[quote="rosan"]解決に至ったのは「既定のアカウントに設定」するということでした。[/quote]
解決したのに申し訳ないのですがそれは本当の解決策ではないように思えます。

その理由は紹介した過去トピックにも書いていますが「既定のアカウントに設定」しなくても
アカウント設定のサーバ設定でそのように設定しておけば起動時に自動受信するからです。

それでも自動受信しないのであればプロファイルがダメージを受けているか、Thunderbird
本体側に何かしらのダメージがあると思われます。

新規プロファイルやクリーンインストールで試して確認しておくのをお勧めします。

[quote="rosan"]私の場合は、アカウントは1つしかないのでこれによる挙動の変化はなさそうなのですが…
（受信はPOPを使用）[/quote]
アカウントをひとつしか設定していないのに「既定のアカウント」になっていなかったのならば
どこかに問題があります。
また通常は一番最初にアカウント設定したアカウントが「既定のアカウント」になります。

過去に複数アカウントの設定（アカウントの追加」をしたものが残っていたり、「既定のアカウ
ント」を変更したことがあるのならば現状のアカウントが「既定のアカウント」から外れている
可能性はありますが・・・・・・。
あるいは過去にアドオンなどを入れていて「既定のアカウント」情報を変更したことがあった
ら同じく「既定のアカウント」から外れている可能性が考えられます。

これも新規プロファイルやクリーンインストールで試して確認しておくのをお勧めします。
　

kikiさん、回答ありがとうございます。

質問する前に調べた際には、何故か1番目のトピックがひっかからなかったのですが、
これを参考にして解決することができました。

解決に至ったのは「既定のアカウントに設定」するということでした。
取り敢えず一番手軽にできるこちらを試したところ、あっさり解決しました。
私の場合は、アカウントは1つしかないのでこれによる挙動の変化はなさそうなのですが…
（受信はPOPを使用）

ともあれ解決に至りました。改めてお礼申し上げます。

　
以下の過去トピックを参照して確認してみてください。

[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=9048]起動時に、自動的に新着受信しない[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=9960][解決済み] 起動時にメールの受信ができません[/url]
　

Windows7 Ultimate 64bit
Thunderbird 3.1.4（アドオンなし）
の環境です。

アカウント設定にて「新着メッセージがないか起動時に確認する」の
チェックが入っているにも関わらず、起動時にメールを受信しません。
起動後、改めて「受信」をクリックすると、何件かメールが受信されたり
します。

「新着メッセージがないか確認する」「新着メッセージを自動的にダウンロードする」
もチェックが入っていますが、こちらはThunderbirdをしばらく起動し続けていると、
メールを受信していることがあることから、正常なようです。

1クリックすれば済む話なのですが、何か不具合を抱えているのではないかと
気にかかっています。

＃書いている途中に3.1.5の通知がありアップデートしましたが変化はありません。