ありがとうございます、偶然的通行人さんのコードを追加したのですが残念ながらうまくいきませんでした。
少々試行錯誤もしてみたのですが、私の浅い知識ではタグ付けされたメールを除外してスタイルを設定することはできませんでした。
しかし、別の方向として、タグ付けされたメールに新たにスタイルを設定すると云う方法でなんとか設定ができましたので、一応コードを載せておきますね。
[code]/* (lc-FF0000)の指定で赤色のタグの表示を変更する */
treechildren::-moz-tree-cell(lc-FF0000) { border-top:1px solid #FFDDDD !important;
border-bottom:1px solid #FF0000 !important; background-color: #FFAAAA !important;}/* 背景色 */
treechildren::-moz-tree-cell-text(lc-FF0000) { color: #000 !important; } /* 文字色 */
treechildren::-moz-tree-cell(lc-FF0000, selected) { background-color: #FF0000 !important; } /* 選択メールの背景色 */
treechildren::-moz-tree-cell-text(lc-FF0000, selected) { color: #FFF !important; } /* 選択メールの文字色 */[/code]

以下のサイトを参考にしました…というか色指定意外ほぼ丸写しですが。
[url]http://mozilla-remix.seesaa.net/article/44857981.html[/url]

横から失礼します。

[quote="Sakuraya"]:not()を使うことでご希望の動作ができるかもしれません。[/quote]
Sakuraya さんのアイデアをヒントに、インストールフォルダの chrome 配下に含まれている tagColors.css などを参考にしながら次のような記述にたどりつきました。

[code]/* スレッドペインの未読メッセージの表示色を(緑)色に変え */
/* かつタグ付きの未読メッセージはタグ色を維持する */
treechildren::-moz-tree-cell-text(unread):unread:not([_moz-lc]){
color: green !important;
}
[/code]
Thunderbird 3.1.2 + Windows XP SP3 の環境で、受信済みのメッセージの [既読] を解除して [未読] にして試した範囲では、スレッドペイン内で、タグなし未読メッセージは !important 指定の配色 + bold で表示され、タグ付きの未読メッセージは タグ色 + bold で表示されています。
ただ、フィルタ処理を通しては試せていないので、もう一工夫必要かもしれません。

興味があって少し試行錯誤しただけなので間違いがあるかもしれませんが、何かの参考になればと思い、紹介しておきます。

[quote="グリム"]問題というのは、メールのフィルタリングで特定のメールにタグを付けているのですが、今までは未読記事も設定したタグの色で表示されていたのですが、上記の様にCSSを追加したところ、タグ付けされたメッセージもその他のメッセージもすべて同じ色で表示される様になってしまいました。
タグ付けされたメッセージはタグの色で表示する様にしたいのですが、何か方法はないでしょうか？[/quote]
:not()を使うことでご希望の動作ができるかもしれません。
"タグが付いている"ことを示すCSSの表現を見つけられませんでしたので、そこは試行錯誤していただくか詳しい方の解説が必要なのですが……。

　
[quote="グリム"]問題というのは、メールのフィルタリングで特定のメールにタグを付けているのですが、今までは未読記事も設定したタグの色で表示されていたのですが、上記の様にCSSを追加したところ、タグ付けされたメッセージもその他のメッセージもすべて同じ色で表示される様になってしまいました。[/quote]
[code]/* スレッドペインの未読メッセージの表示色を緑色に変える */
treechildren::-moz-tree-cell-text(unread) {
color: green !important;
} [/code]
とあるように未読メッセージはすべてそこで指定された色になります。

[quote="グリム"]タグ付けされたメッセージはタグの色で表示する様にしたいのですが、何か方法はないでしょうか？[/quote]
上記の CSS の部分を削除すればタグで指定した色になります。
但し未読メッセージとして指定された色にはなりません。
　

