その後、移行できないメールを調べてみたところ、共通となる部分を見つけ出すことは出来ませんでした。ただ件名の始まりが[で始まっているメールに関しては移行できない数が多くありました。
そこでダメもとでThunderbirdに移行したさい消失したメールについて、
アップルのMailにて1件1件を別名保存（フォーマット・メッセージソース）で保存をし、
Jedit X にて開き
X-Account-Key: account
X-UIDL: ・・・・・@・・・・
X-Mozilla-Status: 0000
X-Mozilla-Status2: 00000000

辺りを削除し保存。
保存をしたデータをライブラリの中のThunderbirdのホルダへ。
その後Thunderbirdを立ち上げたら全てのメールデータを完璧に移行することが出来ました。
気の長い話になりましたがようやくMailと同じフォルダの状況に。
削除したことによって何か不具合が出るのかとかも考えず削除をしましたが。
でも現在の所は問題ないようです。

Entourageの多機能さ、spotlightに対応しているMailの魅力も捨てがたいのですが、
当分の間はゆっくりとThunderbirdと付き合っていこうと思っています。

本当に色々アドバイスをいただけたこと感謝しています。
本当に皆様方有り難うございました。

Premierさん
kiyo4_kさん

ご返事有り難うございました。
まずは、消失したメールをMAILの方でひとまとめにして、他のメールとの違いを探してみようと思います。
その後、Thunderbirdに移行したメールのどこかに消失したものが どこかにくっついていないか確認してみてみます。

色々とアドバイス有り難うございました。

御礼申し上げます。

メールヘッダの途中にThunderbirdが理解出来ないタイミングで改行が有ったりするとダメな事もあります。相手のメールソフトのせいでメールの構成がThunderbirdが理解出来ない形式になっていたりする事もあります。「一部のフォルダだけ」というのが、そういう傾向が有るような気がします。同じ相手やメーリングリスト、またはグループなどの括りの中に似たような傾向が有るのでは、と。

運が良ければ、無くなったと思われるメールが１つ前、あるいは全然違う場所のメールの尻にくっついていたりすることもあります。
消失したものが どこかにくっついていないか確認してみてください。

解決策も役立つ情報も無いのですが・・・・。
はずしている事を覚悟で（笑）

移行する前と移行後のフォルダ名に何か違いや特徴は見出せませんか。
消失するメッセージも同様です。

問題なく移行できたフォルダとそうでないフォルダと比べてみてください。
フォルダ名に日本語があるとか、[/] [.] [*] とかの記号が有る無しとか。
フォルダ名に日本語と半角英数字が混じっているとか。
消失したメッセージとそうでないメッセージでは添付ファイルが有るとか。
添付ファイルでも日本語名とそうでないもので違いが有るとか。
添付ファイルでも .xxx という拡張子があるものに共通しているとか。

直接関係は無いと思いますが、以下のような事例がありますから。
"Bug 5701 - 1.5でピリオドで終わるフォルダー名を使っていると、Tb 2.0でメールが行方不明になる"
http://bugzilla.mozilla.gr.jp/show_bug.cgi?id=5701

以下、めんどくさい回避方法。
# 移行できなかったフォルダは中のメッセージを移行できるフォルダに移動させた後に
　　改めて移行してから移行前と同じ名称のフォルダを作ってそこへ移動させるとか。
# 消失したメッセージは Mail から Thunderbird に送って埋め合わせするとか。
# サーバに残っているようならば未読にして新たに Thunderbird で受信させるとか。

POCHさん

そうです、その手順で移行をしたのですが。
Thunderbirdを再インストールするなどの手も尽くしたのですが。

移行は以下の手順でされたということでしょうか?

Mozilla Japan ナレッジベース - Mail から Thunderbird へメールをインポートするには (Mac)
http://www.mozilla-japan.org/kb/solution/3040

私の知っているMailからThunderbirdへの移行方法としてこれぐらいです。

POCHさん
情報有り難うございました。

１.２とも試しにやってみたのですが残念ながら駄目でした。
MailからThunderbirdの移行方法は他のフォルダが出来ていることもありあっているとおもうのですが。
MailからやEntourageからと様々な方法を試してみたのですが。

但しEntourageからMailへの移行は完璧にできたのですが。
Thunderbirdに移行すると、メールがフォルダによって100通など消失してしまう。

もし他に情報がありましたらお願い致します。

実体と表示が異なっている場合に効果が期待できそうな対策として。

1. フォルダを最適化してみる
最適化したいフォルダを選択して右クリックのプルダウンメニューから「最適化」
　 もしくはメニューバーで「ファイル」->「フォルダを最適化」

2. フォルダのインデックスファイルを再構築してみる。
インデックスファイルを再構築したいフォルダを選択して右クリックの
　 プルダウンメニューから「情報を見る」(Win だったらプロパティ)をクリック、
一般情報タブの「索引を再構築」をクリックして下のステータスバーに
「完了」が表示されるまで待ち、Thunderbirdを再起動。
Thunderbird 2 からこの手順でUI上でインデックスファイルの再構築が
出来る様になりました。

# 自宅で iMac (Intel) ＯＳX10.4.9 使ってます、Mail は使ったことが殆ど無しです。

MailからThunderbirdに移行したいのですが、MailのAというフォルダー（仮に100通）を、Thunderbirdに移行するとThunderbirdではAというフォルダーに（90通しか）移行できない。全てのMailフォルダーというわけではなく一部のフォルダーのみなのですが？
何か解決方法ありましたら、教えて頂きたいのですが。
使用マシンはｉＭａｃ　Ｇ５　ＯＳ10.4.9　メモリー2Ｇ。