ベータ版インストールで改善しました。このまま使用して様子を見たいと思います。

ありがとうございました。

おそらく下記のバグ報告（および同類のバグ報告）にあるのと同じ現象だろうと思います。
・[url=https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=713814]Bug 713814 - Ctrl/Control+Drag moves a message instead of copying it[/url]

Thunderbird 9.0 系固有の問題らしく、次期バージョン（10.0）では修正されるようです。
試したところ、少なくとも Thunderbird 10.0b4 で問題は再現しませんでした。
予定では、Thunderbird 10.0 の正式リリースは 1 月 31 日（日本時間 2 月 1 日？）だそうです。

それまでは、面倒でしょうけどメニューの [メッセージ] -> [別フォルダにコピー] 、または右クリックから [メッセージをコピー] でしのいでいただくしかないと思います。

あるいは、10.0 のテストを兼ね、ベータ版をすぐに導入するのも選択肢になるかもしれません。
http://mozilla.jp/thunderbird/download/beta/
リリース予定日とベータ版の進捗状況からみて、かなりこなれてきていると思います。（それでもベータ版であることにかわりはありませんから、導入するならその点は十分に理解しておいてください。）

とりあえず以上です。外してたらすみません。

スレッドペイン上のメッセージを、フォルダペインへ「Ctrlキーを押しながら」ドラッグ＆ドロップすると、
今までは「コピー」できていたのが先日から「移動」になってしまいます。
(最新Ver.(9.0.1)へのアップデート以降、そのように変化した印象です)

OSは Windows7 pro SP1 です。

対処法についてご存知のかたは教えていただけないでしょうか。