サンダーバードで、画面左側のメールアドレス下の例えば「迷惑メール」等のフォルダを一つ上のフォルダの階層としてではなく、一つ一つ独立したフォルダとして作成するにはどうしたらいいのでしょうか？

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Thunderbirdの画面左側部分は「フォルダペイン」という名称になります。
フォルダペインに並ぶ最上位（一番左）の項目は、メールやチャットやフィードというサービスを利用するための「アカウント」です。
また、「ローカルフォルダ」というどのサービスとも紐づけされていない、特別なアカウントが最初から用意されています。

「一つ一つ独立したフォルダ」というのが、最上位に任意のフォルダーを作成したいという意味でしたら、それはできません。
特定のメールアカウントから独立したフォルダーにしたいということでしたら、ローカルフォルダの下に作成するのがよいと思います。

ところで、例として「迷惑メール」をあげていらっしゃいますが、汎用のフォルダーアイコン以外の専用のアイコンが表示される項目は、機能が割り当てられた特別なフォルダーになります。
必要があって別途作成するということでしたら、表示上の名前と（ここではあえて詳細は説明致しませんが）本当の名前が異なっていますのでご注意ください。

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