投稿を読み、未読記事の色を変更することに成功はしましたが、一部問題がありまして、解決法があれば教えていただきたいのですが。
問題というのは、メールのフィルタリングで特定のメールにタグを付けているのですが、今までは未読記事も設定したタグの色で表示されていたのですが、上記の様にCSSを追加したところ、タグ付けされたメッセージもその他のメッセージもすべて同じ色で表示される様になってしまいました。
タグ付けされたメッセージはタグの色で表示する様にしたいのですが、何か方法はないでしょうか？

Thunderbird3.1.2
Windows7

詳しい説明を本当にありがとうございました！できました〜！
苦労した点はMACのOSX用のテキストエディタでは自分のやり方が悪いのか
うまくUTF-8で吐き出せなかったのでCotEditorという別のテキストエディタでやってみたところ一発OKで未読のメールタイトル、フォルダ等グリーンになりました。
とても気持ちがよく見やすくなりました。
あきらめずにやった甲斐もありました。皆様に感謝いたします。

自分用メモのためにも簡単にやったことなど。

環境　マック　OSX10.4.11　サンダーバード2.0.0.12

1)　CotEditor（テキストエディター）を開く。新規テキストにPremierさまのまとめてくださったコードをコピペして保存
2)　先ほど保存したファイルをuserChrome.cssの名前に変える
3)　userChrome.cssを~\ユーザー\ユーザー名\Library\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.xxxxx\chrome
の中に入れる

以上のやり方で自分はうまくいきました。
ありがとうございました！

[quote="さんさんばーど"]しかし、、自分には少し難しいですねえ。。
userChrome-example.cssを見つけてこの中身を書き換えて-exampleをファイル名から
取って保存すればいいのか、、と思いましたが、中身の編集ができませんでした。[/quote]
いきなりでは確かに敷居が高いでしょうし、わからないことがあるでしょう。
userChrome.css の css はカスケードスタイルシート形式の意味でスタイルシートを利用し
て表示の変更・適用を可能にするものです。
編集は何かしらのテキストエディタがあればできます。
以下に補足しておきますので同様に userChrome.css の作成方法を知りたい方も是非参考
にして試してみてください。

(1) userChrome.css はデフォルトでは存在しないファイルですので新たに作成してください。

(2) userChrome.css には必ず名前空間を記述します。以下の1行を先頭に書いてください。
[code]@namespace url("http://www.mozilla.org/keymaster/gatekeeper/there.is.only.xul");[/code]
(3) userChrome.css を作成し、内容を記述した後は UTF-8 の文字コードで保存します。
　　　UTF-8 に対応したエディタを使用してください。

(4) userChrome.css を置く場所はプロファイルフォルダ内の chrome フォルダ内になります。
　　　OS によって場所が違います。もし chrome フォルダが無ければ作ってください。
　　　[Windows Vista]
　　　Users\<ユーザ名>\AppData¥Roaming\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.xxxxx\chrome
　　　[Windows 2000, XP]
　　　Documents and Settings\<ユーザ名>\Application Data\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.xxxxx\chrome
　　　[Windows NT]
　　　WINNT¥Profiles\<ユーザ名>\Application Data\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.xxxxx\chrome
　　　[Windows 98, ME]
　　　Windows\Application Data\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.xxxxx\chrome
　　　[Mac OS X]
　　　~\Library\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.xxxxx\chrome
　　　[Linux および Unix システム]
　　　~\.thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.xxxxx\chrome

(5) userChrome.css の内容を反映させるには Thunderbird の再起動が必要です。


あさんが紹介されたものと私が紹介したものを併せると以下のようになります。
これをコピーして userChrome.css というファイル名にして UTF-8 で保存し、chrome フォルダ
に入れれば OK です。
[code]@namespace url("http://www.mozilla.org/keymaster/gatekeeper/there.is.only.xul");

/* スレッドペインの未読メッセージの表示色を緑色に変える */
treechildren::-moz-tree-cell-text(unread) {
color: green !important;
}

