親切な追加の解説をいただきまして
どうもありがとうございます。

電子メールのヘッダと
印刷機能としてのヘッダ／フッタを
混同してしまっていたようです。

[背景色と背景画像も印刷] にチェックを入れて印刷するとより見栄えがよくなるのですね。
下書きメールのヘッダは気にならなければそのままでもいいと思います。

PrintingTools を一応検索してみたのですが、
作者のページの
https://freeshell.de/~kaosmos/index-en.html
の冒頭には、この人が作った全ての拡張機能はGPLライセンスでリリースされていると書かれているものの、ソースコードが見つかりません。
https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/files/browse/275646/#
はソースコードではないようですし、
PrintingTools 自体のページの
https://freeshell.de/~kaosmos/printingtools-en.html
にも見あたりません。
ソースコードが見つからないソフトやプラグインの類はインストールがためらわれますので、
ソースコードを見つけられないうちは下書きメールのヘッダはそのままで印刷するのが安全かもしれません。

少し時間が経ってしまいましたが、少し補足させていただきます。

[quote="tohsiro"]先頭に付く下書きメールの件名とファイルパスは
会議などで配布する人は邪魔に思う人もおられるかもしれませんが、
個人で読むぶんには特に問題ないと思われます。[/quote]
電子メールのヘッダではなく、印刷機能としてのヘッダ／フッタは、[ファイル] -> [ページ設定] -> [余白とヘッダ/フッタ] から変更・調整できます。

同じく [書式とオプション] にある [背景色と背景画像も印刷] にチェックを入れておくと、プレーンテキストのメッセージであっても、添付ファイルとして扱った個々の eml ファイルのヘッダ（Seubject / From / Date / To など）の背景に薄い色がついて印刷されるはずです。
複数のメッセージを個々に改頁せず連続して印刷する場合、視覚的に一種の「区切り」の役割を果たせると思います。
　# ユーザースタイルを駆使すれば、この背景色をコントロールすることもできると思います。

（注意）
背景色や画像が多用された HTML 形式のメッセージでこれをやると、逆にテキストの可読性が損なわれた印刷になる可能性が高くなります。

[quote="偶然的通行人"]・印刷すると、先頭に下書きメール自体のヘッダが数行付きます。完全排除はできないので（2）で調整してください。[/quote]
わかりにくかったかもしれませんが、これは下書きメールのヘッダ（Seubject / From / Date / To など）のことです。

前便では「Thunderbird 単体での対処方法」として紹介したため触れませんでしたが、より掘り下げていうなら次のアドオンを併用することで、下書きメール自体のヘッダの印刷状態その他を（ある程度）コントロールできるようになります。
・PrintingTools
https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/printingtools/

ただし、複数のカスタマイズ手法を併用すると、組み合わせや設定内容よってはそれらがコンフリクトを起こし、予想外の結果を生むことがあります。そのあたりにも注意を払いつつ、いろいろお試しください。

こんにちは、偶然的通行人さん。
これだけの長さの文章を書き込むのは
かなりの時間と手間がかかられたことと思います。
とても詳しく複数のやり方を解説していただき
心から感謝いたします。

私の場合はとりあえずは Thunderird 単体での対処で十分かなと思いました。
質問本文にゴチャゴチャ書きましたようなことは考えなくていいようです。
日時の降順に並べていた場合は
出力されるものも降順に並び、
日時の昇順に並べていた場合は
出力されるものも昇順に並ぶようです。

[quote="偶然的通行人"]
・印刷すると、先頭に下書きメール自体のヘッダが数行付きます。完全排除はできないので（2）で調整してください。
[/quote]
先頭に付く下書きメールの件名とファイルパスは
会議などで配布する人は邪魔に思う人もおられるかもしれませんが、
個人で読むぶんには特に問題ないと思われます。
下書き本文を
ctrl+a,ctrl+c
でコピーして別のテキストファイルに貼り付け、とやって印刷しても解決できますね。
下書きをPDFファイルとして出力した方が見栄えはいいですけど。
PDFでも何らかのフリーなソフトで簡単に取り除くことは可能と推測はされます。

