追記です。

次の同類事例、参考事例の過去トピックがあります。
少し古いものもありますが、参考になるかと思います。
他にもたくさんありますが、ご紹介しておきます。

[参照]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=10904]MozillaZine.jp フォーラム - 迷惑メールフィルタ解除方法[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=5976]MozillaZine.jp フォーラム - 迷惑メールフィルターを解除したい[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=13731]MozillaZine.jp フォーラム - [解決済み] 迷惑メールに対する学習機能について[/url]

　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に、サポートサイトやヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して
　該当項目、同類・類似事例がないか、確認してみましょう。
　また、広くインターネット上でも、同類・類似事例がないか、調べてみましょう。
＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] をしっかり読んで、その内容を理解
　した上で、それに沿って投稿しましょう。
＊ご自分の利用環境として、正確な OS の種類と Thunderbird のバージョンぐらいは
　書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。ここは、ユーザ同士で、各種情報・事例を、シェアする場です。[/color]　
　
　
[quote="Sean"]（１）迷惑メールに間違って分類してしまった相手先があります。
　　　これを修正するにはどうすれば良いのですか？[/quote]
使い方ガイドから、以下引用します。

"間違って迷惑メールと判断された場合は [非迷惑メール] ボタンを押して訂正してください。
このように訂正した場合も学習されます。"

[参照]
[url=http://www.mozilla.jp/thunderbird/support/tutorials/junk]迷惑メールフィルタ | 使い方ガイド | Thunderbird サポート[/url]


[quote="Sean"]（２）迷惑メールの設定を全部取り消すにはどうすれば良いのですか？[/quote]
設定した箇所を、すべて解除・無効にすればいいだけです。
具体的には、次のとおりです。

１．メニューのツールから、[オプション] > [セキュリティ] > [迷惑メール] で、迷惑メールフィルタの
　　動作設定をすべて解除（チェックボックスを外す）する。
　　[判別基準データのリセット] も実行する。

２．各アカウント設定で、[迷惑メール] のすべてのチェックボックスを外す。

これで、迷惑メールフィルタは、無効になります。
単純に、学習データをリセットしたい場合は、[判別基準データのリセット] の実行だけでいいでしょう。


[quote="Sean"]（３）迷惑メールに設定済みのリストを見るにはどうすれば良いのですか？[/quote]
「設定済みのリスト」というものは、残念ながらありません。


【補足】
迷惑メールフィルタの学習データは、プロファイル内の training.dat ファイルに保管されています。
単なるテキストデータではないので、エディタで開いても読めません。
直接編集するのは、通常方法では、ほぼ不可能です。
迷惑メールフィルタの完全な初期化をする場合は、このファイルを削除すればいいでしょう。

Thunderbirdについて：

（１）迷惑メールに間違って分類してしまった相手先があります。
　　　これを修正するにはどうすれば良いのですか？
（２）迷惑メールの設定を全部取り消すにはどうすれば良いのですか？

（３）迷惑メールに設定済みのリストを見るにはどうすれば良いのですか？