設定内容の確認事項などについては 偶然的通行人 さんが書かれた内容のとおりです。
別の視点からコメントします。
1.「判別基準データのリセット」
迷惑メッセージフィルタのデータの更新あるいは記録保存に障害が起きているかも知
れません。
オプションにあるデータリセットも試してみてください。
2.迷惑メール以外も判定させてやる
迷惑メール以外の正常なメッセージも学習させてやらないと判定精度が向上しません。
これも併せておこなってみて試してください。
3.他のアプリケーションによる影響も調べてみる
セキュリティ対策ソフトなどの他のアプリケーションが独自の判定や独自の機能で障害
を起こしていることも考えられます。
4.プロファイルが壊れている・その他
トラブルシューティングをおこなって対処してください。
[参照]
Mozilla Thunderbird 9.0 リリースノート - トラブルシューティング
セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
【補足】
セキュリティ上からも最新のバージョンにされるのをお勧めします。
Thunderbird の最新版を公開しました | Mozilla Japan ブログ
MozillaZine.jp » Thunderbird 9 がリリースされた