ImportEportTools は
ツール→アドオンから
検索ボックスに名前を入れても
「該当するアドオンは見つかりませんでした」
となります。
https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/importexporttools/
から xpi ファイルをダウンロードし、このページの枠囲みの中に書いてあるようにインストールしないといけないです。
Lightning などは ツール→アドオン から直接インストールできるようですが。
ちなみに、deian での Thunderird は Iedove という名前になっておりますが、
そのことが関係あるのかもしれません。

さらに試してみて発見があった時にはここに報告いたします。

当方、通常は Windows OS を使っていて Debian は使っていませんので、Debian 上の Thunderbird について詳しいところまではわかりません。
Windows 上の Thunderbird に関して知っていることを書きますので、参考にできるところがあれば活用してください。

[b]【Thunderbird 単体での対処方法】[/b]
拡張機能についてのご質問ですが、Thunderbird 単体でできる、「複数のメールを一つ」にまとめて印刷・ファイル出力する方法 ―― を紹介します。

＝手順＝
（1）まとめたい複数のメッセージを選択し、右クリックから [添付にまとめて転送] を実行。
（2）メッセージ作成ウィンドウが開く。
　　a. 選択したメッセージは、eml 形式の添付ファイルになっているはず。
　　b. 件名には先頭のメッセージの件名が入るので、必要なら任意の名称に書き換える。
　　c. 宛先、本文はなくても問題ないが、メモ代わりに入れてもかまわない。
（3）[下書き] として保存する。
（4）保存した下書きメッセージを開き、メニューから [表示] -> [添付をメッセージ本文に表示] を選択。
（5）添付された eml ファイルが本文内に展開される。
（6）この状態から、用紙に印刷するか、PDF ファイルとして出力する。

（補足）
・ポイントは（4）です。eml 形式の添付ファイルは本文として展開可能、という点を応用しています。
・ヘッダの表示条件は、[表示] -> [ヘッダ] で切り替えられます。
・印刷すると、先頭に下書きメール自体のヘッダが数行付きます。完全排除はできないので（2）で調整してください。
・添付の順序は、希望する順序でスレッドペインを事前にソートし、順次選択してください。
・Thunderbird のスレッドペインから、添付したいメッセージを、メッセージ作成ウィンドウの添付ファイル欄にドラッグ＆ドロップすることもできますが、添付ファイル名が一律に「添付メッセージ」となります。

[b]【アドオンを使った別解】[/b]
複数のメッセージをまとめて直接 PDF 出力してくれるアドオン（拡張機能）は知りませんが、その下準備に使えるものはあります。
・ImportExportTools
https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/importexporttools/

バリエーションはいくつかありますが、次の２つの方法に大別できるかと思います。
選択した複数のメッセージを ――
A. 個別のファイルとしてエクスポート（フォーマット選択可）→ その後、結合
B. 単一のファイルにまとめてエクスポート（テキスト形式のみ）

A. の場合
　出力されたファイル名にメッセージの Date の年月日が付加されるので、あとで結合するときの順番の目安になります。
　ある程度はエクスポートファイルの命名規則をカスタマイズできます。
　個別出力のファイルフォーマットは、プレーンテキスト、eml 、HTML 、PDF などの形式を選択できます。

（注意）PDF 形式で出力した個別ファイルを結合した場合、PDF フォーマットの仕様上ページ単位での結合になります。
例えば、あるページ（用紙）が数行で終わり、残りが大きな空白になることがあります。しかし、PDF 形式での結合は、その空白部分に次のメッセージの先頭を割り込ませることはできません。その意味では、「紙資源の無駄」を解消することにはつながらないと思います。
ページ（用紙）内に発生する空白をできるかぎり詰めて印刷用紙を有効活用したいなら、テキスト形式で出力したファイルを結合し、その後 PDF 化したほうがいいと思います。

