prefs.js ファイルはあなたのThunderbird のプロファイルフォルダの中にあります。
プロファイルフォルダの場所は OS により異なります。
以下を参照下さい。
Thunderbird Help: プロファイルの管理 - プロファイルフォルダの場所を探す
Windows の場合、 Application Data フォルダが隠し設定となっている時は、
隠し設定を解除する必要があります。
prefs.js ファイルを見つけたら、テキストエディタでファイルを開き、目的の設定文を弄ります。
ファイル操作は Thunderbird を停止した状態で行います。
kiyo4_k さんも書かれていますが、prefs.js ファイルの取扱いには十分注意して下さい。
(と言うより推奨出来ません、当然ながら自己責任の作業です。)
余計な物を削除してしまったりするとエラい事になりますよ。
ファイル操作にあたり、バックアップを取るなりしてファイル破損や不意のトラブルに備えて下さい。
以上の説明でわからない場合は止めておいた方が宜しいかと。