な情報だけでなく日本語固有の事情を、日本語ユーザーの立場で知る（垣間見る？）ことができるため、一介のエンドユーザーではありますが、ときどき勉強させていただいてます（深謝）。

OS：Win7 32bit
Thunderbird 45.0

Google日本語入力を使ってメール本文の編集中に
サジェストの窓が入力中の文字に重なり見えなくなる時があります。

※おそらくFirefoxの下記のバグと同じ症状だと思います。
https://productforums.google.com/forum/#!topic/ime-ja/xpnd9-u6i30;context-place=forum/ime-ja

バージョンアップを待つしか無いでしょうか・・・