B. の場合
　まとめて出力したいメッセージを Thunderbird 上でひとつのフォルダにコピーしてから [フォルダ内のすべてのメッセージをエクスポート] -> [(単一ファイル)] を実行するやり方と、[検索してエクスポート] を使うやり方があります。
　[(単一ファイル)] の出力はプレーンテキスト形式のみです。

（補足 -- A. B. いずれも）
・エクスポートするときの [表示] -> [ヘッダ] の選択状態に応じて、出力されるヘッダの範囲が変化します。
・ImportExportTools のメニューは、[ツール] -> [ImportExportTools] および、フォルダやメッセージを選択してからの右クリックで選べます。
・ご承知のように、メールソフトはワープロソフトのような文書編集機能は持っていません。フォントの種類やサイズ、文字間・行間、配色など、細かな整形を望むなら、出力したテキストファイルをしかるべきソフトで編集してから PDF 変換してください。

[quote="tohsiro"]Thunderbird の拡張機能で、
複数の選択されたメールを一つの pdf に一度に印刷してくれるようなものは
ないでしょうか？[/quote]
というご質問とは若干ズレますが、とりあえず知っていることを書かせていただきました。ご希望と違う話になっていたらすみません。

上述した以外にもユーザーの工夫を反映できる余地はあると思いますので、あとはご自身でお試しください。よい方法にたどり着かれたら、ここに報告してくださると、ユーザー同士の情報共有にもなります。よろしくお願いします。

（余談）
拡張機能についてのご質問ではありますが、Thunderbird 単体でもご希望の結果を得ることは（いちおう）できると思いますので、[相互ユーザサポート ≫ 拡張機能・テーマ] のカテゴリでなくてもいいような気がします。ご判断は Administrator にお任せします。

Thunderbird の拡張機能で、
複数の選択されたメールを一つの pdf に一度に印刷してくれるようなものは
ないでしょうか？

メルマガをまとめて読みたい時などに
そういうことができると便利です。
単純に複数の選択されたメールを印刷するだけであれば
http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=12055&hilit=thunderbird+%E3%80%80%E8%A4%87%E6%95%B0%E3%80%80%E5%8D%B0%E5%88%B7
などに記述してある方法で一度に印刷できますが、
一つのメールにつき必ず一枚の紙を使い切って次のメールはまた新しい紙に印刷、
となるので紙資源の無駄になってしまいます。

ですので、まずは選択したメール全てを pdf に印刷できるといいかなと思いました。
OS は debian 7.8 です。
複数選択して pdf 印刷しようとしても、
CUPS の印刷画面でファイル名を指定しなければいけないからなのか、
印刷されて出てくるのは一通だけです。
印刷画面でファイル名を指定する時に、ファイル名を
print.pdf
と指定したとしたら
３通印刷の場合は
print_1.pdf print_2.pdf print_3.pdf
という三つのファイルが生成されるということができれば、後はそこのディレクトリで　
pdftk *.pdf output print_all.pdf
とでもやれば三つが結合したpdfがすぐ出来上がりますが。
ただし、この場合でも最初に三つのファイルを生成される時に日時順に番号を振れるか、といったあたりが気になります。

私に技量と時間があれば自分でそういうアドオンを作ってみるところなのですが、
いかんせんどちらも余裕があまりないものでして。

また、右クリック→メッセージを保存
で eml 形式で保存した後に
cat "*.eml" > all.txt
として一つのテキストファイルをまず作る方法もありますが、
この詳細なヘッダが邪魔になります。
ヘッダは
From:
Subject:
To:
Date:
だけで十分ですので、残りの部分を切り取りたくなります。
X-Account-Key:
で始まる行を切り取る、
X-UIDL:
で始まる行を切り取る、
・・・・・・・
ということを行うスクリプトを書かなければなりません。
しかし、これだとまんがいち本文中にそれらの条件にマッチする行があると
そこが消えることにもなります。

何か解決法などはありますでしょうか？
どうぞよろしくお願いいたします。