提示していただいたヘッダ情報を拝見したところ特におかしいところは見られないようです。
となると添付されている .eml ファイルを開く際に利用するアプリケーションの関連付けに問題
があるかも知れません。
添付ファイルのヘッダの中で Content-Type: application/octet-stream; とあるように
application/octet-stream は特に扱うべきアプリケーションの指定がされていませんので .eml
ファイルを開くアプリケーションを Thunderbird 側で間違って記憶している場合、そのアプリケ
ーション側で文字コードが正常に認識できず「文字化け」表示になっている可能性が考えられ
ます。
つまり添付ファイル(今回のケースでは拡張子 .eml ファイル)を開くアプリケーションが正しく関
連付けされていない可能性です。
対処としては文字化けする 同僚A さんの Thunderbird で
1.mimeTypes.rdf を初期化する。(プロファイル内にある mimeTypes.rdf を削除後に再起動)
2.Thunderbird の [オプション] > [添付ファイル] で application/octet-stream があれば
「動作設定を削除」してみる。
があります。
また上記以外の対処として先に紹介したトラブルシューティングも有効かと思われます。
結果、改善されたかどうか教えてください。
【補足】
添付ファイルを開く操作をする際、以下のようなダイアログが開きます。
ここで「今後この種類のファイルは同様に処理する」にチェックを入れて開くとその
mime type とアプリケーションを関連付けて記憶し、次回以降同じ MIME type の
場合に開く操作で自動的にそのアプリケーションが使われます。
また未知の MIME Type の添付ファイル付きのメールを受信し、添付ファイルをダ
ブルクリックで開いた場合、そのファイルの拡張子と MIME Type を関連付けて記
憶します。
同じ拡張子のファイルを添付して送信しようとした場合にも Thunderbird は OS
が持っている関連付けの情報よりもこの時記憶した MIME Type を優先して使用
します。
この操作で間違った関連付けを記憶させると他の種類や形式の異なる添付ファイ
ルを開く際に問題を起こすことがあります。
application/octet-stream は拡張子と MIME Type の関連付けが最初から決まっ
ているものではないので添付ファイルを開く際に間違った関連付けを記憶させると
正常に表示できず「文字化け」などの問題が起きます。
せっかく関連付けを記憶させる機能があるのだから利用しないのはもったいないと
も云えますが添付ファイルを開く際はやたら利用するアプリケーションを固定して記
憶させず、その都度手動で選択するのが無難でしょう。
[参照リンク]
MimeTypes.rdf - MozillaZine Knowledge Base
Actions for attachment file types - MozillaZine Knowledge Base
IANA | MIME Media Types