基本的にprofile内が何も無い状態なら過去のメールやプロバイダの設定は消失しますし、profile内に「parent.lock」ファイルが存在しなければ「hunderbird は起動していますが応答しません。新しいウィンドウを開くにはまず既存の Thunderbird プロセスを終了させるか、コンピュータを再起動させなければなりません。」のダイアログは出ない筈です。
（タスクマネージャのプロセスに残ってた場合は別問題。）

復元ポイントでの復元時に何か問題が発生してると思われますが・・・
又、システムの復元でThunderbirdのprofileに影響を及ぼしたと云う話は聞いた事が有りません。
（FirefoxやSeaMonkeyでも同様に。）

メールの設定がIMAPで有ればメールの復旧が可能ですが、POPで有れば諦めるしか無いと思います。

問題解決のアドバイスじゃ無いですが、
[quote="jima"]システムの不具合（ＯＳ：Windows Vista 32bit SP2）が発生したためセーフモードにて前日のWindowsupdate時の復元ポイントにて復旧させたのですがThunderbirdを起動させると[/quote]復元ポイントからの復旧ってセーフモードでやるものでしょうか。
私はVistaでもWin7でも何度も復元させていましたがセーフモードでやったことはありません。
OSの不具合に対する処置が間違ったのではありませんか？

復元ポイントからの復元って、OS自体が正常時に行うものだと思います。「加えた変更をある時点に戻す」というだけだと思います。OS自体の不具合からの復旧はバックアップ／リカバーでしか実現出来ないのではないでしょうか。
ちなみに、復元ポイントからの復旧後に一度読んだメールを読み直したという記憶は無いのでThunderbirdのプロファイルには全く関係無いないのではないかと想像します。

　　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] を読んでその内容を理解した上で
　それに沿って投稿しましょう。
＊ご自分の利用環境として正確な Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょ
　う。
＊質問・投稿する前に、サポートサイトやヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧し
　て確認してみましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。[/color]　　
　
　
まず、Thunderbird の問題ですから、投稿先のフォーラムが違います。
ここは「Mozilla Firefox」フォーラムです。
モデレータの方が、適切に移動処理をされると思いますので、重複投稿をされないようにご注
意ください。


次に、「起動していますが応答しません」をキーワードにして、このフォーラム内を検索した
結果が以下です。
[url=http://forums.mozillazine.jp/search.php?mode=results]MozillaZine.jp :: 検索「起動していますが応答しません」[/url]

同様に「起動しない」をキーワードにして、このフォーラム内を検索した結果が以下です。
[url=http://forums.mozillazine.jp/search.php?mode=results]MozillaZine.jp :: 検索「起動しない」[/url]

上記の過去トピックなどを参照して、対処を試みてください。
そして、その結果を書いてください。

また、以下は Firefox のヘルプガイドですが、基本的な内容と対処は同様ですので Firefox を
Thunderbird に読み替えて、各項目を順番に参照して対処してみましょう。
[url=http://support.mozilla.org/ja/kb/Firefox%20is%20already%20running%20but%20is%20not%20responding]Firefox は起動していますが応答しません | トラブルシューティング | Firefox ヘルプ[/url]


[quote="jima"]もうこのＰＣではThunderbirdは使えなくなってしまったのでしょうか。[/quote]
「システムの復元」で Thunderbird のプロファイルに問題がなく、壊れていなければ、使えま
す。
あるいは、OS や HDD などの状態が正常ならば、問題なく使えます。　
　

システムの不具合（ＯＳ：Windows Vista 32bit SP2）が発生したためセーフモードにて前日のWindowsupdate時の復元ポイントにて復旧させたのですがThunderbirdを起動させると
「Thunderbird は起動していますが応答しません。新しいウィンドウを開くにはまず既存の Thunderbird プロセスを終了させるか、コンピュータを再起動させなければなりません。」のメッセージが出て起動できなくなりました。再起動しても状況は変わらず、Thunderbirdフォルダの￥default￥profilesフォルダを見たところ空になっていました。しかたなくアンインストールして、もう一度インストールしましたがやはり同じメッセージで立ち上がりません。もうこのＰＣではThunderbirdは使えなくなってしまったのでしょうか。レジストリを直せばいいのか、全くよく分かりません。詳しい方、ご教示いただけると幸いです。