[quote="のもと"]サブフォルダーが勝手に消えたり二重に出てきたりという怪奇現象も相変わらずです。
どうしたらいいのでしょうか。[/quote]
すべての Thunderbird ユーザが同様であれば大問題でしょう。
当方では再現していません。
[環境：OS:Windows 7 Professional SP1 + Thunderbird 45.0 日本語版]

原因は不明ですので、次のトラブルシューティングをおこなって、対処してみてく
ださい。
これでも問題が再現する場合は、Thunderbird 以外に原因がある可能性が高いと思
われます。

[b][基本的・定石的なトラブルシューティング対処方法][/b]
以下の順番でおこない、その都度変化があるか、改善されたか、確認してみましょう。

１．Thunderbird のセーフモード起動
　　[color=#006600]＃アドオンを一時的に無効化する、診断モードです。[/color]
　　[color=#006600]＃これで問題が再現しなければ、ほぼアドオンが原因だと切り分けできます。[/color]
　　[color=#006600]＃ここでも問題が再現する場合は、プロファイルの破損の可能性があります。[/color]

　　[参照]
　　[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/safe-mode]Thunderbird のセーフモード | Thunderbird ヘルプ[/url]

２．Thunderbird の新規プロファイルの「追加」作成と、その適用
　　注：現在使用中のプロファイルを削除する必要はありません。
　　[color=#006600]＃従前のプロファイルから、一切データ類を引き継がないで、真っ新な状態で、[/color]
　　　[color=#006600]再現の有無を確認するものです。当然ながら、アドオンもなしです。[/color]
　　[color=#006600]＃もちろん必要最小限の初期設定をおこない、再現テストの環境条件にします。[/color]
　　[color=#006600]＃これで問題が再現せず、正常ならば、従前のプロファイルに、何らかのダメ[/color]
　　　[color=#006600]ージがあったと切り分けできます。[/color]

　　[参照]
　　[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/using-multiple-profiles]複数のプロファイルを使用する | Thunderbird ヘルプ[/url]

３．Thunderbird の再インストール
　　[color=#006600]＃通常のアンインストール後に、インストールフォルダが残っていたら、それ
　　　も削除します。
　　　その後、PC 再起動後に、インストールをおこないます。[/color]
　　[color=#006600]＃アンインストールで、プロファイルは削除されません。[/color]
　　[color=#006600]＃これで問題が再現せず、正常であれば、本体側に何らかの問題があったと切[/color]
　　　[color=#006600]り分けできます。[/color]

　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に、製品のヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して該当項目や
　同類・類似事例がないか、確認してみましょう。
　また、広くインターネット上でも同類・類似事例がないか、調べてみましょう。
＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] をしっかり読んで、その内容を理解
　した上で、それに沿って投稿しましょう。
＊ご自分の利用環境として、正確な OS の名称・種類と Thunderbird のバージョンぐ
　らいは書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は放置せずに、結果や経緯を必ず書くようにし
　ましょう。
＊ここは相互ユーザサポートを通じて、各種情報・事例をユーザ同士でシェアする場で
　もあります。[/color]
　
　
[quote="のもと"]最近バージョンアップの通知がきたと思ったら，かなり大幅にメールの使用が強制変更となってしまい困っています。[/quote]
おそらくバージョン 45.0 のことを云われているかと思います。
「強制変更」ではなく、バージョンアップに伴う「仕様変更」です。
まずはリリースノートやヘルプに目を通して理解をすすめてみましょう。

[参照]
[url=https://www.mozilla.jp/thunderbird/45.0/releasenotes/]Thunderbird 45.0 リリースノート[/url]
[url=http://mozillazine.jp/?p=5120]MozillaZine.jp » Thunderbird 45 がリリースされた[/url]
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/new-thunderbird-45]Thunderbird 45.0 の新機能 | Thunderbird ヘルプ[/url]


[quote="のもと"]①それまで利用していたアドオンでメールの署名を入れるアプリ？が削除されてしまい署名を手書きで入れないと
ならなくなった（標準の署名機能は作成時だけしかはいらないし，改行も文字の修飾も出来ないので使えない）。[/quote]
アドオンはアプリとは云いません。
通常、アドオンが勝手に削除されることはありませんので何かの間違いでしょう。
また、署名機能はメッセージの作成時に挿入されるもので、HTML 形式の署名なら
ば改行も修飾もできます。

[参照]
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/signatures]署名について | Thunderbird ヘルプ[/url]

おそらく署名のアドオン（拡張機能）がバージョン 45.0 に対応しておらず、正常
に機能しなくなったのでしょう。
もしそうならば、Thunderbird 側の問題ではなく、アドオン側の問題です。

具体的にどのアドオンのことを云われているのでしょうか？
そのアドオンの正確な名称とバージョンは？
バージョン 45.0 に対応しているバージョンが公開または配布されているかも知れ
ませんが、それを調べて確認されましたか？


[quote="のもと"]②メールの本文が勝手に一行空けスタイルとなり，変更が出来ない。[/quote]
おそらく今回のバージョン 45.0 の仕様変更によるものでしょう。
以下を参照すれば、バージョン 38.0 系と同様にできるかと思われます。

・[オプション] > [編集] > [一般] > [HTML] > [段落書式の使用中は Enter キーで新しい段落を作成する]
　のチェックを外す
[attachment=0]オプション-編集-一般-HTML.png[/attachment]
[参照]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=16072]MozillaZine.jp フォーラム - 45.0　メール作成書式[/url]

最近バージョンアップの通知がきたと思ったら，かなり大幅にメールの使用が強制変更となってしまい困っています。
①それまで利用していたアドオンでメールの署名を入れるアプリ？が削除されてしまい署名を手書きで入れないと
ならなくなった（標準の署名機能は作成時だけしかはいらないし，改行も文字の修飾も出来ないので使えない）。
②メールの本文が勝手に一行空けスタイルとなり，変更が出来ない。
大きいところはこれだけですが非常に不便です。
サブフォルダーが勝手に消えたり二重に出てきたりという怪奇現象も相変わらずです。
どうしたらいいのでしょうか。