/* フォルダペインの未読メッセージの表示色を緑色に変える */
/* single folder with unread messages */
#folderTree > treechildren::-moz-tree-cell-text(hasUnreadMessages-true) {
color: green !important;
}

/* closed folder containing subfolder with unread messages */
#folderTree > treechildren::-moz-tree-cell-text(closed, subfoldersHaveUnreadMessages-true) {
color: green !important;
}

/* open folder containing subfolder with unread messages */
#folderTree > treechildren::-moz-tree-cell-text(subfoldersHaveUnreadMessages-true) {
color: green !important;
}
[/code]

いろいろ情報ありがとうございます。
しかし、、自分には少し難しいですねえ。。
userChrome-example.cssを見つけてこの中身を書き換えて-exampleをファイル名から
取って保存すればいいのか、、と思いましたが、中身の編集ができませんでした。
そこで多分ご紹介いただいたstylish-0.5.5-fx+tb+sm.xpiで編集するのかと思い
ダウンロードしてみましたが、解凍するのか、インストールするものなのか
何かのアプリで開くものなのか、、、わからいない状態でして。
そこまでで、ちょっとあきらめモードになってしまいました。すみません。
ちょっと自分には敷居が高すぎるので。。
お答えいただき感謝いたします。

フォルダペインの未読メッセージの表示色を変える場合は以下を userChrome.css に
書くとできます。
参照：[url=http://userstyles.org/styles/280]Tb - style folders with unread messages | userstyles.org[/url]

[code]/* フォルダペインの未読メッセージの表示色を変える */
/* single folder with unread messages */
#folderTree > treechildren::-moz-tree-cell-text(hasUnreadMessages-true) {
color: green !important;
}

/* closed folder containing subfolder with unread messages */
#folderTree > treechildren::-moz-tree-cell-text(closed, subfoldersHaveUnreadMessages-true) {
color: green !important;
}

/* open folder containing subfolder with unread messages */
#folderTree > treechildren::-moz-tree-cell-text(subfoldersHaveUnreadMessages-true) {
color: green !important;
}
[/code]

[quote="さんさんばーど"]受信したばかりの未読のメールの色が現在は黒の太文字になってますが
もう少し未読を見やすくするために緑とか紫とか他の色に変えられないでしょうか？[/quote]userChrome.css に[code]treechildren::-moz-tree-cell-text(unread) {
color: green !important;
}[/code]と書けば緑になります。
green の代わりに purple にすれば紫になります。

スキンでそういうのがありそうな気もして若干探してみたのですが見当たりませんね……。
設定エディタ内も多少覗いてみたのですが、私もまだ見つけられておりません。

ご指摘ありがとうございます。不手際申し訳なかったです。
サンダーバードのバージョンは2.0.0.12
MAC　OSXのバージョンはタイガーで10.4.11です。
あれからも色の項目は探してるのですけどそれらしきものがまだ見つからない状態です。
ご存知の方いらっしゃいましたら教えていただければ助かります。
よろしくお願いいたします。

[quote="さんさんばーど さん"]サンダーバードはosx用の最新バージョンです。[/quote]

すみません、最近「○○は最新バージョンです」と書かれる方が多いようですが、それはあくまで投稿時の
ものであって、後から参照する時点で既に旧バージョンになっている可能性もあります。極論を言えば、
投稿した直後にアップデータが公開されて、最新バージョンではなくなっているかもしれません。

OSX についても、Thunderbird についても、正確なバージョンを記載してください。

受信したばかりの未読のメールの色が現在は黒の太文字になってますが
もう少し未読を見やすくするために緑とか紫とか他の色に変えられないでしょうか？
自分でも調べてみましたがよくわかりませんでしたので質問いたします。
低スキルな質問で申し訳ないですが教えてもらえると助かります。
サンダーバードはosx用の最新バージョンです。
よろしくお願いいたします。