ｈｔｍｌの最後を
</body>
</html>
にしていると
（改行）
（改行）
</body></html>
に変わってしまうのですが、みなさんのところはどうですか。
自分は、とても気持ちが悪いのですが‥。
v 2.32.1 を使用しています。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/40.0.2214.115 Safari/537.36

どう云った状況での再現なのか説明しないと、的確な回答は寄せられません。
Composerを用いた編集での案件なのか、単純にソースを表示での案件なのか。

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＊Windows 10 21H1 64bit/＊GoogleJapaneseInput：ATOK2017：MS-IME
Firefox 95.0：Beta 96：Developer Edition 96：Nightly 97.0a1：
Thunderbird 91.4.0：Earlybird 96：Daily 97.0a1：SeaMonkey 2.53.10/2.58a1：
Opera 82.0.4227.23：Google Chrome 96.0.4664.93/98.0.4756.0（Official Build）canary：
SRWare Iron 96.0.4900.0：Lunascape 6.15.2：Avant Ultimate 2020 build 3, 3.17.2020

コンピューターのように厳しい指摘、ありがとうございます。
だいたいの皆さんが察しの通り、Composerのことです。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/41.0.2272.76 Safari/537.36

横から失礼します。

SeaMonkey の Composer でこの症状は以前からあり、ぼくも経験しました。SeaMonkey のバグだと思います。
末尾の箇所だけでなくヘッダ部分でも、おなしなところで改行コードが入ったり省かれたりしますし、状況によっては保存するごとに余分な改行コードが増えていきます。

ただし、そうなるのは SeaMonkey の Composer 設定で、[ページの保存やアップロードするとき] の [元のソース形式を保持する] が有効（チェック付）になっているときだと思います。

一方、[元のソース形式を保持する] の設定を無効（チェックを外す）にすると不可解な改行コードの挿入・欠落はなくなります。
その代わりというか、当然というか、入れ子構造を見やすくするためのインデントが各行頭に入り、SeaMonkey の判断による整形がおこなわれます。

こうしたインデントを嫌わないなら、[元のソース形式を保持する] の設定を無効にしておいたほうが、Composer で編集・保存をくり返してもソースの不可解な変化は少ないと思います。

現在ぼくは SeaMonkey の Composer を使っていないので、以前に経験したことからコメントさせていただきました。
最新の SeaMonkey にはそぐわない話になっていたらすみません。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 6.2; WOW64; rv:36.0) Gecko/20100101 Firefox/36.0

Composerの案件ならば、偶然的通行人氏の指摘通りで、私も再現します。
（SeaMonkey 2.32.1/2.34a1）

若し、此の挙動に対して不満が在る場合は、他のオーサリングツールを用いるか、現状で我慢するかのどちらかでしょう。
HTML編集で慣れて来れば、OS標準のテキストエディタを使う事で、こう云う不満も解消されて行くとも思います。

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＊Windows 10 21H1 64bit/＊GoogleJapaneseInput：ATOK2017：MS-IME
Firefox 95.0：Beta 96：Developer Edition 96：Nightly 97.0a1：
Thunderbird 91.4.0：Earlybird 96：Daily 97.0a1：SeaMonkey 2.53.10/2.58a1：
Opera 82.0.4227.23：Google Chrome 96.0.4664.93/98.0.4756.0（Official Build）canary：
SRWare Iron 96.0.4900.0：Lunascape 6.15.2：Avant Ultimate 2020 build 3, 3.17.2020

なるほど、 [元のソース形式を保持する]でしたか。
素晴らしきアドバイス、大変有難うございます。
そのようにして使ってみます。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/41.0.2272.76 Safari/537.36