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この質問には、３要素が有るので、回答になりませんが・・・

1.IMAPでのJunkフォルダに付いては、確認出来ました。
　多分、ThunderbirdがJunkを単純に表示するか、MyフォルダとしてL10Nが効くかの差でしょう。
　言われる通りの表示をキッチリしました。

2.メッセージフィルタは、迷惑メールフィルタより優先されます。
　ただ、振り分けられたフォルダを表示させると迷惑メールのフォルダ行きです。

3.なんで、「迷惑メール」と表示させたいのか？
　別にJunkでも良いのでは？
　どうせ使わないんだから？

「迷惑メール」と「Junk」の表示の違いを教えて頂いたのは有りがたいのですが・・・・

使い方が理解出来ないてのが・・・(^^;

色々設定考えたんですが・・・
余りスマートな物が無くて・・・

自己解決出来たと言う事で安心しました。